蛋白组学分析中大多数实验和分析都是从细胞裂解开始的，而细胞裂解的目的是获得可溶的细胞蛋白抽提物。抽提蛋白的量和功能完整性直接决定抽提蛋白分析实验所得数据的数量和质量。一些抽提方法可能会达到细胞裂解充分和细胞内容物可溶的效果，但是会造成蛋白的变性及失活，因此影响了天然蛋白相互作用的检测和分析。同样，细胞裂解和蛋白抽提方法的相容性也会影响到下游实验的开展。
