通过分子钟估算分歧时间是进化生物学研究中的常用手段。在实际运用中，分子标记的替换饱和常因得不到充分的模型拟合而误导结果。鉴于线粒体基因组的高演化速率，其在分子钟运用中的局限性已为众多研究者所警觉。但由于不同生物类群的演化时间跨度、可用化石标定、线粒体基因组演化速率各异，该分子标记的局限性不能一概而论。
