Science：利用人工智能确定人类基因组转录起始的序列基础
Puffin程序显示，根据这些序列模式的排列方式，它们可以激活或抑制基因的转录。它还能预测这些序列模式的排列如何引导 RNA 聚合酶优先转录 DNA 的单链或同时向相反方向转录两条链。
2024-05-26
Nature Genetics：清华大学刘念团队发现转座子LINE-1转录选择性激活远程基因表达
该研究提供了功能多样的LINE-1表达调控因子，发现并验证了LINE-1 5' UTR作为增强子在早期胚胎发育阶段通过转录依赖的方式直接与ZGA基因相互作用激活基因表达。
2024-06-11
Cancer Res：转录因子BHLHE40是转移性结直肠癌EMT的驱动因素
来自南京医科大学第一附属医院普外科的研究者们在Cancer Res杂志上发表了题为“Cancer Res”的文章，该研究揭示了BHLHE40是调节上皮-间充质转化促进结直肠癌肝转移的关键转录因子。
2024-05-19
Cell：人类肠道菌群中的隐性质粒有望成为识别水体粪便污染、炎症性肠病等健康问题的强大生物标志物
研究人员发现，在工业化国家，90% 以上的人都携带这种隐性质粒，平均而言，它是人类肠道中数量最多的基因实体之一。
2024-04-30
Nature Communications：合成BZLF1靶向转录激活剂用于EBV相关性上皮性癌的高效裂解诱导治疗
在这项概念验证研究中，研究者成功地开发了一种用于EBV相关上皮性癌的裂解诱导治疗的一流信使核糖核酸药物。
2024-05-21
科研人员描绘小鼠胆汁淤积损伤与再生的时空转录图谱
该研究利用高精度大视场时空组学Stereo-seq和单细胞转录组测序技术DNBelab C4，系统描绘了小鼠胆汁淤积损伤与再生的时空转录图谱。
2024-04-18
Science：科学家开发出能帮助理解人类基因组中转录起始的特殊机器学习模型
研究人员开发了一种名为Puffin的机器学习程序，当分析了数以万计已知的人类启动子数据后，这种新型程序就能确定其由三种类型的序列模式所组成，即基序、启动子和三核苷酸（trinucleotides）。
2024-05-27
Nature子刊：诸颖团队开发空间转录组语义注释新算法Pianno
在这项研究中，研究团队展示了Pianno在注释各种形状的解剖结构以及病灶和细胞类型方面的卓越性能，这些数据来自不同的空间技术平台。
2024-04-10
Cell Genomics：刘琦/严钢团队开发TCR和T细胞转录组跨模态整合分析的AI框架——UniTCR
UniTCR提出了一种低质跨模态场景下的免疫组学有效整合和表征的AI框架，以赋能诸多免疫数字解码相关的下游任务分析。
2024-05-06