化学修饰与功能寡核苷酸的生物学性质研究
siRNA具有高效、高特异性沉默靶基因特点，已广泛用于抗病毒、抗肿瘤药物的研发中。结合异核苷修饰和肽-siRNA缀合物构建，能够提高siRNA的血清稳定性和对靶基因的沉默活性，降低其脱靶效应。结合CLD类阳离子脂质体包载体系，可以实现肽-siRNA缀合物的高效跨膜转运。在此基础上，研发异核苷修饰的肽-siRNA缀合物先导结构，或研发核酸适配体靶向的siRNA缀合物候选药物，发展高效、低毒、具有一定细胞和组织特异性等较好成药性的小核酸药物。
化学修饰与功能寡核苷酸的生物学性质研究
siRNA具有高效、高特异性沉默靶基因特点，已广泛用于抗病毒、抗肿瘤药物的研发中。结合异核苷修饰和肽-siRNA缀合物构建，能够提高siRNA的血清稳定性和对靶基因的沉默活性，降低其脱靶效应。结合CLD类阳离子脂质体包载体系，可以实现肽-siRNA缀合物的高效跨膜转运。在此基础上，研发异核苷修饰的肽-siRNA缀合物先导结构，或研发核酸适配体靶向的siRNA缀合物候选药物，发展高效、低毒、具有一定细胞和组织特异性等较好成药性的小核酸药物。
PTMScan®蛋白翻译后修饰技术简介
利用Cell Signaling Technology (CST)公司开发的针对蛋白质翻译后修饰(PTM)基序(motif)抗体, 在肽段水平上免疫亲和富集带有不同PTM的肽段,利用液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)进行定量分析,能够快速、准确、高通量地分析多种疾病相关信号通路关键节点蛋白磷酸化、乙酰化、甲基化和 泛素化修饰的变化,满足创新性研究、生物标志物鉴定、药物靶点筛选和评价的需求。
基因修饰DC的临床治疗
树突状细胞（dendritic cell, DC）为一种骨髓来源的抗原提呈细胞（antigen-presenting cell, APC），它在免疫反应的诱导和调控中发挥重要作用，为T和B细胞免疫反应的关键调控者。DC作为免疫反应的关键"决策细胞"，它是对免疫系统进行治疗性操作以增强针对肿瘤抗原的免疫反应的理想靶点之一。
在肿瘤疫苗的研究中，DC常作为一种"天然佐剂"来诱导肿瘤抗原特异性效应和记忆性细胞。自从1996年美国斯坦福大学医学中心Hsu等在Nature Medicine上报道了全球首项DC肿瘤疫苗临床研究以来，基于DC的肿瘤免疫治疗方法一直处于研究中，一系列临床研究正在进行中或已经完成。
目前全球范围内已经有3支DC肿瘤疫苗获得了上市批准：sipuleucel-T（Dendreon，美国）、CreaVaxRCC（CreaGene，韩国）和Hybricell（Genoa Biotechnologia，巴西），DC肿瘤疫苗已经由实验室走上临床，其可行性和安全性以及对部分患者的有效性已经得以证实，但从总体上来看，DC肿瘤疫苗诱导的临床反应仍有限，受制于DC的成熟度、与临床反应相关的细胞免疫反应的诱导、外源性负载的表位数量较少等因素，这表明传统DC肿瘤疫苗功能可能需要进一步改进，而基因修饰的表达肿瘤抗原和增强免疫反应的免疫刺激分子、细胞因子或趋化因子以及下调免疫负调控分子（如SOCS1等）的DC将有助于这些问题的解决。
10多年的临床前研究和临床研究已经证实单纯基因修饰DC治疗或它与其他治疗手段联合治疗的安全性和有效性，它将是未来DC肿瘤疫苗发展的一个重要方向，尤其是应用于常规治疗手段后的微小残留病灶的辅助治疗或与其他抗肿瘤或免疫增强治疗手段的联合治疗。
成体干细胞基因修饰策略及应用基础研究
成体干细胞包括造血干细胞(HSC)、间充质干细胞(MSC)、内皮祖细胞等多种类型，在多种疾病的治疗的治疗中具有广阔的应用前景。但是，成体干细胞临床应用依然存在植入效率低、功能不显著等问题。干细胞治疗通过组织重建以及分泌生长因子等综合机制发挥治疗作用。利用特定功能的基因修饰有望提高成体干细胞的治疗效果。
重组腺病毒是应用最广泛的基因转移载体，但部分干细胞缺乏其受体CAR，因而其感染效率很低。另外， 腺病毒载体携带外源基因的容量有限。为提高重组腺病毒载体修饰成体干细胞的效率及治疗效果，我们进行了一下工作：
