秦正红：DRAM1 regulates autophagy flux and Bid-mediated cell death via lysosomes
秦正红，博士，教授，神经药理专业博士生导师。1994年在美国宾州医学院研究生院获博士学位，先后在美国国家卫生研究院(NIH)及麻省总医院和哈佛大学医学院从事研究工作。2003年从哈佛大学引进，现为苏州大学医学部基础医学与生物科学学院科研中心实验室主任，中国药理学会生化药理学专业委员会委员，中国药理学会神经药理学专业委员会委员，美国神经科学学会会员。
Damage-regulated autophagy modulator1 (DRAM1), a novel TP53 target gene, is an evolutionarily conserved lysosomal protein and plays an essential role in TP53-dependent autophagy activation and apoptosis (Crighton et al, 2006). However, the mechanisms by which DRAM1 promotes autophagy and apoptosis are not clear.
3-Nitropropionic acid (3-NP) is an inhibitor of mitochondrial respiratory complex II. Intrastriatal administration of 3-NP produces neuropathology resemble to Huntington disease. 3-NP-induced neuronal death was involved in autophagy and apoptosis. In vitro studies with 3-NP in TP53 wt and null cells, 3-NP or CCCP increased the protein levels of DRAM1 in a TP53-dependent or independent manner. DRAM1 induction contributed to 3-NP-induced autophagy activation. Knock-down of DRAM1 with siRNA inhibited the activity of V-ATPase, acidification of lysosomes and activation of lysosomal proteases. Knock-down of DRAM1 reduced the clearance of autophagososmes.
3-NP also induced a transcription independent upregulation of BAX protein levels. Knock-down of DRAM1 suppressed the increase in BAX levels. Co-immunoprecipitation and pull-down studies revealed an interaction of DRAM1 and BAX protein. Stably expression of exogenous DRAM1 increased the half-life of BAX. Upregulation of DRAM1 recruited BAX to lysosomes and induced cathepsin B-dependent cleavage of Bid and cytochrome c release. Knockdown of DRAM1, BAX or inhibition of lysosomal enzymes reduced 3-NP-induced cytochrome c release and cell death.
These data suggest that DRAM1 plays important roles in regulating autophagy flux and apoptosis. DRAM1 promotes autophagy flux through a mechanism involves activation of V-ATPase and enhances the acidification of lysosomes. DRAM1 promotes apoptosis via a mechanism involving recruitment of BAX to lysosomes to trigger cathepsin B-mediated Bid cleavage.
ACD RNAscope®原位定量技术在精准医疗研究中的应用
RNAscope®原位定量专利技术由美国新兴的分子病理领导者ACD公司(Advanced Cell Diagnostics, Inc., California, USA)开发，通过专利的双“Z”探针设计，使RNA原位杂交具有高度特异性、单分子检测的敏感性并有极高的信噪比，能够在单细胞水平同时定量多个RNA的表达，在获得单细胞中单拷贝RNA表达数据的同时提供完整的组织形态学信息，提高对疾病与标志物之间复杂的生物学相关性的认识，是理想的能够用于NGS和芯片技术后期转化研究技术平台。
自2011年技术推广以来,其应用已在如Nature、Science、NEJM等国际顶级期刊发表超过300篇SCI论文。研究涵盖了感染及免疫、肿瘤、神经生物学、干细胞及发育、非编码RNA、表观遗传学等基础医学领域，以及靶标鉴别和验证、临床前安全性评价和药效评估等药物开发研究。
本课程详细介绍RNAscope®技术的基本原理，技术特点以及在肿瘤、非编码RNA、病毒及免疫等研究领域的应用实例。由于课程内容全英文，更多中文资料与信息请访问ACD中国官方微信号（ACD_China）或发送邮件info_china@acdbio.com咨询。
Affymetix芯片原理--陈巍学基因（28）
陈巍学基因这个节目，主要是为大家介绍基因组学，和临床分子诊断的最新技术进展.
今天，主要和大家谈一下著名的生物芯片公司 Affymetrix 公司，以及它应用得最广的两种芯片：表达谱芯片、和SNP分型芯片。主要分为以下几个部分：
1.Affymetrix 芯片的制造过程，类似半导体芯片的制造过程，是通过光蚀刻来完成的。
2.Affymetrix 的表达谱芯片，分成传统的In Vitro Transcription 芯片和Whole Transcriptome 芯片。
3.Affymetrix 公司的基因分型芯片，也就是SNP分型芯片有两种实验原理：新的是Axiom芯片，是基于连接反应的；而老的卡式芯片，是基于目标DNA片段与探针序列进行杂交。
4.Affymetrix 分析表达谱的软件。
Agilent生物芯片原理--陈巍学基因（29）
欢迎来到【陈巍学基因】，我们这个节目，主要是为大家介绍基因组学，和最新的临床分子诊断的技术进展。
今天，会和大家谈一下Agilent公司（安捷伦公司）的生物芯片，视频主要分为以下几个部分：
1.Agilent生物芯片的扫描仪、合成工艺、大体规格和分析软件等。
2.Agilent芯片的应用主要在“比较基因组杂交”领域；
CGH芯片主要是检测：杂合性缺失（LOH）、单亲二染色体（UPD）、和拷贝数变异（CNV）；
CGH芯片区分SNP位点的方法，是通过“酶切+杂交”。
3.Agilent表达谱芯片的IVT检测原理和三个特点。
Generating B-lymphoblastoid cell lines using Epstein Barr virus transformation.
Generating immortalized B-lymphoblastoid cell lines via Epstein Barr virus transformation using the B95-8 EBV-infected and producing marmoset cell line.
从外周血中提取Drabek基因组DNA
Drabek genomic DNA extractions from peripheral blood. Employing a novel DNA extraction procedure adapted from Drabek [Biomed. Papers 146(2), 37–39 (2002)] and Nasiri [Journal of Clinical Laboratory Analysis 19:229–232 (2005)]for human peripheral blood samples.
建立EB病毒转化B淋巴母细胞系
Generating B-lymphoblastoid cell lines using Epstein Barr virus transformation. Generating immortalized B-lymphoblastoid cell lines via Epstein Barr virus transformation using the B95-8 EBV-infected and producing marmoset cell line.
Western Blot Using The invitrogen NuPAGE Novex Bis-Tris MiniGel System(Aubin Penna.Ph.D)
Western Blot Using The invitrogen NuPAGE Novex Bis-Tris MiniGel System(Aubin Penna.Ph.D)