使用生物燃料替代石油和煤炭等化石燃料的想法，看上去很美，但落实起来困难很多。其中重要挑战之一是，至今没有找到经济的生物燃料制造方法。 从植物中提取生物燃料是当前的热门领域。一些国家已经把生物燃料的产量写入国策，比如美国政府决定，在2022年前美国生物燃料的年产量要达到360亿加仑（约1.36亿立方米）。 转化纤维素，需要生物催化剂——酶来帮忙，酶的来源是真菌。
