Nat Biotechnol && J Comput Biol:开发出新算法对单细胞基因组进行测序
2012年8月13日 讯 /生物谷BIOON/ --美国加州大学圣地亚哥分校计算机科学家Pavel Pevzner领导的一个国际研究小组开发出一种新的算法来对有机体单个细胞的基因组进行更加快速地和更加准确地测序。这个新的算法被称作SPAdes,能够被用来对不能利用标准克隆技术进行处理的细菌进行测序,其中研究人员将这些细菌称作生命的暗物质,比如医院中发现的一些病原体,在深海或人胃肠道中存在的细菌。
Science:单细胞基因组测序
2012年12月22日讯 /生物谷BIOON/-- 基因组测序需要用PCR技术扩增出足够量的DNA片段。由于PCR扩增具有偏好型而且基因组具有大量的冗余,造成了基因组测序准确性不高。
Nature:用单细胞基因组探索多样性
宏基因组研究极大地提高了我们对于细菌以及古细菌多样性的理解。然而,环境宏基因组数据往往不容许个别物种的基因组组装,因此,大多数完整的基因组序列来自于培养的微生物。如今,两个新的大规模研究利用单细胞基因组,直接从未培养的环境样本中恢复了细菌和古细菌基因组。
:单细胞的转录组成像
2013年10月8日讯 /生物谷BIOON/--苏黎世大学生物学家开发出一种能够可视化单个细胞内基因活性的方法。该方法非常高效,能够同时观测数千个人细胞内的每个细胞的所有基因表达情况。 该方法在基础医学领域和医学诊断学领域应用前景广阔。通过该方法,科学家发现单个细胞之间的基因活性,空间结构导致细胞间表达的分子差异非常巨大。 检测基因活性在医学诊断学特别是癌症诊断领域是一项常规的检查。
Nature:成神经管细胞瘤的基因组学/表观基因组学研究
成神经管细胞瘤是最常见的恶性儿童脑瘤。在这篇论文中,作者发表了来自人类和小鼠肿瘤的一个全面的全基因组DNA甲基化数据集以及对组蛋白修饰、RNA转录体和基因组测序所做的分析。
:新基因组测序方法能够在单细胞水平上分析基因表达谱
生物学家和遗传学家长期以来想要在单个细胞水平上分析基因表达谱,但是技术限制一直使得它不能成为现实。 根据2012年7月22日在线发表在Nature Biotechnology期刊上的一项研究,研究人员第一次证实一种新的被称作Smart-Seq的基因组测序方法能够帮助科学家们对临床上重要性的单个细胞进行深入分析。Smart-Seq可能有着很多方面的应用,包括帮助科学家们更好地理解肿瘤产生的复杂性。
贺建奎:单细胞基因组学的兴起
上周在美国冷泉港(Cold Spring Harbor)参加了单细胞分析会议(single cell analysis), 这是一个非常令人激动的前沿学术会议,深深的体会到了单细胞基因组学的时代已经来临。 Cold Spring Harbor的会议是公认的高水准的会议,它有几个特点:首先,所做的报告都是最新的研究,组织方特别强调,希望介绍尚未发表的研究进展。
基因组学研究揭示癌变细胞进化过程
在世界范围内,临床上七分之一死亡病例是由于罹患癌症。而在西方社会,这一比例更是高达三分之一。很早之前,人们就知道吸烟会导致肺癌,日照会诱发皮肤癌。但是,对于癌变发生的机制和细节,却知之甚少。
Genome Biol:新型转录组学技术或可加速对组织再生机制的理解
2013年2月20日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,来自马克斯普朗克研究院的研究者通过研究鉴别出了在水螈组织再生过程中所表达的蛋白质家族,这或许为深入研究是否一系列基因可以被进行特定目的的研究提供基础,相关研究刊登于近日的国际杂志Genome Biology上,水螈的转录组及所有的RNA分子图谱也刊登于这期杂志上了。