张建中：幽门螺杆菌诊断技术及其研究进展
目前常用的幽门螺杆菌诊断技术（包括有创和无创性体外诊断技术）及根除药物选择相关的抗生素敏感试验和CYP2C19酶多态性检测技术进行全面介绍，对各种相关诊断方法的优缺点和应用进行评述，对相关的研究进展进行介绍。
miRNA生物信息学及其在医学研究中的应用
miRNA是一类重要的基因调控因子，越来越多的证据表明miRNA在许多重要的生命过程中发挥着关键作用。因此，和miRNA有关的功能异常和许多疾病有关（根据人类miRNA疾病数据库， HMDD, http://cmbi.bjmu.edu.cn/hmdd, 的统计，目前已经有近400种人类疾病被报道了和miRNA有关）。因此，miRNA正在成为理解疾病发生发展机制的明星分子，并且疾病的预防、诊断与治疗中具有巨大的潜在的应用价值。从有关miRNA研究的一开始，生物信息学在其中就发挥着重要作用。从miRNA发现到靶基因预测，从分子进化到网络调控，从疾病易感位点确定到疾病miRNA关联分析，都可以看到生物信息学的身影。在本报告中，报告人将重点介绍本人实验室在miRNA-疾病-药物之间关系的生物信息学研究，从大规模数据分析到建模和预测，同时概括miRNA生物信息学在医学研究中的应用。
化学修饰与功能寡核苷酸的生物学性质研究
siRNA具有高效、高特异性沉默靶基因特点，已广泛用于抗病毒、抗肿瘤药物的研发中。结合异核苷修饰和肽-siRNA缀合物构建，能够提高siRNA的血清稳定性和对靶基因的沉默活性，降低其脱靶效应。结合CLD类阳离子脂质体包载体系，可以实现肽-siRNA缀合物的高效跨膜转运。在此基础上，研发异核苷修饰的肽-siRNA缀合物先导结构，或研发核酸适配体靶向的siRNA缀合物候选药物，发展高效、低毒、具有一定细胞和组织特异性等较好成药性的小核酸药物。
肝干细胞分化调控的研究
尽管目前对于肝干细胞存在的空间位置还不明确，但对它的存在，以及其分化产生肝细胞和胆管上皮细胞，进而参与肝脏结构和功能动态平衡维持的基本生物学特性，则开始有了越来越多的研究。
为了认识肝干细胞分化调控的机制，我们采用单细胞RNA测序技术，对不同生理状态和不同分化状态的肝干细胞/肝前体细胞的表达特性进行了分析，发现了一些特别的现象。这一研究，为肝干细胞分化调控机制的研究提供了一个新的平台，也将有助于肝脏损伤修复和肝脏衰老相关疾病发生机制研究的深入。
BMP4在白色脂肪向棕色脂肪转化中的作用与机制研究
白色脂肪组织内棕色脂肪功能的激活有利于减轻体重和改善代谢。骨形成蛋白4 （Bone Morphologenetic protein 4， BMP4）可以促使多潜能干细胞向前脂肪细胞定向。在本研究中，我们发现人体白色脂肪组织内BMP4的mRNA水平与体重指数（BMI）呈负相关，提示脂肪组织内高表达水平的BMP4有利于控制体重。我们利用转基因小鼠模型在脂肪组织内特异性过表达BMP4后发现，BMP4促使小鼠白色脂肪细胞脂滴和细胞大小显著减小。进一步实验证实白色脂肪细胞内线粒体生成增加，脂肪酸氧化基因表达增加，从而导致小鼠整体基础氧耗增加，血脂降低和胰岛素敏感性增加等一系列代谢变化。另外，体外前脂肪细胞3T3-L1分化过程中加入BMP4处理也可使细胞获得类棕色的表型。干扰BMP4转基因小鼠白色脂肪内PGC1α的表达可以逆转BMP4所引起的白色脂肪棕色化的表型，说明BMP4所引起的脂肪组织发育的变化时通过PGC1α这一关键基因起作用，BMP4激活的P38/MAPK/ATF2/PGC1α信号通路发挥主要功能。与此一致的是，脂肪组织特异性敲除BMP4的小鼠出现脂肪组织体积增加，血脂水平增高，胰岛素敏感性降低等一系列变化，从反方面证实了BMP4对于诱导白色脂肪棕色化和改变代谢的作用。BMP4这种新功能的阐明BMP4可能为临床干预肥胖和改善胰岛素敏感性提供新思路。
