师咏勇：新一代测序在转化医学中的应用
此课程是师咏勇教授在2014新一代测序论坛上的演讲。
师咏勇：***特聘教授，国家杰出青年基金获得者，上海交通大学特别研究员，博导，Bio-X研究院Principal Investigator。2001年和2006年分别获得上海交通大学学士学位和博士学位。
国家863计划“常见精神疾病的分子分型与个体化诊疗”重大项目课题负责人，2007年上海市优秀博士论文获得者，2008年度上海第四届青年科技英才获得者，2009年全国优秀博士论文获得者，2009年入选教育部新世纪优秀人才支持计划，2013年11月入选国家杰出青年及长江特聘学者。
施奇惠：从微流控芯片来看医疗模式的转变与转化医学壁垒
施奇惠教授作为微流控芯片检测方面的专家，他从微流控技术出发，分析了微流控技术的发展现状和商业化瓶颈，并对未来POCT领域的应用做出展望。更进一步对于现阶段医疗模式的转变和转化医学的壁垒进行了剖析。
邓大君：CDKN2A甲基化—从基础研究到转化应用及存在问题
p16主要以CpG岛甲基化的方式在多种肿瘤及其癌前病变组织中频繁失活。我们发现与肿瘤细胞中的p16甲基化非常稳定不同，胃炎组织中的p16甲基化不稳定，会随着Hp的清除而消失（Int J Cancer 2009）；胃癌组织的p16 CpG位点已经扩展到启动子区，而胃炎组织的甲基化CpG位点局限在第一外显子区(PLoS ONE 2012)；肿瘤细胞的p16完全甲基化能够以稳态的方式稳定传递给子细胞，而第一外显子局部甲基化不稳定，可通过胞嘧啶羟甲基化途径发生去甲基化，不能传递给子细胞(PLoS ONE 2014)。
巢式病例对照和前瞻队列研究发现，p16甲基化阳性的胃和口腔粘膜上皮异型增生容易癌变(Clin Cancer Res 2004和2009；欧洲发明专利#EP1602731)，得到国际同行验证。
创建符合诊断用途的p16甲基化MethyLight测定新方法（BMC Med Genet 2012；国际发明专利WO2012094776），正在开发诊断试剂，开展多中心前瞻队列验证研究（NCT01695018）。
袁振刚：肿瘤免疫细胞治疗 —转化医学新阵地
癌症严重威害人类健康，已成为我国人民健康的头号杀手，且伴随着老龄化愈演愈烈。传统癌症治疗手段（手术、放化疗）各有弊端，治愈率已到瓶颈。
癌症靶向治疗陷入困境，投入大产出小，而癌症免疫治疗时代已经来临，成为根治癌症的新希望。
免疫治疗是理想的癌症疗法，能正确区分癌细胞与正常细胞，特异、高效杀伤癌细胞，具有研发速度快、成本低的特点，符合转化医学策略。
经过多年的研究实践，我们建立了完善的免疫细胞治疗临床应用体系，获得细胞治疗临床应用批文，并取得可喜的治疗效果。针对免疫细胞治疗面临的三大问题，通过转化医学研究手段，建立了较为完善的技术储备：1、T细胞高效感染与外源基因表达平台；2、高免疫活性个体化治疗方案制定体系；3、高效肿瘤特异性CTL扩增技术体系；4、克服肿瘤微环境的T细胞修饰技术体系。
最后，我们集医疗、科研、生产为一体建立了上海细胞治疗工程技术研究中心的发展平台， 为细胞治疗的产业化开发奠定基础。
覃文新：DKK1蛋白作为肝癌血液标志物的发现和转化研究
上海交通大学医学院附属仁济医院上海市肿瘤研究所癌基因及相关基因国家重点实验室
肝细胞癌是全球致死率较高的恶性肿瘤之一，及时有效的诊断可提高患者的临床治疗效果、延长生存时间。
本研究纳入两个队列：测试集和验证集，测试集共831例血清样本，验证集共453例血清样本。采用酶联免疫吸附实验测定DKK1在血清中的浓度，并根据受试者工作特征曲线分析其对肝细胞癌的诊断价值。
结果显示：DKK1蛋白在肝细胞癌患者组血清中的浓度明显高于非癌症组；血清DKK1蛋白对肝细胞癌总体诊断率可达69.1%，对早期肝细胞癌（BCLC 0+A）和小肝癌（单个小于2cm）的诊断率分别可达70.9%和58.5%；同时，DKK1蛋白能够弥补甲胎蛋白（AFP）对肝细胞癌诊断能力的不足，对甲胎蛋白阴性（≤20ng/ml）肝细胞癌的诊断率为70.4%，并可从甲胎蛋白阳性（>20ng/ml）的慢性乙型肝炎及肝硬化等高危患者中鉴别诊断肝细胞癌，鉴别诊断率达68.2%；DKK1蛋白与甲胎蛋白联合应用，可将肝细胞癌总体诊断率提高至87.5%。
验证集验证了血清DKK1蛋白对肝细胞癌的诊断价值,手术后患者血中的DKK1浓度迅速下降，血清DKK1蛋白亦可作为肝癌疗效监测和预后判断指标（The Lancet Oncology 2012 Aug; 13(8):817）。
郜恒骏：中国生物样本库与转化医学的思考
郜恒骏：同济大学消化内科学教授、主任医师、博士生导师，同济消化疾病研究所所长。
众所周知，生物样本库是生命科学基础与临床研究的关键源头，是进行大样本验证、快速实现生物医药转化医学的核心环节。近几年，我国生物样本库与转化医学得到政府与科学家们的高度关注、医院领导与专家们的高度重视、企业与技术部门大力支持，广大科研、医务工作者的积极响应，呈现良好发展势头。
