Nature Methods：开发胞嘧啶碱基编辑器脱靶效应检测的新工具
来源：北京大学生命科学学院 2021-06-20 13:12
北大-清华生命科学联合中心、北京大学生命科学学院伊成器教授课题组在Nature Methods杂志发表了题为“Detect-seq reveals out-of-protospacer editing and target-strand editing by cytosine base editors”的封面文章。研究人员在本研究工作的主要贡献如下：建立了一
北大-清华生命科学联合中心、北京大学生命科学学院伊成器教授课题组在Nature Methods杂志发表了题为“Detect-seq reveals out-of-protospacer editing and target-strand editing by cytosine base editors”的封面文章。研究人员在本研究工作的主要贡献如下：
建立了一种无偏向性的脱靶检测技术
作者通过捕获胞嘧啶碱基编辑器CBE[1]产生的中间体（dU），并进行一系列标记和富集[2， 3]，获得具有连续C-to-T突变的脱靶信号，并将其命名为Detect-seq（dU-detection enabled by C to T transition during sequencing）技术，该技术的主要技术路线如图1所示。
研究人员在人胚肾细胞HEK293T和人乳腺癌细胞MCF-7转染BE4max[4]，使用多种不同的sgRNA对基因组靶向位点进行C-to-T的编辑；同时对这些样本中进行了Detect-seq检测。通过Detect-seq检测发现，除RNF2位点外，其它靶向位点均可以产生几十至数百个Cas9依赖型的脱靶位点（图2）。
发现了两种新型脱靶位点（out-of-protospacer edit和target-strand edit）
有趣的是，研究人员基于Detect-seq技术还发现了两种新型的Cas依赖型的脱靶编辑：sgRNA结合区域外编辑（out-of-protospacer edit）及靶向链编辑（target-strand edit）（图3）。sgRNA结合区域外编辑即C-to-T的编辑发生在sgRNA结合区域外；而靶向链编辑则是C-to-T编辑发生在sgRNA与DNA结合链。根据Detect-seq的结果，上述两种编辑普遍存在于Cas9依赖型的脱靶位点附近。
综上所述，Detect-seq技术为碱基编辑领域内提供了一种能够高灵敏、高特异、无偏好性地检测细胞内的CBE脱靶位点的方法。脱靶效应理解的加深，也将为阐明CBE的催化机制、优化改造更安全的CBE工具带来新的视角与可能。(生物谷Bioon.com）
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