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中山眼科中心肖传乐和刘奕志团队开发Nanopore测序数据新校正组装算法,并组装视网膜母细胞瘤的高完整度基因组

   三代测序技术(PacBio和Oxford Nanopore)可解决基因组重复区域的组装难题,提高基因组完整性,已成为发育、再生、肿瘤和其它疾病过程中细胞基因组组装的主流技术。其中,纳米孔(Nanopore)测序技术的迅速发展更使得测序成本显着降低,并且由于其可实现超长读长(高达1Mbp),在复杂基因组组装中具有天然优势。然

2021-01-15

玉米基因组编辑团队在基因编辑技术方面获新进展

 北京市农林科学院玉米DNA指纹及分子育种北京市重点实验室基因组编辑团队在Frontiers系列新期刊Frontiers in Genome Editing上发表题为“Genome engineering in plant using an efficient CRISPR-xCas9 toolset with an expanded PAM co

2020-12-23

研究揭密蛇瓜基因组及其果实成熟调控机制

  12月1日,北京市农林科学院蔬菜中心(国家蔬菜工程技术研究中心)左进华副研究员团队与英国诺丁汉大学Donald Grierson教授 (英国皇家科学院院士、中国工程院外籍院士) 团队、美国康奈尔大学BTI研究所费章君教授团队联合在农林科学Q1区Top期刊Horticulture research(IF:5.404)在线发表了题为The

2020-12-08

Genomics:鲨鱼基因组学分析发现关键抑癌基因

很多报道称鲨鱼中癌症的发病率很低,但没有足够的数据来明确地确认。然而,发表在《Genomics》杂志上的一项研究提供了强有力的证据,证明了短鳍鲨(Isurus oxyrinchus)的基因组中具有抗肿瘤活性。

2020-12-02

科研人员发表高质量染色体级醋栗番茄基因组序列

醋栗番茄是栽培番茄的野生祖先种,以其优异的抗性、浓郁的风味、可与栽培番茄直接杂交、快速转育优良性状等特点,广泛用作现代番茄育种的重要种质资源。其基因组和遗传多样性的研究,对充分挖掘该野生种质资源的育种潜力和价值,促进番茄产业发展意义重大。因此,醋栗番茄的基因组研究受到研究者关注,此前已有个别基因组草图发布,但是,这些草图并不完整,高度碎片化,限制了它们在育种

2020-12-02

Nucleic Acids Res:发现两种较小的新型Cas9核酸酶,有望更容易地进行基因组编辑

2020年12月11日讯/生物谷BIOON/---在一项新的研究中,来自俄罗斯科学院、俄罗斯国家研究中心分子遗传学研究所和斯科尔科沃科学技术研究院等研究机构的研究人员描述了两种新的紧凑的Cas9核酸酶,即CRISPR-Cas系统具有切割活性的组件,这将有可能扩大Cas9工具箱在基因组编辑中的应用。这两种Cas9核酸酶中的一种被证实可以在人类细胞中发挥作用,因

2020-12-11

利用基因组揭示板蓝靛蓝生物合成的遗传基础

板蓝(Strobilanthes cusia,又称为“南板蓝根”)具有较丰富的靛蓝色素(indigo),因此,其一直是传统的蓝色染料植物。中国科学院昆明植物研究所民族植物学团队的野外调查发现,居住在云南的少数民族“蓝靛瑶”对靛蓝的利用具有特殊的文化内涵,他们崇尚蓝色服饰,以蓝色为民族文化的主色调(图1a,b),板蓝的利用对维持蓝靛瑶传统文化具有意义。此外,靛

2020-11-23

安诺优达参与的国内首个无创产前筛查胎儿基因组疾病技术标准正式发布

 无创产前筛查(Non-Invasive Prenatal Screening,NIPS)是目前惠及人群最多的基于高通量测序技术的临床应用之一,已得到众多医生与孕妇的认可。除了21/18/13三种染色体数目异常外,该技术也具备筛查“染色体微缺失微重复综合征”(pathogenic Copy Number Variation,pCNV)的潜力。随着N

2020-12-03

cuteSV——基因组结构变异检测工具

 基因组结构变异(Structural Variation,SV)包括缺失、插入、倒位、重复和易位等类型的基因组变异,与人类的疾病、进化、基因调控和相关表型等密切相关[1]。近年来,Oxford Nanopore Technologies等平台开发的长读长测序技术为准确检测基因组SV提供了可能。随着识别分辨率的不断提升,相比于短读长测序,长读长测序

2020-11-15

北京市农林科学院研制出玉米全基因组SNP芯片Maize6H-60K

 11月22日,北京市农林科学院玉米DNA指纹及分子育种北京市重点实验室分子检测团队在国际知名植物学期刊The Plant Journal(IF=6.141)在线发表题为“New resources for genetic studies in maize (Zea mays L.): a genome-wide Maize6H-60K SNP a

2020-12-01