（1）重组腺病毒载体的改构： 对5型腺病毒载体的纤维顶球进行了改造，将其替换为B组11p型腺病毒（Ad11p）的纤维顶球，从而改变了它的靶向性，增强了对造血细胞的感染效率；改构腺病毒通过CD46介导而实现对血液细胞的感染；通过和甲病毒的融合，提高重组腺病毒携带外源基因的容量及表达效率；构建了外源基因非整合于基因组的重组腺病毒载体。
（2）成体干细胞基因修饰提高存活及植入效率。鞘氨醇激酶（SPK）是一种具有抑制细胞凋亡作用的信号分子,其产物S1P对干细胞具有广泛的调控作用。SPK基因修饰可以明显提高骨髓MSC胞内SPK酶活性并促进细胞的存活和归巢，表明SPK基因修饰是提高MSC应用效率的有效策略。
（3）肝细胞生长因子（HGF）基因修饰干细胞特性及应用。生长因子的基因修饰也是增强干细胞治疗效果的重要措施。肝细胞生长因子（HGF）是一种具有促进肝再生、血管生成和抑制纤维化等多种功能的生长因子。在实验动物模型中，HGF基因修饰的骨髓MSC对心肌缺血、放射性肺损伤、肝脏损伤、股骨头坏死等损伤性疾病具有较好的治疗效果。成体干细胞基因修饰能够提高干细胞对疾病的治疗效果，并在多种疾病的治疗中具有广阔的应用前景。
抗体修饰的细胞靶向治疗研究
基因修饰DC的抗肿瘤效应
房静远：胃肠癌发生与预防的相关信号通路与表观遗传修饰
胃肠癌相关基因受天然反义转录本等表观遗传修饰方式调控: ① ADAMTS9是甲基化敏感基因，参与胃癌发生，且是胃癌独立的预后指标。②低氧诱导因子-1α (HIF-1α) 诱导的组蛋白去甲基化酶JMJD2B促进大肠癌细胞恶性表型转化。 ③miRNA 345的甲基化参与CRC的发生。④非编码RNA之一，天然反义转录本在胃癌发生中起重要作用。
高通量筛选发现促癌基因DHPS及其天然反义转录本WDR83在胃癌组织中表达上调，其两者间存在着双向调控作用。
胃肠癌发生发展中与增殖相关信号通路异常，后者亦受表观遗传修饰调控: ① JAK/STAT信号通路的活化促进胃肠癌的发生发展。STAT3在CRC中异常激活。敲除STAT3可上调CRC细胞E-cadherin而下调 N-cadherin和 vimentin的表达。STAT3 与 COX-2的相互作用，参与 H.pylori 致胃癌的过程。②Rho GTP酶通路在CRC发生中起重要作用。③运输蛋白微粒复合体（TRAPPC4）的LDC结构域在高尔基体与EKR2结合而参与ERK-MAPK通路活化；体内外实验示其影响胃癌生物学行为。④ CRC细胞中DNA甲基化涉及调控SHP1的表达。
表观遗传修饰和检测影响其调控的物质可早期预警大肠肿瘤: ①大于50岁年龄组低血浆叶酸者易发生CRA。②低膳食纤维、粪便中短链脂肪酸含量降低和相应的产丁酸盐菌群减少可能参与CRA的发生。
调控表观遗传修饰或信号通路，可预防大肠肿瘤发生: ①动物体内试验证明，应用维持DNA甲基化的叶酸制剂或抑制细胞增殖相关通路可预防小鼠CRC的发生，且首次证明叶酸的疗效与干预时机有关。 ②前瞻性随机对照多中心临床干预试验证明叶酸预防散发性CRA的初发。
贾立军：Neddylation蛋白修饰-CRL 泛素连接酶通路调控肿瘤细胞自噬应答的机制与潜在应用
贾立军博士，复旦大学附属肿瘤医院肿瘤研究所研究员和博士生导师。目前主要从事“针对蛋白质翻译后修饰通路进行抗肿瘤分子靶点发现”等研究工作。
相关研究在 J Natl Cancer Inst（JNCI）、Cancer Research、Clinical Cancer Research、Autophagy、Cell Death & Differentiation、Cell Death & Disease、Int J Cancer和J Biol Chem等学术期刊发表文章40篇、获邀参编英文专著4部。主持国家自然科学基金（81372196，31071204，30500637，81172092）、国家重大科学研究计划（2012CB910302，课题负责）、上海市卫生局A类重点项目 (2010012)、上海市“浦江人才 ”资助计划（12PJ1400600）和上海高校特聘教授（东方学者）资助计划等科研项目。
学术兼职包括：国家自然科学基金委员会医学科学领域学科评审组专家、中华医学科技奖评审委员会委员、上海市免疫学会肿瘤免疫专业委员会委员、高等学校自然科学奖和技术发明奖评审专家和十余种学术期刊审稿专家。荣获上海高校特聘教授（东方学者）和上海市浦江人才等荣誉称号。