干扰素治疗丙肝疗效预测及病毒耐药机理
丙肝病毒（HCV）感染后，80%以上导致慢性持续感染。干扰素联合利巴韦林治疗，对50%的病人有效。但存在普遍的毒副作用及费用昂贵。虽然FDA已经批准作用于HCV复制所必需的的蛋白酶抑制剂（DAA）用于难治性I型丙肝病人"三联"治疗，但广泛的快速的病毒耐药及昂贵的治疗费用限制了其广泛应用。因此研究治疗前的疗效预测方法及丙肝病毒耐药的分子机理，对开展丙肝个体化治疗及新型抗病毒药物研究非常必要。采用高通量基因芯片检测，我们从慢性丙肝病毒感染者治疗前肝组织内筛选出18个表达差异基因（Chen, et al. Gastroenterology 2005），预测病人对干扰素治疗是否有效的准确率在95%以上(Chen, et al. Gastroenterology 2010)。这18个表达差异基因中，大部分是干扰素刺激（敏感）基因（ISG），而且3个基因（ISG15， USP18，CEB）同时位于一个仅有5个基因组成的信号传导通路中（类泛素化ISG15/USP18通路）。这些ISG都在治疗无效病人肝组织内高表达。
为此，我们提出内源性干扰素信号传导通路及ISG15/USP18类泛素化通路的激活与丙肝病毒耐药及持续感染有关。采用丙肝病毒体外培养系统，我们对ISG15/USP18信号传导通路在HCV复制及干扰素抗病毒活性中的作用进行了研究。发现ISG15及USP18不仅刺激HCV 复制而且抑制干扰素抗病毒活性 (Randall & Chen, et al. Gastroenterology 2006; Chen, et al. Journal of General Virology 2010)。这可以一定程度解释为什么HCV感染后，肝组织内ISG高表达预示病人对干扰素治疗无效。
免疫组化研究表明， 这些ISG不仅表达水平有差异，而且表达具有细胞特异性，即在不同细胞内表达与干扰素治疗效果密切相关。如果ISG主要在肝细胞内表达，病人对干扰素治疗无效，如果主要在巨噬细胞内表达，则90%以上的病人对干扰素治疗敏感 (Chen, et al. Gastroenterology 2010)。最近通过全基因组关联分析，发现IL28B SNP与HCV感染后病毒的自然清除及干扰素治疗效果有关。但我们的研究表明，基于ISG在肝组织内不同细胞表达预测干扰素治疗丙肝疗效较IL28BSNP预测疗效更加准确 （McGilvray, et al. Gastroenterology 2012 in press）。
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