Nat Methods:澳大利亚科学家发明“拼写检查”基因序列新方法
澳大利亚昆士兰大学的科学家发明一种快速,可靠,简便的纠错方法,可如同计算机检查文字拼写错误那样,发现基因测序过程中产生的扩增序列DNA代码错误。这项成果发表在今年5月出版的《自然》旗下子刊《自然方法学》Nature Methods上。 新方法编制的软件称为“刺槐(Acacia)”,特别适用于分析微生物基因的重要片段——扩增子。
Gene Dev:揭示基因序列长度在基因表达中发挥着关键性作用
2012年10月9日 讯 /生物谷BIOON/ --来自丹麦奥胡斯大学的研究人员揭示人基因末端之间存在令人吃惊的相互作用:如果一种蛋白编码基因太短的话,它将失活。这些发现也解释了一些短序列的基因如何进化来克服这种难题。相关研究结果于2012年发表在Genes & Development期刊上。 人基因组容纳着上千个基因,每个基因当它是活性时能够产生蛋白。
Cell Reports:复合物Msh2-Msh3干扰冈崎片段加工来促进三核苷酸重复序列扩增
2012年9月3日 讯 /生物谷BIOON/ --科学家们假设DNA复制错误会导致三核苷酸重复(trinucleotide repeat, TNR)序列扩增,特别是在DNA滞后链的复制过程中。如果滞后链能够成功复制的话,那么就需要对冈崎片段进行加工,并将它们连接到连续链(continuous strand)上。
JACS:多肽组装中序列效应研究获新进展
来自国家纳米科学中心、复旦大学的研究人员在《美国化学会志》(JACS)上合作发表了题为“Sequence Effects on Peptide Assembly Characteristics Observed by Using Scanning Tunneling Microscopy”的研究论文,通过扫描隧道显微技术(STM)来研究氨基酸序列对多肽组装结构及其稳定性的影响。
Nat Rev Clin Oncol:PIK3CA可作为阿司匹林辅助治疗结直肠癌的生物标志物
两项大型队列观察性研究显示,携带PIK3CA突变的结直肠癌患者若诊断后常规服用阿司匹林,其生存率与总存活率均比未服用者提高。而对于PIK3CA野生型患者,未见阿司匹林有此效应。突变型PIK3CA或能作为可从阿司匹林辅助治疗获益的生物标志物。 虽然癌症的检出和治疗均有进展,但仍有许多患者在治愈后复发并死于该疾病;2008年全球共有760万患者死于癌症。
MCB:发现非编码序列调控基因表达的拼图
来自瑞典卡罗琳斯卡医学院的研究人员取得了基因调控研究的突破性进展——他们识别出了结合在调控基因表达的400多个蛋白上的DNA序列,这将有助于解析为什么不同的个体基因组对疾病患病风险的影响不同。 2000年,科学家们完成了人类基因组测序,希望能将这整个人类DNA序列信息,迅速转换到临床应用上来,比如新型药物,和能判断有患病风险的个体的预测工具。
CA Cancer J Clin:Oncotype DX HER2检查结果不能作为乳腺癌治疗方案的决策标准
美国匹兹堡大学的研究者日前评估了Oncotype DX检查中观察到的人类表皮生长因子受体2(HER2)状态与免疫组织化学(IHC)和荧光原位杂交(FISH) 确定的HER2状态之间的一致性(J Clin Oncol. 2011;29:4279-4285)。
Evol Bioinfor:于军等重复序列与哺乳动物基因组内含子扩张关系研究获进展
近日,在中国科学院北京基因组研究所副所长、基因组科学与信息重点实验室主任于军研究员和“百人计划”雷红星研究员的指导下,基因组所王大鹏博士、博士研究生苏尧等科研人员在哺乳动物基因组内含子扩张与基因功能关系研究,以及突变和自然选择在基因组进化中的作用研究中取得新进展。相关学术论文在Evolutionary Bioinformatics杂志发表。
J Infect Dis:研究者揭示个体感染HIV的重复感染比率
近日,来自约翰霍普金斯大学的研究者和国家过敏传染病研究所(NIAID)的研究人员在国际著名杂志Journal of Infectious Diseases上刊登其关于HIV的最新研究结果,研究者发现HIV重复感染和潜在感染的比例是等同的。这就激发了研究者关于天然免疫反应和为什么机体无法产生对HIV再次感染的抵抗力相关研究的兴趣。
Nat Genet:完成对毛竹基因组序列的框架图
2月24日,国际著名杂志Nature Genetics杂志在线发表了由中国林业科学研究院林业研究所、中国科学院上海生科院植生生态所国家基因研究中心和国际竹藤中心等合作完成的“毛竹全基因序列框架图”的论文。