Commun Biol：鉴定有害细菌的新方法
来源：本站原创 2019-12-22 05:15
一种新的细菌鉴定方法，称为ON-rep-seq，可检查细菌基因组的选择性，从而尽早起到预测的效果。此前往往需要对整个细菌基因组进行DNA测序，而且这一直是微生物菌株级分型的黄金标准。
2019年12月22日 讯 /生物谷BIOON/ --一种新的细菌鉴定方法，称为ON-rep-seq，可检查细菌基因组的选择性，从而尽早起到预测的效果。此前往往需要对整个细菌基因组进行DNA测序，而且这一直是微生物菌株级分型的黄金标准。
如今，如果要基于细菌DNA进行准确鉴定，需要昂贵的仪器以及训练有素的专家进行数小时的工作。通常，为了定位其起源，研究人员不仅要分析许多样品，而且分析必须精确，以便将一种细菌菌株与另一种细菌菌株区分开。
(图片来源：Www.pixabay.com)
文章作者卢卡斯说：“我们的新方法可以在不到两个小时的时间内识别和分类数百个样本，我们希望能够做到“实时”化。”
新方法基于纳米孔测序，这是一种新的实时DNA测序方法，“肯定会彻底改变DNA测序的未来”。该研究项目是与波兰公司GenXone S.A.合作完成的，该公司同时帮助建立了生物信息学流水线，该流水线是执行快速高效分析测序数据所必需的。
牛津纳米孔技术有限公司提供的最小的测序仪，称为MinION，是一款售价999美元的手持式USB供电设备，于2015年商用。一年后，它被带到了国际空间站，在那里它实现了第一个DNA测序实验。尽管MinION提供了DNA测序方面的无可争议的革命，但很快就很清楚，由于诸如以下原因，该设备生成的数据仍不完美，而且分析成本仍然相对昂贵（每个细菌约150美元）。
这种快速和廉价的小型设备为食品安全提供了巨大的机会。哥本哈根大学食品科学系的科学家们发现，利用该技术可以建立一次分析数百种细菌的方法，将成本降低到每个细菌不到2美元，而同时将准确性提高到了200倍以上。
“我们的方法不仅可以在食品安全中使用，以达到快速找到引起疾病或促进健康的细菌的目的，还可以在卫生部门中使用”。（生物谷Bioon.com）
原始出处：Łukasz Krych, Josué L. Castro-Mejía, Laura M. Forero-Junco, Daniel N. Moesby, Morten B. Mikkelsen, Morten A. Rasmussen, Maciej Sykulski, Dennis S. Nielsen. DNA enrichment and tagmentation method for species-level identification and strain-level differentiation using ON-rep-seq. Communications Biology, 2019; 2 (1) DOI: 10.1038/s42003-019-0617-
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