QB期刊 |RNA-seq数据计算方法大汇总
引言 分子生物学的中心法则自1958年由Francis Crick提出到今年正好60周年，它描述了“DNA制造RNA，RNA制造蛋白质”的遗传信息的标准流程 [1]。十年前，第二代RNA测序技术(RNA-seq)的诞生及其迅速发展使得研究者可以在对RNA序列没有任何先验信息的情况下高通量地对全转录组进行测序 [2]。现如今第二
Sci Rep：计算机模拟能够预测疟疾的最新表型
2018年9月3日 讯 /生物谷BIOON/ --根据由“la Caixa”基金会支持的ISGlobal领导的一项研究，作者们发现了一类比世界卫生组织（WHO）定义的更严重的疟疾临床表型。结果表明，心力衰竭可能是疾病的致病机制，这对这些患者的临床管理会产生影响。尽管过去几十年取得了一定进展，但根据估计，2016年疟疾仍旧会造成近50万人死亡，其中大部分是儿童。确定严重疟疾的定义是为了确定那些有死亡
Nat Commun：计算机模拟揭示BK通道蛋白调节机制
2018年8月25日 讯 /生物谷BIOON/ --最近，来自马萨诸塞大学安姆斯特分校的计算生物物理学家Jianhan Chen等人通过建模的方式揭示了细胞内大钾离子通道蛋白（BK）的调节机制。 “神经系统传递电信号的主要方式是通过钾离子以及其它例子通道的开启与关闭，其中BK蛋白对于配合肌肉收缩以及神经激活过程中钙离子介导的电信号的传递具有重要的意义”，作者们说道：“BK蛋白含有一个极大
Management Science：新计算方法可提高肾移植成功率
2018年9月6日 讯 /生物谷BIOON/ --终末肾功能衰竭的患者需要经常透析或新捐献的肾脏才能存活。供体肾脏的来源可以是尸体或找到自愿以及兼容的活体捐赠者（通常是家庭成员）。然后，进行医学和心理学测试以确定该供体是否确实是相容的。如果测试确定，例如，供体的肾脏不太可能被患者的身体接受，则该过程停止并重新开始寻找新的供体。（图片来源：www.pixabay.com）最近的一项创新是出现了一种称
Nat Microbiol：利用计算机模拟预测HIV在人群中的扩散
2018年8月8日/生物谷BIOON/---在一项新的研究中，来自美国洛斯阿拉莫斯国家实验室的研究人员证实计算机模拟能够准确地预测HIV在人群中的传播，这可能有助于预防这种病毒感染。这些模拟结果与从洛斯阿拉莫斯国家实验室开发和维持的一个全球公共HIV数据库中获得的实际DNA数据相一致。这个数据库含有84多万个已发布的用于科学研究的HIV序列。相关研究结果于2018年7月30日在线发表在Nature
Nat Commun: 先进计算方法加速药物靶向治疗的开发
2018年9月4日 讯 /生物谷BIOON/ --伦敦帝国理工学院，新加坡杜克国立大学医学院和比利时制药公司UCB合作发现了一种新的抗癫痫药物靶点和一种全新的方法，有望加速衰弱性疾病，如癫痫，的治疗与药物开发。作者等人合作开发了一种先进的计算方法来预测新的药物靶点。作为概念性验证，研究人员将他们的计算方法应用于癫痫的靶点与药物发现研究。临床前模型测试结果验证了该靶点的有效性以及药物阻断后的抗癫痫效
PLoS ONE：科学家找到计算轴突降解的新方法
2018年8月30日讯 /生物谷BIOON /——在哺乳动物神经系统发育过程中轴突会自然降解，但是在成年人神经退行性疾病中，相同的基因编码的细胞器调节异常则会破坏关键的结构。图片来源：PLOS ONE背根神经节(DRG)释放轴突神经生长因子（Nerve growth factor，NGF）是一个成熟的体外研究发育退化的生化和细胞生物学研究的实验模型。但是目前还缺乏可以准确测量轴突的降解的方法。为此
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有面临过数据分析的困境么，到手一组高通量测序原始数据，却无从下手？有曾想过自己分析一组最前沿环状RNA测序数据，并解读结果么？有渴望过一款能够让一个对于生物信息学完全没有了解的人，立刻上手分析数据的分析工具么？有想过将公司分析的数据重新按照自己的思路分析，却缺乏趁手的工具，也没有学习的时间和精力么？有希望过将自己在文章中看到的新工具运用到所有的数据分析中么？可曾希望自己有学过生物信息学么？现在，您
Genome Med：科学家利用计算机算法成功绘制出了癌细胞对疗法耐药性的图谱
2018年7月8日 讯 /生物谷BIOON/ --近日，一项刊登在国际杂志Genome Medicine上的研究报告中，来自约翰霍普金斯大学的研究人员通过研究开发了一种新方法来分析头颈癌对疗法耐受性的进化改变特性。研究人员想知道随着时间延续癌症如何对疗法产生一定的耐受性，以及能利用计算机建模的手段来分析这些改变从而确定患者机体癌细胞产生耐受性的特定时间轴。图片来源：Johns Hopkins Ki
计算神经科学和类脑智能领域取得进展
计算神经科学和类脑智能是人工智能与神经科学的前沿交叉领域。其中类脑智能计算理论被列入国务院发布的《新一代人工智能发展规划》的八个基础理论之一。围绕这两个研究领域，中国科学院沈阳自动化研究所机器人学国家重点实验室斯白露研究团队近期在记忆的神经机制和类脑导航研究方面取得了突破。记忆是动物的核心高级认知功能之一。神经科学对记忆神经环路的研究初步揭示了记忆形成和提取的关键机制。20世纪70年代以来约翰·欧