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medRxiv:基因组变异或会促进SARS-CoV-2的传播扩散速度

来源:本站原创 2020-04-09 11:20

2020年4月9日 讯 /生物谷BIOON/ --日前,一篇刊登在预印版平台medRxiv上的研究报告中,来自加利福尼亚大学等机构的科学家们通过研究发现,随着新冠病毒SARS-CoV-2在全球传播扩散,其传播速度或会随着基因组的变化而变化,对病毒基因组的监测或有望帮助公共卫生部门锁定即将出现感染高峰的地区。

图片来源:NIAID-RML

研究者Bart Weimer教授表示,我们所要做的就是确定病毒的基因组的变异能帮助预测其传染性的改变,这篇研究报告中,我们共对150株SARS-CoV-2的基因组进行分析,其中大部分毒株来自于2020年3月1日之前在亚洲疾病爆发所分离的毒株,同时研究人员还对相关疫情爆发的流行病学和传播信息进行了分析。

研究者们将疾病爆发分为以下几个阶段,即指数期(无爆发)、起步期、指数增长期和下降期;同时以R值或再生数(reproductive number)来定义病毒传播的容易程度,其中R值是每个感染者引起新发感染的平均数量。随后研究人员将所有信息组合成为一种名为GENI的指标,用于病原体基因组的识别和鉴定。

尽管仅有15个基因,但SARS-CoV-2在扩散到全球的过程中一直在发生突变,大多数改变几乎并没有什么不同,但有时病毒会变得或多或少具有一些传染性,比如,截至3月1日,疾病传播的R值从在中国的不到2增加到了意大利的8。将GENI分值与疾病流行病学阶段相比较后,研究者发现,病毒遗传变异率的增加或立即优先于病例的指数增加,比如2月底的韩国就是这种情况,然而在新加坡,病毒变异的爆发与公共卫生机构是否能立刻控制小规模的疫情有关。

下一步研究人员计划对获得的2000个SARS-CoV-2毒株进行深度分析,研究者表示,以上述方式将基因组和流行病学信息进行结合或有望帮助公共卫生部门更好地控制疫情的传播和扩散。(生物谷Bioon.com)

原始出处:

DJ Darwin R Bandoy,Bart C Weimer. Pandemic dynamics of COVID-19 using epidemic stage, instantaneous reproductive number and pathogen genome identity (GENI) score: modeling molecular epidemiology, medRxiv (2020). DOI: 10.1101/2020.03.17.20037481

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