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计算机模拟有助于研究细菌的耐药性

据悉,一个关于氨基糖甙类抗生素与它们在细菌的作用位点之间相互作用的最新研究使用了计算机模拟来阐明这个机制,从而建议药物的修饰。 在这篇于7月21日发表在开放期刊《PLoS Computational Biology》上的文章中,波兰华沙大学以及美国加州大学圣地亚哥分校的研究人员描述他们的细菌耐药机制的物质基础研究-抗生素的作用靶点即细菌核糖体RNA的突变。

2011-07-29

:揭示RNA所起细胞作用的计算机程序

计算机工程师可能给医学界提供一种精确计算出蛋白质如何形成和发挥功能的新方法。 美国中佛罗里达大学助理教授Shaojie Zhang使用一种复杂的计算机程序分析RNA基序,即组成RNA的亚单元。 RNA与DNA和蛋白质是生命的三种构建单元。知道这三种构建单元如何合作和如何发生偏差将有助于理解是什么导致疾病以及如何治疗它们。

2012-11-18

活细胞内进行DNA计算获得成功

根据物理学家组织网7月11日(北京时间)报道,美国北卡罗莱纳州立大学的化学家成功演示了如何在人体细胞内进行基于DNA的逻辑门操作。这一研究为将来在活细胞内运行更复杂的计算铺平了道路,并有助于开发新的疾病诊断和治疗方法。 计算机是通过逻辑门进行运算的,多个逻辑门以不同的方式组合,使计算机能够执行各种操作。在DNA计算中,这些门是由不同的DNA链而非一系列晶体管结合在一起创建出来的。

2013-07-12

:谷歌云计算技术有助于新药物开发

近期斯坦福大学和谷歌公司科学家共同开发了原子水平模拟受体三维结构变化的方法

2013-12-22

Int Rev Cell Mol Biol:科学家揭示进行大规模基因组架构研究的计算机模型

刊登在国际杂志International Review of Cell and Molecular Biology上的一篇综述文章中,来自国外的研究人员在文章中就解析了这种计算机模拟技术研究DNA的现状。

2014-01-05

Nat Commun:开发出新型计算机算法鉴别老化基因 或为开发延长寿命的疗法提供思路

来自特拉维夫大学的研究人员开发出了一种计算机公式,其可以帮助预测通过关闭哪些基因来产生和限制热量相同的抗老化效应。

2014-01-05

:上海药物所开发出离子通道电压敏感性的理论计算方法

每个残基对通道电压敏感性的贡献 膜蛋白的电压敏感能力是各种生理电信号存在和实现的基础。离子通道的电压敏感性一般是采用实验方法测量,把电生理数据拟合波尔兹曼分布获得相应参数。基于二态模型和平衡热力学理论,中科院上海药物研究所阳怀宇、高召兵、利民和蒋华良等研究人员发展了离子通道电压敏感性的理论计算方法。 该方法是迄今唯一可实际运用的电压敏感性理论计算方法。

2012-11-18

:细菌可开发生物计算机基本组件

英国研究人员最近用细菌和基因手段开发出一种可模块化的新型“生物逻辑门”,为研制生物计算机铺平道路。 逻辑门是计算机的基础,它是一种对输入的信息进行逻辑运算,然后输出信息的装置。通过对不同逻辑门进行各种组合,就可搭建出复杂的计算机电路。

2012-11-18

Nature:简化有关活细胞的计算方法

用于合成生物学的新颖基因控制系统的设计受数字逻辑支配。这必然是一种复杂的安排。现在Timothy Lu及其同事利用在自然细胞中所发现的模拟构造单元来在对数范畴内执行算术运算。这样的模拟回路(它们可以与数字回路集成)应能使采用更少的要素来进行在生物感应中要求宽的动态范围的复杂计算成为可能。

2013-06-21

eLife:使用计算机模拟技术揭示病毒扩散的机制

2013年6月19日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,刊登在国际杂志eLife上的一篇研究报告中,来自布兰迪斯大学的研究者通过复杂的计算机模型和图形处理单元来揭示病毒结构与其外壳之间基因组数据的复杂关联。研究者Jason Perlmutter表示,我们希望通过此项研究来帮助改变病毒的装配从而使得病毒不能进行复制。

2013-06-19