bioRxiv：科学家构建出了COVID-19开源全原子模型
来源：本站原创 2020-06-10 08:31
2020年6月10日 讯 /生物谷BIOON/ --SARS-CoV-2是诱发COVID-19的主要原因，刺突蛋白或S蛋白会促进病毒进入到宿主细胞内；日前，一篇发表在预印版平台bioRxiv上的研究报告中，来自国立首尔大学等机构的科学家们通过研究开发出了首个全长S蛋白的开源全原子模型，相关研究结果非常重要，因为S蛋白在病毒进入宿主细胞内扮演着关键角色，这或许
2020年6月10日 讯 /生物谷BIOON/ --SARS-CoV-2是诱发COVID-19的主要原因，刺突蛋白或S蛋白会促进病毒进入到宿主细胞内；日前，一篇发表在预印版平台bioRxiv上的研究报告中，来自国立首尔大学等机构的科学家们通过研究开发出了首个全长S蛋白的开源全原子模型，相关研究结果非常重要，因为S蛋白在病毒进入宿主细胞内扮演着关键角色，这或许就能使其成为后期研究者开发疫苗和新型抗病毒药物的新型靶点。
图片来源：Lehigh University
文章中，研究者揭示了他们如何构建SARS-CoV-2 S蛋白模型的膜系统，他们利用了一种名为CHARMM-GUI的程序来快速模拟复杂的生物分子系统，其能够帮助科学家们理解利用其它手段无法观察到的分子水平下的相互作用。研究者Wonpil Im说道，我们所开发的魔心格式首个完全糖基化的全长SARS-CoV-2 刺突（S）蛋白模型，其可以供其他科学家们研究使用。研究人员花费了很长时间利用已知的低温电子显微镜来建立这些模型，建立这些模型极具挑战性，因为在许多地区，简单的建模无法提供高质量的模型。
这项研究中，研究人员就能利用该模型进行创新性的新型模拟研究，开发有效预防和治疗COVID-19的疗法；利用低温冷冻电镜技术，研究者能确定S蛋白结构，但这个模型有很多缺失的残基，因此研究者首先就需要模拟缺失的氨基酸残基，然而是其它缺失的结构域。
此外，研究者还能够模拟出吸附在S蛋白上的潜在聚糖分子，这些多糖会阻断抗体的识别，从而就使得疫苗研究变得困难，此外，研究人员还构建出了用于分子动态模拟的S蛋白病毒膜系统。（生物谷Bioon.com）
原始出处：
Hyeonuk Woo, Sang-Jun Park, Yeol Kyo Choi, et al. Modeling and Simulation of a Fully-glycosylated Full-length SARS-CoV-2 Spike Protein in a Viral Membrane, bioRxiv (2020). DOI:10.1101/2020.05.20.103325
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