上海出生队列样本库的信息化以及与其他样本库间的协同运作
新一代的生物样本库(Next Generation Biobank)的目标就是系统性地建设我们必需的研究性资源和跨学科合作研究的平台。病因学研究尤其是罕见病需要收集足够量的样本资源,单个样本库的资源往往是无法满足需求,整合不同样本库的资源才是实现大型研究项目的策略,其先决条件是样本库之间要具有较高“相融性”。衡量样本库“相融性”的唯一标准是样本库的质量。除样本质量外,信息质量、操作质量、管理质量和应用质量皆为样本库的质量元素,其中信息质量是样本库之间协同规范和合作共享的关键。上海出生队列研究是通过与相关医院合作共同收集所需的生物样本和相关信息。这些生物样本库仍处于早期发展阶段与缺乏技能和经验,各自的运作和管理之间的差异性较大,尤其是样本采集、信息收集和处理等方面的多样性都可能降低资源的质量和运作效率。除上述的影响因素之外,样本库之间的协同运作(Interoperability)和规范统一也是保证资源质量的关键因素。为了最大限度地提高协同运作质量,我们采取整体统一的工作流程和规范操作,集中化的数据管理和样本存储策略,以及监测各生物样本库的运作质量。已证明良好的协同运作会大大减少了成本和风险, 并简化样本库的运作管理。
上海聚科生物园区
聚科园区总建筑面积约为80,000平方米,拥有漕宝路园区、桂林科技园、关港科技园三大基地,随着园区的扩能及区域生物产业导向性定位的发展大势,园区按产业结构调整及产业链的形成为出发点,将园区划分为多个功能区域:其一,创业苗圃,坚持把孵化服务链向前端延伸,深化园区的育苗服务功能,为创业者或团队有效转化科研成果、降低创业风险和成本提供预孵化服务,为创业者搭建出实现梦想的平台。其二,近20,000平方米的生物及化学专业孵化办公实验场地和配套环保设施,为入驻企业提供从企业开办到资金申报等一系列的增值服务内容;其三,近49,000平方米的加速器场地面向生物医药领域的孵化毕业企业、生物医药重点企业,以及企业研发中心、销售中心及行政总部等,为其提供必要的场地及公共产业服务。
根据各专业特性分为新兴生物中小企业(医疗器械、疫苗、生物信息学、IT+BT等)、健康产业(保健食品、诊断试剂、生物医药、CRO等)、植物提取(药妆、化妆品等)以及食品添加剂三个加速专区,为专区内企业创造竞争、交流、互助、共成长的创业氛围,同时各专区企业间能形成园区内产业链;其四,园区将针对引进、培育国际生物医药企业开辟5000平方米的国际孵化器,促进国外成熟技术项目在中国的产业化发展,带动国内企业的技术创新改革及合作经营模式,激发中国产业市场的国际活力。
郑培永:上海市重大疾病生物样本库建设
以医院为基础,建立面向本市主要疾病的分散存储的生物样本库。研发基于云计算的市级生物样本库信息平台,实现两大应用功能,一为实体库建设单位提供标准化的样本库管理系统,二是通过与医联平台互联,实现临床信息与样本库信息的整合,为科研工作者提供一站式查询等服务功能;实现上海医疗机构生物样本实体标本分布存储和信息集中管理;制定统一的生物样本库采集规则、质量管理规则。
上海国际医学园区
上海国际医学园区以先进医疗器械制造业和现代医疗服务业为核心并涉足医药研发、销售和生物医药服务外包等领域,以打造高科技医疗器械及生物医药产业基地和高端医疗服务平台为目标,力争建成一座科技领先、环境优美、生态和谐的现代化医学科学城。园区占地11.88平方公里。上海国际医学园区位于新浦东的中心位置,东临申江路,南依S32,西靠S3公路,北缘周邓公路。距离浦东国际机场18公里,虹桥国际机场25公里,地铁16号线在医院区西侧设有站点。自成立以来,园区就受到政府的大力支持,先后获得国家生物医药产业基地扩展区、国家医疗器械产业集群、国家科技欣贸创新基地、国家自主创新示范区等多项政府授牌和认可。特别在2011年,国家卫生部和上海市政府部市再度合作,联手共建上海国际医学园区建设联席会议,并出台一系列政策,将园区打造成全国范围内的医疗特区。
