科研人员开发基于深度学习模型的空间转录组精细分辨率细胞注释算法
STASCAN提供了用于整合空间基因表达信息和组织学图像进行精细分辨率细胞注释的工具,在解码细胞空间精细分布和解析特异组织结构方面具有优势。
2024-11-10
Nature Methods :“等深度”模型重塑空间生物学格局!深度学习与空间转录组学的完美结合
GASTON通过结合无监督的深度神经网络与可解释性算法,创新性地提出了“等深度”(Isodepth)的概念。
2025-02-01
Nature Methods:从序列到结构——RhoFold+深度学习模型实现RNA 3D预测的高效革命
通过结合深度学习和语言模型的力量,RhoFold+实现了对RNA 3D结构的高效预测,克服了传统方法的瓶颈,为RNA功能和应用的深入研究开辟了新天地。
2024-12-01
单细胞和空间转录组中环形RNA深度学习算法取得进展
CIRI-deep可以实现多种转录组测序数据中差异剪接环形RNA的可靠预测,并在单细胞及空间水平实现细胞类型特异环形RNA的准确解析,具有广泛的应用场景。
2024-02-21
Genome Biol:杨力组开发基于深度学习的计算分析框架实现RNA测序数据直接鉴别RNA编辑与DNA突变位点
DEMINING框架通过嵌入的深度学习模型DeepDDR,实现了从RNA测序数据中高效、精确地鉴定RNA编辑和DNA突变。
2024-10-16
Nature Methods:肿瘤进化的空间图谱:CalicoST算法揭示癌症克隆的基因组与空间演化
CalicoST算法的核心优势在于其能够从SRT数据中精确推断等位基因特异性拷贝数变异(allele-specific CNAs)。
2024-11-23
Nature Methods:肿瘤进化的空间图谱,CalicoST算法揭示癌症克隆的基因组与空间演化
CalicoST算法的诞生填补了这一空白。它不仅能够从空间转录组数据中推断出肿瘤的等位基因特异性拷贝数变异,还能够重建肿瘤克隆在空间中的进化轨迹,绘制出肿瘤演化的“进化地图”。
2024-11-10
消除取向优势问题的冷冻电镜三维重构新算法获得进展
科研人员利用SIRM方法,对几种带有缺失锥的数据集进行处理。结果显示,使用SIRM方法后的重建图像在缺失锥方向上的分辨率得到提高,恢复了取向优势带来的密度畸变问题,并提升了分辨率。
2024-08-08