生物信息学:如何使用纳米孔数据对基因组甲基化进行检测和定相
表观遗传学是有关化学修饰的研究,这是一个正在蓬勃发展的研究领域,研究人类表观遗传修饰(包括对 DNA、RNA 和组蛋白的修饰)对于很多领域具有重要意义。然而,传统检测表观遗传学的技术存在一些局限性。例如,短读长测序技术包含聚合酶链式反应 (PCR),在这期间会丢失表观遗传修饰。由于其不能对甲基化直接测序,因此在测序前需要对 DNA 样本进行化学处理,以此推断甲基化的存在。
纳米孔测序可在无需 PCR 的情况下,制备和测序天然 DNA 和 RNA 分子。这样就可以在检测核苷酸序列的同时直接检测完整甲基化,无需任何化学转化或额外的文库制备步骤。端到端的纳米孔工作流程具备简单的文库制备流程,结合灵活的测序选项,可满足各类实验目标,针对靶向区域或人类全基因组提供了前所未有的甲基化解决方案。
11.23日,来自Oxford Nanopore 应用团队的生物信息学家Philip将为大家介绍如何使用纳米孔数据对基因组甲基化进行检测和定相,主要内容有:
甲基化定义及其重要性
如何进行甲基化分析,需要什么样的数据,读长建议
利用纳米孔测序技术进行甲基化检测的结果与分析
时空组学如何带来生命科学领域第三次科技革命?
华大STOmics™技术的诞生,突破了现有空间技术分辨率和检测组织大小的限制,成为全球领先能同时实现“亚细胞级分辨率”和“厘米级全景视场”的原位捕获空间转录组测序技术,并可以实现基因与影像同时分析。该技术首次实现生命全景时空分子图谱,有望带来生命科学领域第三次科技革命。
2021年9月7日,深圳华大生命科学研究院携手生物谷共同举办“时空组学如何带来生命科学领域第三次科技革命?”空中论坛,诚邀从事肿瘤研究、免疫研究、发育生物学、脑神经学、病理研究等方面的专家、学者共同探讨,充分促进领域内人士的交流与合作,推动时空组学的发展,提升人类对生命的认知和推动疾病的研究与重新定义。
Berkeley Lights单细胞光导平台专题(一):如何找到最佳的细胞?
近日,阿斯利康(AstraZeneca)宣布,首个在人体进行的COVID-19中和抗体疗法(AZD7442)的随机、双盲、安慰剂对照、剂量爬坡I期临床试验(NCT04507256)已开始对首批受试者给药。AZD7442是来自COVID-19康复患者的两种单克隆抗体的组合,其中的单克隆抗体由范德比尔特大学医学中心(Vanderbilt University Medical Center,VUMC)发现并于2020年6月授权给阿斯利康,而这个抗体组合中至少有一项是基于Berkeley Lights公司的Beacon单细胞光导平台进行单B细胞克隆筛选而获得。
Berkeley Lights公司在今年7月登陆纳斯达克,这家生物技术公司在去年被知名商业杂志Fast Company评为全球十大最具创新力公司之一。疫情在全球快速蔓延之时,人们对于快速开发新冠治疗方法的需求变得非常迫切,在这样的背景下,Berkeley Lights凭借其主打产品Beacon平台在抗体药物发现中快速高效的解决方案受到诸多COVID-19疗法开发机构的青睐。
早在疫情爆发不久的今年2月4日,金斯瑞公司利用Berkeley Lights公司的Beacon平台对感染SARS-CoV-2(当时称2019 nCoV)的转基因小鼠血样进行筛选,在仅仅24小时内便鉴定出数个潜在的COVID-19阻断抗体。接下来几个月,Berkeley Lights与VUMC密切合作利用COVID-19康复患者血样筛选抗体,在分离出人B细胞后仅18天便成功地获得了SARS-CoV-2中和抗体序列,将其用于抗体合成。Berkeley Lights还与澳大利亚昆士兰大学通过远程合作的方式共同开发了基于Beacon平台的新型检测方法,将其用于COVID-19疫苗的开发,该项目已在今年7月份进入I期临床试验阶段。
事实上,除了抗体药物发现,Berkeley Lights的技术还被应用于广泛应用于细胞系开发、细胞疗法开发、免疫学研究、基因编辑以及合成生物学等领域,用户包括顶级制药公司、合同研究组织(CRO)和学术机构,其中包括Amgen,Novartis,AstraZeneca, Pfizer, BMS, GSK等数十家排名靠前的大型制药企业,也包括金斯瑞、百奥赛图、睿智化学等CRO/CDMO企业,以及Ginkgo Bioworks这样的创新的合成生物学企业等。
那么Berkeley Lights是一家什么样的公司?它的技术何以能有如此广泛的应用范围?在这些应用中Berkeley Lights的技术又是如何发挥作用的?