间充质干细胞治疗视网膜变性研究进展
以年龄相关性黄斑变性（AMD）和视网膜色素变性（RP）为代表的视网膜变性疾病是全球性重要的致盲眼病。临床上，AMD分为渗出性（湿性）和萎缩性（干性）两大类。尽管眼内注射抗VEGF药物治疗对干预湿性AMD有一定效果，但对更为常见的干性AMD目前尚缺乏有效治疗办法，加之眼部的特性，使之成为世界性干细胞应用研究热点。与美国以胚胎干细胞（ESC）进行视网膜前体细胞和视网膜细胞分化获得的供体细胞、日本以诱导性多能干细胞（iPSC）来源的视网膜色素上皮细胞（RPE）为主要供体细胞开展视网膜下腔移植不同，我们研究团队以间充质干细胞（MSC）和脂肪来源干细胞（ADSC）为供体细胞，并利用RCS大鼠这种遗传性视网膜变性模型为工具，进行视网膜下腔移植进行研究。本报告结合间充质干细胞的简要介绍，重点报告我们实验室进来研究所取得的进展，特别是MSC和ADSC在RCS大鼠的移植后的存活、迁移、整合、分化情况，以及这些干预治疗的效果和安全性，并对间充质干细胞治疗视网膜变性及其他临床应用进行了预测和展望。
高血压相关miR研究进展
本实验应用miRNA芯片检测了高血压患者外周血浆miRNA表达谱，共有18种miRNA表达有差异，其中HCMV编码的miRNA hcmv-miR-UL112在高血压组较健康对照显著高表达（3.78 vs. 1.50，p<0.0001）；hcmv-miR-UL112能够通过作用于下游靶基因IRF-1及MICB导致免疫逃逸及血压调节障碍。
晶芯® 人类长链非编码RNA芯片V3.0的设计及在疾病研究中的应用
长链非编码RNA (lncRNA)以RNA的形式在多种层面上，通过影响染色质状态，RNA转录和翻译层面调控基因的表达。近年研究者非常关注lncRNA在各种生物学过程和疾病过程中所起到的作用，形成了新的研究热点。 博奥生物与中科院生物物理所陈润生院士研究组，基于已经公布的大量lncRNA数据库及实验室发现的800多条中等长度的非编码RNA，推出了自主设计的lncRNA芯片。继成功推出lncRNA V1.0 和 V2.0 芯片基础上，鉴于当前lncRNA 研究的快速进展，收集和更新lncRNA 序列信息，经过严格的序列筛选和整合，推出了新一代的晶芯lncRNA V3.0 芯片服务。最新的V3.0芯片包括约3.8万条lncRNA和约3.4万条mRNA探针，可以同时针对lncRNA和mRNA进行检测。在充分保证探针容量和重复数量（lncRNA和mRNA检测探针均重复2次以上）的前提下，降低了芯片成本和实验费用。在检测成本和检测准确性之间达到较好的平衡点。 通过lncRNA芯片检测，研究人员能够迅速获得与特定生物学过程或者疾病相关的lncRNA的表达变化，从而发现与特定生物学过程相关的lncRNA，寻找与疾病相关的lncRNA。
细菌非编码RNA的系统发现和功能研究
毕研究员等开展了结核菌非编码RNA系统发现、标注及功能研究来回答其有多少非编码RNA？基因组定位？与结核菌的致病性和耐药产生相关的有哪些？可望在结核菌的致病和耐药机制方面获得重要发现，为结核病的治疗和预防提供重要依据。