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Nat Biotechnol && J Comput Biol:开发出新算法对单细胞基因进行测序

2012年8月13日 讯 /生物谷BIOON/ --美国加州大学圣地亚哥分校计算机科学家Pavel Pevzner领导的一个国际研究小组开发出一种新的算法来对有机体单个细胞的基因组进行更加快速地和更加准确地测序。这个新的算法被称作SPAdes,能够被用来对不能利用标准克隆技术进行处理的细菌进行测序,其中研究人员将这些细菌称作生命的暗物质,比如医院中发现的一些病原体,在深海或人胃肠道中存在的细菌。

2012-11-19

贺建奎:单细胞基因的兴起

上周在美国冷泉港(Cold Spring Harbor)参加了单细胞分析会议(single cell analysis), 这是一个非常令人激动的前沿学术会议,深深的体会到了单细胞基因组学的时代已经来临。 Cold Spring Harbor的会议是公认的高水准的会议,它有几个特点:首先,所做的报告都是最新的研究,组织方特别强调,希望介绍尚未发表的研究进展。

2013-03-20

基因研究揭示癌变细胞进化过程

在世界范围内,临床上七分之一死亡病例是由于罹患癌症。而在西方社会,这一比例更是高达三分之一。很早之前,人们就知道吸烟会导致肺癌,日照会诱发皮肤癌。但是,对于癌变发生的机制和细节,却知之甚少。

2013-01-30

Cell:开发出比较表观基因方法来研究基因调节功能

人类基因组测序已产生大量基因信息,但是理解每个基因的功能的目标仍未实现。在一项新研究中,美国伊利诺伊大学研究人员报道,利用一种他们称作“比较表观基因组学(comparative epigenomics)”的新方法就能够确定基因的作用。相关论文研究结果于2012年6月8日发表在《细胞》期刊上。

2012-11-18

Nature:成神经管细胞瘤的基因/表观基因研究

成神经管细胞瘤是最常见的恶性儿童脑瘤。在这篇论文中,作者发表了来自人类和小鼠肿瘤的一个全面的全基因组DNA甲基化数据集以及对组蛋白修饰、RNA转录体和基因组测序所做的分析。

2014-06-26

Am J Pathol:成体干细胞产生新的组织时改变它们的表观基因

2012年10月9日 讯 /生物谷BIOON/ --在一项研究中,西班牙巴塞罗那市Bellvitge生物医学研究所癌症表观遗传学与生物学项目(Cancer Epigenetics and Biology Program at the Bellvitge Biomedical Research Institute, IDIBELL)主任Manel Esteller和同事们鉴定出成体干细胞产生人体不同

2012-11-18

Science:单细胞基因测序

2012年12月22日讯 /生物谷BIOON/-- 基因组测序需要用PCR技术扩增出足够量的DNA片段。由于PCR扩增具有偏好型而且基因组具有大量的冗余,造成了基因组测序准确性不高。

2012-12-23

Nature:用单细胞基因探索多样性

宏基因组研究极大地提高了我们对于细菌以及古细菌多样性的理解。然而,环境宏基因组数据往往不容许个别物种的基因组组装,因此,大多数完整的基因组序列来自于培养的微生物。如今,两个新的大规模研究利用单细胞基因组,直接从未培养的环境样本中恢复了细菌和古细菌基因组。

2013-10-13

Biotech:供者细胞类型影响人诱导性多功能干细胞表观基因和分化潜能

已有研究表明小鼠诱导性多功能干细胞(induced pluripotent stem cells, iPSCs)保留着它们起源的细胞类型的表观遗传“记忆”。Kitai Kim等研究人员近日在人类细胞中研究了这个问题,并且把重编程过程中DNA甲基化的不完全擦除和异常的重新甲基化(de novo methylation)记录下来。该研究结果于2011年11月27日在线发表在《自然-生物技术》杂志上。

2012-11-18

:衰老细胞具有癌细胞表观基因

有些癌症并不是是完全由于遗传物质破坏造成的,而是由于衰老细胞绕过了阻止其生长开关导致的

2013-11-27