本次网络研讨会我们特地邀请到Berkeley Lights公司市场营销高级副总裁John Proctor博士对公司及其技术和应用进行全面介绍。
会议日程
时间 | 主题 | 讲师 |
19:30-19:35 | 开场 | 主持人 |
19:35-20:05 | Finding the Best Cells for: Antibody Discovery, Cell Line Development and Cell Therapy | John Proctor, Ph.D. |
20:05-20:20 | 答疑 | 俞辰舟 |
安捷伦磁珠如何帮助提高免疫诊断平台性能
化学发光产品的开发涉及多个方面,其中磁珠作为试剂的关键成分,助力了分析物的快速捕获以及信号检测。本次讲座将从安捷伦磁珠的设计,磁珠与试剂、仪器配合的影响因素,偶联的关键参数等方面来探讨如何应用安捷伦磁珠来帮助提高免疫分析系统的综合性能。
如何进行快速有效的病毒清除验证
目前动物源性病毒感染人类的风险性极高,潜在的医源性感染性问题变得日益突出。近些年为提高制品的生物安全性,国内外药品申报对于病毒清除验证的研究也越来越重视,因此,如何进行快速有效的病毒清除验证十分重要。本次讲座的内容主要涉及病毒清除验证的必要性、合规性以及验证的方式、方法、影响因素等等,帮助大家更快速有效地进行病毒清除验证研究。
千里之行始于足下——如何让你的发现可靠可重复?
正确的科研理念与实验素质是取得科研成功的基础。本讲座将着重阐述如何确保生物医学研究的真实性与可靠性,并以实例详细讲解如何着手建立研究课题,如何设计研究课题,如何正确开展科学研究,以及如果用了不可靠的试剂,可能会导致截然不同的实验结果,偏离研究真相。本讲座全面讲解如何深入开展信号通路的研究,从大数据挖掘到锁定目标信号通路,进一步探讨疾病分子机制,并涉及到相关主流的实验技术,如修饰蛋白质组数据库使用、WB、ChIP、IHC、PTMScan蛋白质翻译后修饰高通量筛选技术等。
10多分的多组学联合应用文章如何炼成?
蛋白质/转录组学和代谢组学越来越多地运用于医学和农林研究的各个领域,如何从海量的数据里去伪存真,找到组学之间的关联,仍然是一个研究的难点。下期讲座(6.12号)真真儿地干货等你来抢~绝对不仅仅是大众熟悉的KEGG通路分析、更有总结高分文章中您还不知道的联合分析的方法和思路帮助大家挖掘关联分析的宝藏!
生物标志物检测将如何推进抗肿瘤药物研发
正当今抗肿瘤药物研发正经历着从传统细胞毒类药物向分子靶向药物以及肿瘤免疫治疗药物转变的重大变革。越来越多的小分子靶向药物以及肿瘤免疫治疗药物的成功上市,见证了生物标志物已成为当今国际抗肿瘤药物研究与开发的关键要素,越来越多的信号分子和通路被确证为抗肿瘤药物的治疗靶点。
虽然现有多项生物标志物检测技术已经丰富了人们对生物标志物的认识,获取了大量数据和经验,解决了很多生物学或医学问题,但在现有技术的检测极限之下,仍有很多困难。这是一段成功与失败相伴的曲折历程,如何开发和利用更为灵敏且特异的生物标志物检测技术,满足基础医学或转化医学的研究需要,推动抗肿瘤药物的研发工作,是当前非常值得探讨的话题。
绚丽多彩的细胞世界:如何玩转细胞分析类流式实验
只有免疫分型才能做多色流式?No No No! 流式细胞术很强大,针对细胞水平的流式分析依旧可以有多姿多彩的展示。
如何玩转流式细胞功能检测?本次讲座会就各种细胞水平的流式分析实验展开讨论,例如细胞凋亡、细胞周期、细胞增殖等,从实验原理、方案设计到操作步骤、实验技巧进行全面的分享。
流式是座山,我来教你翻。Thermo Fisher凭借该领域与日俱增的雄厚技术实力和越来越广泛的流式产品线,为您带来流式技术系列讲座,本次为第四期。