Nature Methods | 革新癌症治疗:EpiChem技术揭示药物与染色质结合的单细胞层面机制
EpiChem为在单细胞水平上解析小分子药物与基因组相互作用及其表观基因组状态提供了一种独特的方法。这一技术的潜在应用范围广泛,从药物开发到理解细胞异质性,都具有重要意义。
Nat Cancer:王红阳/陈磊团队绘制肝细胞癌单细胞分辨率空间原位蛋白图谱,揭示肝细胞癌微环境空间异质性
利用CODEX技术,研究人员对401名HCC患者的肿瘤样本进行36种抗体染色,分辨率达0.377 μm/pixel,一共获得了4,347,731个细胞,定义了72个细胞表型以及40个细胞邻域关系。
Science:利用单细胞染色质可及性图谱揭示原发性人类癌症中的恶性调控程序
多种人类原发性癌症类型的 TCGA 单细胞图谱和用于解释癌症中顺式调控元件的可解释深度学习模型,为了解导致原发性人类癌症恶性表型的分子程序提供了新的资源。
Science子刊封面:丁长海/秦聆团队通过单细胞测序揭示APOE的促骨关节炎新作用
研究首次系统解析了人髌骨下脂肪垫(IPFP)和滑膜组织的单细胞图谱及其在膝骨关节炎(OA)中的变化,揭示了APOE信号通路促进骨关节炎进展的新作用。
Dev Cell:余逸群/余洪猛/刘环海/任雯雯绘制嗅上皮衰老的单细胞转录组图谱
该研究建立了哺乳动物嗅上皮衰老的单细胞转录组图谱(图1),解析嗅上皮细胞类型特异性的衰老相关差异表达基因,发现衰老导致嗅上皮中存在激活型HBC,揭示Egr1和Cebpb是转录调控网络中的核心因子。
Nat Methods:scNanoSeq-CUT&Tag技术:可精准检测单细胞基因组复杂区域的染色质修饰
该研究开发了一种基于单分子测序平台的 scNanoSeq-CUT&Tag 新方法,可以精准检测单个细胞内染色质修饰特征,包括组蛋白修饰和转录因子的结合分布模式。
Nature子刊:张翼/王行环团队开发精确测定单细胞年龄的时钟算法
该研究在ClockDML上发现了与有丝分裂相关的,细胞年龄依赖的染色体可及性,是一种良好的细胞年龄标记物,开发了用该标记物来追踪单细胞年龄的计算方法EpiTrace。
干细胞、类器官与表观遗传学的交响曲!Nat Neurosci:科学家构建单细胞表观基因组图谱,揭示调控细胞命运的关键“开关”
本研究中构建的人类神经类器官发育的单细胞表观基因组图谱,为深入了解人类细胞命运选择提供了宝贵的参考蓝本。
Cancer Cell:张泽民院士团队通过跨组织单细胞多组学揭示具有独特免疫调节作用的肌成纤维细胞亚型
该研究全面探讨了在不同组织和疾病背景下成纤维细胞的表型和分布特征,并揭示了不同肌成纤维细胞在免疫调控中的独特作用。
Nature Cancer:张泽民/程斯进团队解析单细胞尺度下结直肠癌肿瘤微环境分型
该研究建立了一个高质量的人类肠道组织单细胞图谱,揭示了肿瘤特异性的细胞亚型和转录组变化,为解析结直肠癌的细胞和分子机制提供了新的见解。