中国医药生物技术协会组织生物样本库分会（BBCMBA），于2009年9月由卫生部、民政部批复成立，并于2013年顺利进行了改选，第二届专业委员会由全国100多家知名医院、134名领域著名、知名专家组成。分会已牵头举办了五届中国组织生物样本库标准化建立与应用研讨会、两届上海生物样本库与转化医学论坛。
今年，第六届全国大会在北京隆重召开，预计规模达千人。分会与国家863分子分型项目组、癌症基因组共同编写了中国生物样本库与数据库建立的指南，并牵头组织全国生物样本库领域的20余名专家制定了中国医药生物技术《生物样本库》行业标准（试行版）、翻译《2012 ISBER最佳实践》，均已公开发布，为我国数百家医院提供了培训。
2013年分会成立了中国生物样本库的质量检查与达标论证工作组，制定了自评表与质量达标检查细则和评分标准，并着手制定系列生物样本的国家标准以保证其样本资源的质量。分会还建立了中国虚拟生物样本库，旨在利用此网站加强我国生物样本优势资源的交流、合作和共享。该组织越来越成为我国该领域唯一国家级权威机构。
目前，我国生物样本库有专家库、科室库、多学科库、重大项目库、医院库、区域库等，不少医院（尤其三甲医院）纷纷着手建立自己的样本库，其中有精品库、价值库、特色库，恕我直言，也有不少垃圾库、死库。转化医学中心也如雨后春笋，已达数百个。
然而，什么是转化医学？其本质是什么？转化什么？如何实践？有这样的担心：几年后老外的仪器设备卖了，而漂亮的转化医学中心却空着、仪器设备沦为废铁。还是静下心来、脚踏实地地做成一些转化工作。
中国生物样本库与转化医学的发展思考：生物样本库的发展趋势是标准化、专业化（人才）、特色化（地域与学科）、精品化（求质量不比数量）、信息化（中心）、集约化（银行）、自动化、国际化与价值化（强调应用）。为促进我国转化医学研究与产业化的健康发展，加强国际交流与合作，我中心、分会与美国转化医学杂志（AJTR）在美国联合注册成立了美中转化医学协会（UCATM），分别在中国、美国召开中美转化医学论坛。
周大鹏：糖基化大分子作为免疫识别的靶点研究和应用转化医学
糖复合物是在生物进化过程中产生的生物大分子，是生物能量储备和释放的主要介质，是生命中信息交换和进化过程中各种生物互相对话，互相影响的通讯编码， 更是肿瘤和感染类疾病中介导致病细菌，病毒，和癌细胞逃避免疫系统攻击的主要生物大分子。
随着系统糖生物学的研究进展，糖基化大分子在免疫系统的奥秘和功能逐步被破解。最典型的科学发现是，治疗用抗体IgG分子的Fc段N-糖链，影响Fc和Fc受体（FcRIIIa）的作用，从而影响抗体的ADCC效应。Fc段糖链还通过影响 Fc和补体分IgG子C1q的作用，影响抗体的CDC效应。MS to the n 离子阱质谱技术的发明，推动了Fc段N-糖链的精确结构分析。糖链的生物酶学合成的研究，为改造抗体IgG分子的Fc段N-糖链提供了技术路线。
Zhou lab 研究该领域两个关键科学问题： 1) 糖复合物分子结构的组学研究，2) 识别糖复合物结构的受体蛋白的基因组学研究，结构生物学研究，以及信号传导的机制。预期目标是，发现有效激活免疫系统的糖复合物的空间结构，疾病模型中的最佳免疫攻击靶点，以及受体识别的规律。
建立EB病毒转化B淋巴母细胞系
Generating B-lymphoblastoid cell lines using Epstein Barr virus transformation. Generating immortalized B-lymphoblastoid cell lines via Epstein Barr virus transformation using the B95-8 EBV-infected and producing marmoset cell line.
细菌转化：电穿孔法
"转化”这一术语是指细胞摄入外源DNA。自然界中，某些类型的细菌可以发生转化。而在分子生物学中，可通过在细菌细胞壁上穿孔来人工诱导转化。能够从环境中接受DNA的细菌细胞被称为感受态细胞。可在实验室制备电穿孔感受态细胞，并通过施加电场在细胞壁上形成小孔让DNA穿过来转化这些细胞。
本短片讲解了用于电穿孔转化的设备，如电转化仪和电击杯。视频也演示了如何制备电穿孔感受态细胞和用电穿孔转化目的细胞的逐步步骤。也提到了通过观察时间常量来估计转化实验是否成功和电穿孔时去除掉溶液中的盐离子的重要性。
细菌转化：热激法
转化是指细菌从外部环境摄入外源DNA的过程。自然界中，某些类型的细菌可以发生转化。而在分子生物学中，可通过在细菌细胞壁上穿孔来人工诱导转化。能够从环境中接受DNA的细菌细胞被称为感受态细胞。可在实验室制备感受态细胞，随后通过一种叫热激法的技术来转入DNA。
热激转化利用氯化钙来产生富含钙离子的环境，从而抵消质粒DNA和细菌细胞膜之间的静电排斥。温度的急剧提高可以在细菌胞膜表面形成小孔，质粒DNA就可进入细菌细胞。本短片逐步介绍了如何制备化学感受态细菌。如何进行热激转化，涂板转化的细菌，以及计算转化效率。