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  • 临床多重耐药菌基因组编辑研究取得进展

    直接在临床分离的多重耐药菌中进行功能基因组学研究是解析耐药机制以及开发抗耐药策略最直接有效的方法。然而,由于缺乏能在临床耐药菌中直接进行高效基因编辑的工具,目前耐药机制仍主要是采用组学分析加在模式菌中的异源验证进行研究。这种脱离了临床耐药菌本身遗传背景的研究策略,往往忽略了遗传背景本身对耐药因子的影响以及不同耐药因子之间的相互关系,很多时候无法对临床抗耐药研发提供真正有效的依据。开发一种能与临床菌

  • 新方法破解高杂合物种单倍型基因组组装难题

      近日,南京农业大学梨工程技术研究中心教授张绍铃团队在《基因组研究》在线发表最新研究成果。该研究将单花粉原生质体分离的新方法与单细胞DNA扩增技术相结合,并采用“条形码”生物信息学策略整合了12个花粉细胞的单倍体特征序列数据,从而开发出一种高杂合物种单倍型基因组组装的新方法。论文通讯作者张绍铃介绍,目前基因组组装大多采用二倍体或者多倍体材料直接进行混合测序并组装。对于一些杂合

  • 茄子基因组研究迈入高清时代

    10月31日,由广西农业科学院蔬菜研究所研究员王益奎领衔的研究团队,于生物学论文预印本服务器BioRxiv在线发布了染色体级别的高质量茄子基因组序列。该团队采用PacBio测序技术,结合Dovetail Hi-C建库技术与HiRise组装算法,获得了目前连续性最好的茄科作物基因组,标志着茄子基因组研究迈入了高清时代。茄子是茄科最重要的作物之一,在茄属植物中产量和经济价值居第三位。本次公布的茄子参考

  • 研究人员发布全基因组单核苷酸变异数据库

    10月22日,国际学术期刊Genome Biology 以PGG.SNV: understanding the evolutionary and medical implications of human single nucleotide variations in diverse populations 为题,在线发表了中国科学院上海营养与健康研究所/马普计算生物学研究所徐书华团队基于20万人

  • 基因组稳定性顶端激酶调控长链脂肪酸合成

     基因组稳定性的维持是一切生命活动的基础,然而,多种外源和内源因素作用下产生的广泛DNA损伤和复制压力构成了基因组不稳定的主要来源。真核生物的生存严格依赖ATR(ataxia telangiectasia–mutated and Rad3-related)激酶的活性,ATR激酶负责启动细胞对基因组不稳定的响应和修复,全局性地调控基因组的稳定,也是细胞内重要的肿瘤抑制因子。脂肪酸合成酶(f

  • PNAS:全基因组测序鉴定非洲结核杆菌病原体早期感染情况

    2019年11月1日 讯 /生物谷BIOON/ --最近,发表在《PNAS》杂志上的一项研究检查了南非地区爆发的广泛耐药结核病流行株LAM4 / KZN的进化和流行病学历史。该菌株首次报道于2005年在夸祖鲁-纳塔尔省的图格拉渡轮,此后已在全省广泛传播。这项新研究确定了促进XDR-TB菌株疫情爆发的关键宿主,病原体和环境因素,以及可以采取的早期发现和遏制未来流行病的步骤。由哥伦比亚大学领导的这项研

  • 我国科学家全面描绘DUX在小鼠胚胎基因组激活中的作用

     2019年10月7日,来自同济大学的高绍荣教授研究团队在Cell Research杂志上在线发表了题为“Precise temporal regulation of Dux is important for embryodevelopment”的文章,对Dux在早期胚胎中的作用做了全面描绘。该团队通过设计直接靶向所有Dux重复序列区域的小向导RNA(sgRNA)得到的Dux敲除小鼠。由

  • 研究发现藏族人群三代测序高质量参考基因组并解析全基因组结构变异

     10月23日,《国家科学评论》杂志在线发布了第一个藏族人群高质量参考基因组。该成果是中国科学院昆明动物研究所宿兵课题组、西藏大学欧珠罗布与崔超英课题组、中国科学院上海营养与健康研究所徐书华课题组、青海省高原医学科学研究院吴天一课题组等,经过两年多联合攻关完成的藏族人群高原适应研究的又一阶段性成果,旨在利用长片段基因组数据从头组装藏族人群的高质量参考基因组,以期解析藏族人群基因组中的大片

  • 基因组测序(mNGS):病原微生物检测新风口

    基于宏基因组新一代测序技术(metagenomics next generation sequencing, mNGS) 不依赖于传统的微生物培养,直接对临床样本中的核酸进行高通量测序,能够快速、客观的检测临床样本中的多种病原微生物(包括病毒、细菌、真菌、寄生虫),尤其适用于急危重症和疑难感染的诊断。随着mNGS 技术平台的完善和临床研究的增多,mNGS在临床上的运用将越来越广泛。

  • Nature:重磅!科学家在人类癌症基因组非编码区域中鉴别出关键的致癌突变

    2019年10月14日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,一项刊登在国际杂志Nature上的研究报告中,来自加拿大安大略省癌症研究所的科学家们通过研究在人类癌症基因组中的大量非编码区域(也被称之为人类癌症DNA的“暗物质”)中发现了一种新型的致癌突变;这种突变或能作为一种新型潜在的治疗靶点,帮助科学家们开发治疗多种类型癌症的新型疗法,包括脑癌、肝癌和血液癌症等。图片来源:CC0 Public D