前沿研究：利用纳米孔测序进行快速病原体基因组监测系列2
纳米孔测序技术可即时获取关键基因组流行病学数据，从病原体鉴定和抗菌素耐药性 (AMR) 分析，到高质量基因组组装和变体鉴定，对传染病样本进行全面、实时洞察，用于有效控制传染病暴发。
7月25日，我们邀请到Oxford Nanopore战略客户经理王海，河南省疾病预防控制中心传染病预防控制所BSL-3实验室主任赵嘉咏，中国科学院微生物研究所博士后曹佳宝，带来前沿研究：利用纳米孔测序进行快速病原体基因组监测系列2线上讲座。
前沿研究：利用纳米孔测序进行快速病原体基因组监测
纳米孔测序提供了传染病样本全面、实时的洞察，能立即获得有效控制传染病爆发所需的关键基因组流行病学数据。
7月14日，Oxford Nanopore将举办“前沿研究：利用快速纳米孔测序进行病原体基因组监测”的网络研讨会。我们邀请到了葡萄牙国立卫生研究院、英国帝国理工学院和伦敦国王学院的传染病专家们分享他们如何使用纳米孔技术快速监测病原体基因组。
蜜蜂及其真菌病原的纳米孔全长转录组研究
高通量的RNA测序方法在生成全长转录本时常常由于逆转录的过早终止而存在困难，由于大多数传统测序方法需要进行片段化，准确组装完整的转录本仍然存在困难。纳米孔长读长测序技术，不需要进行长度选择，整个转录可以进行单读长的端到端测序，能够实现简单、准确的组装，区分高度相似的异构体、识别新转录本及不同转录本之间的差异表达。
福建农林大学蜜蜂保护课题组/蜜蜂-病原互作机制科研创新团队陈大福老师和郭睿老师与百迈客生物科技有限公司共同合作，利用纳米孔超高通量测序平台PromethION，对蜜蜂的两种主要真菌病原东方蜜蜂微孢子虫（Nosema ceranae）和蜜蜂球囊菌（Ascosphaera apis）进行纳米孔全长转录组研究，显著提高了东方蜜蜂微孢子虫的转录组质量并为完善蜜蜂球囊菌的转录组和基因组以及探究转录本的可变剪接和可变多聚腺苷酸化提供了宝贵资源。研究成果发表在预印网站《BioRxiv》。
DOI：https://doi.org/10.1101/2020.03.11.987271
7月22日，我们邀请到福建省养蜂学会副秘书长，福建农林大学校蜂疗研究所副所长，院实验室副主任，校硕士生导师团队带头人郭睿，北京百迈客高级产品经理马晶，在线上分享他们利用纳米孔长读长测序平台进行全长转录组研究的经验和成果。
会议日程
| 时间 | 主题 | 讲师 |
| 15:00-15:20 | 欢迎与纳米孔测序技术与应用介绍 | 王 海 Oxford Nanopore 战略客户经理 |
| 15:20-15:55 | 蜜蜂及其真菌病原的ONT全长转录组研究 | 郭睿 福建农林大学 |
| 15:55-16:00 | 在线答疑 | 郭睿 福建农林大学 |
| 16:00-16:25 | ONT全长转录组的产品优势及应用场景 | 马晶 北京百迈客高级产品经理 |
| 16:25-16:30 | 在线问答与结束致辞 | 马晶 北京百迈客高级产品经理 |
多重病原微生物检测方案 -- 毛细管电泳基因分析仪
基于毛细管电泳基因分析平台的检测系统，是实现多重病原微生物检测的高效手段之一。该检测方案使用多重荧光片段分析技术，对于多种病原微生物的基因片段同时进行分离和检测。可实现一次取样、一个样本、一次实验检测多种复合感染病原微生物。
同时，利用Sanger 测序金标准技术平台可对病毒序列进行测序，确认病毒序列，实现一个检测系统，双重确认。
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拓展阅读：新冠疫情病毒检测 — 多重病原检测不容忽视
宏基因组测序(mNGS):病原微生物检测新风口
基于宏基因组新一代测序技术(metagenomics next generation sequencing, mNGS) 不依赖于传统的微生物培养，直接对临床样本中的核酸进行高通量测序，能够快速、客观的检测临床样本中的多种病原微生物（包括病毒、细菌、真菌、寄生虫），尤其适用于急危重症和疑难感染的诊断。随着mNGS 技术平台的完善和临床研究的增多，mNGS在临床上的运用将越来越广泛。
梁博士会着重讲解基于DA8600平台的宏基因组测序解决方案以及成功案例分享。
高内涵筛选系统发现病原菌抑制宿主天然免疫防御的新机制
天然免疫是机体抵抗病源感染的第一道防线。在研究被干扰素诱导的一类鸟苷酸结合蛋白（Guanylate-binding proteins，GBP）时发现，志贺氏痢疾杆菌感染会特意地引起宿主细胞内hGBP1蛋白的迅速降解。我们在志贺氏痢疾杆菌中进行全基因组转座子突变体筛选，通过Opera高内涵筛选系统发现了ipaH9.8基因的突变会导致hGBP1蛋白降解表型的消失。通过一系列生化，细胞以及小鼠的实验证明了IpaH9.8的生理底物是GBP家族蛋白，通过降解GBP来抑制宿主对细菌的清除。
在这次研讨会中，我们的专家将会在以下方面与您探讨：
· 天然免疫中感染引起宿主细胞内hGBP1蛋白降解现象的发现
· 志贺氏痢疾杆菌中全基因组转座子突变体筛选系统的建立以及关键因子的全基因组的高内涵筛选
· ipaH9.8基因生理底物以及其关键作用的证明