对SARS-CoV-2的广泛测序或有望遏制疾病大流行

2020年4月17日 讯 /生物谷BIOON/ --研究者Peter Thielen和Tom Mehoke花费了多年时间对流感病毒的基因组进行测序研究，如今，随着新型冠状病毒（SARS-CoV-2）在全球范围内传播，这些来自约翰霍普金斯应用物理实验室（APL）的生物学家们也开始将它们研究的重点转移到SARS-CoV-2上了。

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在约翰霍普金斯医院的分子诊断实验室内，当临床医护人员和医院工作人员不知疲倦地处理病人的检测结果时，研究者Thielen和Mehoke正在等待阳性检测结果；当然，检测结果呈现阳性并不值得庆祝，但对他们而言却是了解这种病毒发生快速传播的关键。利用APL实验室所开发的部分软件和分子生物学手段，Thielen和Mehoke就能够使用手持式的DNA测序仪对SARS-CoV-2病毒进行现场基因组测序了。

Thielen表示，相关信息就能帮助我们追踪病毒的进化，并了解巴尔迪摩市新病例可能来自于哪里，也能帮助我们预判疾病传播的时间；首先研究人员能看到病毒的突变速度，这也是绘制病毒传播图谱的综合信息，同时也有助于帮助科学家们开发有效的疫苗，比如，流感病毒会不断发生变异，这就是为何每天人们都要接种针对不同毒株的流感疫苗的原因。

引发COVID-19的SARS-CoV-2病毒似乎并没有变异那么快；当这种病毒第一次在中国被测序时，相关信息就对启动疫苗研究非常有帮助，如今研究者就是要研究确定这种病毒是否正在远离其最初的原始序列信息发生了变异，以及其变异的速度到底有多快；基于变异率，早期研究数据表明，其可能仅需要研究人员开发单一的疫苗，而并非像流感病毒那样每年都需要更新疫苗。

在短期内，这些突变能够指挥病毒的传播；随着美国继续加强检测等措施的实施，了解疾病的爆发能力和方式或许就能为公共卫生部门提供另一种评估工具；突变能帮助解释病毒可能有多长时间不被检测到，同时还能解释病例实际上要比诊断出的病毒多得多的假设，也能够帮助研究人员采取相关措施，比如美国全国范围内的隔离等。

如今全球各地的科学家们都正在紧锣密鼓地进行病毒基因组的测序工作，这能够帮助他们追踪疫情爆发的来源，比如在加州北部就有新闻报道称，基因组测序已经能将海湾地区疫情的爆发与公主号游轮联系起来；随着巴尔的摩和华盛顿特区进行了大量的病毒基因组测序工作，研究人员就能够获得一定的DNA指纹图谱，目前Thielen和Mehoke已经完成了首批4个COVID-19样本的分析，而且还有来自巴尔的摩和华盛顿特区的100多份样本正在排队等待进行检测，预计未来几周内还会有更多样本进行测序分析。

研究者Thielen及其同事能够使用手持式测序仪和笔记本电脑进行远程操作，而结果出来则需要等待几天；在过去9个月里，研究人员召开了两次研讨会来商讨如何帮助中低收入国家的科学家们使用手持式测序仪来进行这样研究工作；目前他们已经对美国本地的科学家们进行了培训，让他们能在自己的实验室进行同类的现场测序分析；进行相关的培训能让更多科学家们做好准备以应对未来或会出现的疾病大流行。（生物谷Bioon.com）

参考资料：

Sequencing the genome of the virus behind COVID-19

by Amanda Zrebiec, Johns Hopkins University

Peter Thielen and Tom Mehoke have spent years sequencing the genome of influenza. Now, as a new strain of coronavirus spreads across the globe, these biologists from Johns Hopkins applied Physics Laboratory are transitioning their work to better understand the virus that causes COVID-19.

Inside the molecular diagnostics laboratory at Johns Hopkins Hospital, while health care workers and hospital staff work tirelessly to process patient tests, Thielen and Mehoke, members of APL's Research and Exploratory Development Department and the Johns Hopkins Center of Excellence in Influenza Research and Surveillance, are waiting for the positive tests. Certainly, positive tests are no cause for celebration, but for Thielen and Mehoke, they are a key to learning more about the rapidly spreading virus......