BMC Bioinfor：章张等开发出检测密码子使用偏好的新算法
近日，中国科学院北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室“百人计划”章张研究员带领其团队，成功设计开发出检测密码子使用偏好（Codon Usage Bias，简称CUB）的新算法：密码子偏差系数模型（Codon Deviation Coefficient，简称CDC）。该研究成果发表在BMC Bioinformatics杂志上。
Nat Biotechnol && J Comput Biol：开发出新算法对单细胞基因组进行测序
2012年8月13日 讯 /生物谷BIOON/ --美国加州大学圣地亚哥分校计算机科学家Pavel Pevzner领导的一个国际研究小组开发出一种新的算法来对有机体单个细胞的基因组进行更加快速地和更加准确地测序。这个新的算法被称作SPAdes，能够被用来对不能利用标准克隆技术进行处理的细菌进行测序，其中研究人员将这些细菌称作生命的暗物质，比如医院中发现的一些病原体，在深海或人胃肠道中存在的细菌。
Nat Biotechnol：科学家开发出一种可预测癌症药物敏感性的新型算法
近日，刊登在国际著名杂志Nature Biotechnology上的一篇研究论文中，来自赫尔辛基信息技术研究所的科学家通过研究开发了一种新型算法，该算可以及基于细胞的基因组数据来帮助预测乳腺癌细胞系对药物的敏感性。
：一种信息学算法快速筛选肿瘤特异抗原的方法
2012年11月14日讯 /生物谷BIOON/ 近日，由北京大学医学部免疫学系的研究人员和美国贝勒医学院合作，在筛选肿瘤特异抗原方面取得重要成果。最新代表性研究论文于近日在线发表在《癌症研究》（Cancer Research）上。 肿瘤特异抗原（Tumor-specific antigen, TSA）具有在正常组织低表达，而在肿瘤组织中高表达的特点，对肿瘤的早期诊断和肿瘤免疫治疗都十分关键。
Genome Biology：成功开发基因融合检测算法SOAPfuse
华大基因成功开发出一种基因融合检测算法SOAPfuse。该算法具有准确率高、敏感性强、精度高、资源消耗少等优点，主要采用局部穷举算法和一系列精细的过滤策略，来对基因融合进行快速、精确的检测。SOAPfuse的最新研究结果已于2013年2月14日在《基因生物学》（Genome Biology）杂志上在线发表。 基因融合是指染色体上两个异位的基因嵌合在一起，形成一个嵌合基因的现象。
Brit J Gen Pract：新算法有助医生诊断某些类型癌症
发表在1月份的British Journal of General Practice杂志上的一项研究"Identifying patients with suspected colorectal cancer in primary care: derivation and validation of an algorithm"表明...
Nat Commun：开发出新型计算机算法鉴别老化基因 或为开发延长寿命的疗法提供思路
来自特拉维夫大学的研究人员开发出了一种计算机公式，其可以帮助预测通过关闭哪些基因来产生和限制热量相同的抗老化效应。
科学家发明PMF新算法
近日来自华东理工大学以及上海生物信息研究中心的研究人员在国际蛋白质组学顶级期刊《分子与细胞蛋白质组学》（Molecular & Cellular Proteomics，MCP，2010年SCI影响因子为8.35）上发表了题为“Feature-matching pattern-based support vector machines for robust peptide mass fing
PLOS COMPUT BIOL：无三维晶体结构的靶标药物发现的新算法
药物－靶标相互作用是靶标识别和药物分子设计的基础。通常认为理想的药物作用模式是，一个药物作用于一个靶标，用于治疗一种疾病；但近年来，随着系统生物学(Systems Biology)的出现和快速发展，网络药理学(Network Pharmacology)思想已被广泛接受。
PLoS Compu Biol：研究者利用谷歌算法来寻找肿瘤生物标记物
在谷歌（Google）搜索引擎中键入搜索关键词就可以用来查询癌症病人的蛋白质和其病程进展的相关性。近日，来自德国德累斯顿理工大学的研究者运用了一种修饰过的Google网页算法对遗传相关的胰腺癌进展的2000个蛋白进行评级，相关研究成果刊登在了近日的国际杂志PLoS Computational Biology上，文章中，研究者找到了7个蛋白质，可以帮助预测肿瘤患者的病程进展...