园区始终秉承着高起点、高标准的基础设施和服务平台建设,按照医学科技产业项目先行,逐步孕育培养现代医疗服务业的发展思路,截止2011年,园区已吸引了包括西门子、德尔格、安络杰,科文斯、上药集团、先声药业等医疗器械及生物医药知名企业百余家。在现代医疗服务产业方面,承接了公立医院改革所剥离的医疗特需服务,国内首家"建、管、用"分离模式的高端盈利性医院--"上海国际医学中心"已开工建设;此外上海市质子重离子医院、上海同济宝隆医院、上海伊丽莎白国际妇产医院、德舟国际医院等数家中外合资高端医疗机构相继入驻。
此外,园区积极搭建产业服务平台,整合资金流、技术流、信息流,构筑网格化的产业生态。园区引进上海医药高等专科学校、上海医疗器械高等专科学校、上海制药工程学院等培训机构和实训基地,为园区内的企业和医疗机构输送各类所需的人才;园区引进包括上海市医疗器械检测所在内的其他服务平台并提供配套服务;园区与国内外专业机构合作,举办国际水准的学术交流和专业论坛,及时传递医学领域最新动向,把握医学产业发展的脉搏。凭借着得天独厚的区位优势、专业的政策支持以及有效的政府沟通,上海国际医学园区将辐射上海及整个长三角地区,成为上海打造亚洲医疗中心城市的重要支撑。
上海伯豪lncRNA芯片服务
上海伯豪针对广大客户的需求,开发出全新的lncRNA芯片,并利用Agilent公司专利的SurePrint技术制造。为您提供完善的基因芯片技术服务,并完成数据分析,提供完整的实验报告。
SBC-lncRNA芯片技术特点:
1)芯片采用Agilent eArray平台设计,使用Agilent SurePrint技术合成,探针长60mer,检出率高,技术重复性高于99%;
2)覆盖主流数据库几乎所有lncRNA和mRNA,可同时检测lncRNA和mRNA,并挖掘两者之间的关联;
3)随机引物扩增方式,可同时扩增带Ploy-A和不带Poly-A的lncRNA,
同时,上海伯豪利用Affymetrix开发的GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0 (HTA2.0)芯片,为客户提供常规mRNA以及超过40,000个非编码转录本的表达检测服务,也是研究lncRNA非常合适的技术手段。
上海伯豪lncRNA测序服务
转录组是特定物种、组织或细胞类型转录的所有RNA(转录本)的集合,包括mRNA和非编码RNA(Non-coding RNA, 非编码RNA又包括:tRNA,rRNA,snoRNA,microRNA,piRNA,lncRNA等。通过比较转录组或基因表达谱的研究以揭示生物学现象或疾病发生的分子机制是高通量组学研究的一个常用策略。利用高通量测序技术研究转录组在全面快速得到基因表达谱变化的同时,还可以通过测定的序列信息精确地分析转录本的cSNP(编码序列单核苷酸多态性)、可变剪接等序列及结构变异,另外对于检测低丰度转录本和发现新转录本具有其独特的优势。
转录组测序具有以下优势
1. 直接得到核酸序列信息,除了得到基因表达量的差异,更可以检测RNA的结构和结构变异。
2. 开放性的转录组分析:无需参考基因组信息,无需设计探针,不但能检测已知基因还能够发现新的转录本。
3. 在测序覆盖率足够大时能够检测到细胞中的低丰度转录本。
4. 随着测序深度的增加可以获得更广的动态检测范围,能够同时鉴定和定量高丰度转录本和低丰度转录本。
上海伯豪推出基于Illumina测序平台的全转录组测序服务,可同时检测样本中mRNA和lncRNA的表达,伯豪公司完善的实验管理体系和数据分析流程,为您研究lncRNA提供全套解决方案。
冯东雷:面向慢性病管理的上海健康云探索和实践
主要介绍了慢病管理面临的挑战和问题、基于信息化的慢性病管理模式、上海健康云建设和应用效果、科技部国家卫生信息工程中心简介。