【盘点】计算生物学：从“什么是”到“什么不是”
2015年是《Plos Computational Biology》创刊十周年，借此机会，正好可以梳理十年来计算生物学领域的发展，展望今后计算生物学的机遇和挑战。作为计算生物学领域的著名期刊，《Plos Computational Biology》几乎囊括了该领域的所有方向，总结该期刊的发展历程也正好可以讲述计算生物学领域的十年来的成就。
：利用计算机模拟方法揭示分子四维结构
利用计算机模拟(computer simulation)方法来揭示体内最小的构建单元(building block)的行为正在帮助科学家们确定分子在人类疾病中所起的作用。 在最近的一系列研究中，来自澳大利亚莫纳什大学生物医学科学学院的研究人员证实分子运动和分子相互作用在人体如何患上疾病、检测疾病和对疾病如何作出反应方面发挥着非常重要的作用。
MTS：新型计算机模块技术或可用于研究DNA和RNA分子的功能及特性
近日，来自北卡罗来纳州立大学的研究人员通过研究开发了一种新型多用途的建模技术，其可以模拟多聚电解质系统，这种模块可以产生新型物质来帮助研究人员研究多聚体（高电解质），比如DNA和RNA的结构，相关研究刊登于国际杂志Macromolecular Theory and Simulations上。
Immunity：计算机模型寻找艾滋病毒感染治疗靶标
2013年3月21日 讯 /生物谷BIOON/ --几十年的研究和大规模的临床试验，至今没有得到有效的艾滋病疫苗，这在很大程度上是因为病毒的发展是如此迅速，它可以避开任何疫苗诱导的免疫应答。 近日，麻省总医院Ragon研究所、麻省理工学院和哈佛大学的研究人员已经开发出一种新方法来进行疫苗设计，可以切断那些病毒进化的逃生路线。
德国会将应用超级计算机开展人脑模拟研究
近日，德国亥姆霍兹研究中心联合会宣布将承担欧盟《人类脑计划》，应用超级计算机开展人脑模拟研究。该研究计划是欧盟重要国际大研究计划之一，也被称为“旗舰计划”，在未来10年欧盟将为该计划投入10亿欧元研发经费。 亥姆霍兹研究中心联合会尤利希中心将开发超级计算机，结合神经科学进行详细的脑神经细胞研究。该研究计划的目标是模拟人类大脑所有组件，以期更好的了解人脑各组件功能，服务于疾病的诊断治疗。
Nat Commun：开发出基于基因组尺度的机体代谢和基因表达的计算机模型
加利福尼亚大学的研究者开发出了一种新的模型方法，其可以同时展示生物有机体体内的代谢和基因的表达过程。 Photo Credit: UC San Diego Jacobs School of Engineering 近日，来自加利福尼亚大学的研究者开发出了一种新的模型方法，其可以同时展示生物有机体体内的代谢和基因的表达过程。相关研究刊登在国际杂志Nature Communications上。
美国科学家使用计算机制造出"虚拟细菌"
美国斯坦福大学的科学家和素有“科学怪才”之称的克雷格·文特尔领导的科研小组在《细胞》杂志上撰文指出，他们首次利用计算机制造出了“虚拟细菌”，其能模拟微生物的生命轨迹和一举一动。科学家们表示，最新突破或许有助于改进人类对疾病的理解并为疾病找到新的疗法。
美国学者利用计算机模型研究HIV防控最佳方案
政府官员们希望用问卷调查的方式寻找阻断HIV传播的方法。而一些学者已经开始将目光转向计算机模型。布朗大学（美国常春藤联盟著名大学）的教授马歇尔在哥伦比亚大学做博士后时就开始了一项HIV计算机模型的研究。今年1月份来到布朗大学后他继续着自己的研究。“它反映出的是我们在现实世界所能看到的东西。”马歇尔教授是这么评价自己的模型的，“我们所做的就是找出最佳的干预方案以显着降低静脉吸毒者的HIV感染率。
Science：生物“计算机”能识别并摧毁癌细胞
近日来自哈佛大学、麻省理工学院以及瑞士苏黎世联邦高等工业学院的研究人员在新研究中成功地将生物“计算机”诊断网络导入到人类细胞中，这种生物网络通过对5种肿瘤特异性分子进行逻辑组合分析识别出了特异的癌细胞，并触发了这些癌细胞的毁灭过程。 这一研究成果在线发表在9月2日的《科学》（Science）杂志上。