西湖大学马丽佳团队开发全新深度学习模型,精准预测SpCas9/gRNA活性及特异性
在多个GUIDE-seq测试数据集上相对于应用较广的CFD模型,AIdit_OFF无论特异性还是召回率表现的都更好,且将预测gRNA脱靶位点的精准率平均提高了2.6倍。
基于AI的AAV衣壳库生成新方法,预测成功率近90%
近日,MIT-哈佛大学博德研究所(Broad Institute of MIT and Harvard)官网发布新闻稿,介绍了其载体工程化实验室如何通过结合机器学习方法解决基因治疗的关键问题&mdas
Life Metab :清华大学免疫所曾文文团队揭示阿片类生长因子受体(OGFr)调控脂质氧化促进脂肪组织产热
在该研究中,作者探索了脂肪组织活性调控的新机制。通过分析脂肪细胞中神经递质受体的基因表达水平,作者发现Ogfr基因在脂肪细胞中具有最高的表达量。
《JAMA·肿瘤学》:复旦附属肿瘤医院/仁济医院团队证实,血液多基因甲基化检测可预测肠癌患者早期复发风险
这项研究证明,通过检测6个ctDNA甲基化位点来评估ctDNA状态,这个易于实施的技术可重复且可靠,有助于进行风险分层、分子残留病变评估和复发检测。这项血液ctDNA多基因甲基化检测技术,能够帮助CR
Science:揭示人类顺式调控元件和转录因子结合位点在哺乳动物中的进化景观
包括人类在内的哺乳动物实现了高度的机体复杂性,这主要是由于它们的蛋白是如何被调控的;表征人类基因组的调控景观是现代生物学的一个长期目标。当前的方法测量全基因组的生化信号,包括染色质可及性、组蛋白修饰、
Cell重磅:通过计算模型预测先导编辑效率及脱靶率,拓展其应用前景
这项发表在 Cell 的研究大规模分析了先导编辑效率数据,由此广泛表征了先导编辑的决定因素,并开发了一系列的计算模型来预测在多种细胞类型中不同先导编辑系统的效率,以及脱靶率。
HOTAIR:乳腺癌潜在的转移、耐药和预后调节因子
HOX转录反义基因间RNA(HOTAIR)是一类新的致癌长非编码RNA(LncRNA),属于基因间LncRNA亚类,密切调控哺乳动物胚胎发育相关基因。
甲基乙二醛:一种新型的DNA甲基化上游调节因子
甲基乙二酮(MG)是一种高反应性的二羰基分子。在糖酵解癌症细胞中,MG主要由磷酸二羟丙酮和3-磷酸甘油醛沿糖酵化途径的自发转化形成。
Cell Death Dis:心肌细胞中MEF2A转录因子相互作用机制的研究
心肌发育和产后适应伴随着一组编码收缩机制、酶、受体和离子通道成分的结构基因的转录激活。此外,已知出生后脊椎动物心脏中的转录回路在心力衰竭进展中的适应不良心脏肥大和重塑中发挥作用。
Science:转座因子在基因组中的广泛存在可能为哺乳动物的生物多样性提供线索
作为一种关键的研究领域,转座因子(transposable element,也称为转座子)是可以改变在基因组中的位置产生或逆转突变,从而改变细胞的遗传特性的DNA片段。在一项新的研究中,一个比较240