硅藻是海洋主要的浮游生物之一，贡献了地球上每年原初生产力的20%左右，且在生物地球化学循环中起着重要作用，这些特征与其光系统（Photosystem，PS）以及外周捕光天线的功能密切相关。不同于绿藻和高等植物，硅藻PSII的外周捕光天线是结合了岩藻黄素和叶绿素a/c的蛋白（Fucoxanthin Chl a/c binding proteins，FCPs），具有强大的蓝绿光捕获能力和快速光适应能力

光系统II是光合水氧化站，它包括，总分子量为350 kDa的20个亚基。光系统II的结构已报道的分辨率为3.8 ~2.9 Å。这些分辨率提供了很多蛋白亚基和共组合因子的排列信息，但这些不足以揭示水分离反应中心的详细结构。日本大阪市立大学的Yasufumi Umena 等报道了分辨率1.9 Å的光系统的晶体结构。