Science：利用MPRA方法确定遗传变体和人类表型之间的联系
来源：本站原创 2022-03-19 12:53
在一项新的研究中，来自美国斯坦福大学的研究人员发现了在连锁不平衡（linkage disequilibrium）中有多个因果变体的等位基因无关调控位点（allele-independent regulatory site）的一个重要子集。
2022年3月19日讯/生物谷BIOON/---在一项新的研究中，来自美国斯坦福大学的研究人员发现了在连锁不平衡（linkage disequilibrium）中有多个因果变体的等位基因无关调控位点（allele-independent regulatory site）的一个重要子集。相关研究结果发表在2022年3月18日的Science期刊上，论文标题为“Multiple causal variants underlie genetic associations in humans”。在这篇论文中，他们描述了他们如何将大规模并行报告基因检测（massively parallel reporter assay, MPRA）应用于人类基因组的某些部分，以寻找遗传变体和人类某些表型之间的联系。
科学家们多年来一直在研究人类基因组，寻找导致多发性硬化症等某些遗传疾病的变体。在这样做的过程中，他们发现在许多情况下，出错的不仅仅是一个基因，而是一系列基因的组合。为了确定哪些基因可能与某种疾病有关，科学家们开展了全基因组关联研究。虽然这类研究已经取得了丰硕的成果，但它们并没有带来追踪所有导致特定疾病的变体的方法。
图片来自Pixabay/CC0 Public Domain。
作为这类研究的一部分，科学家们已经开始确定基因组中在统计学上与特定表型相关的某些区域。由于这类区域的间距很窄，将数量性状座位（quantitative trait loci, QTL）与因果遗传变体进行映射仍然是一个困难的问题。为了更多地了解变体和表型之间的可能联系，这些作者在这项新的研究中利用MPRA解决这个问题。
MPRA是分子水平的遗传分析工具，已被开发出来用于在一次试验中筛选成千上万的基因序列及其变体。这些作者发现，他们所研究的约17.7%的等位基因无关调控位点有一个以上的因果变体。他们还发现这类变体的影响往往比之前的研究表明的要弱---这一发现表明特定表型可能是由几个相关的因果遗传变体引起的。他们还利用来自MPRA的数据减少了可能导致一系列人类疾病（如多发性硬化症和哮喘）的因果变体的数量。他们最后建议，他们的研究和其他类似的研究也有助于寻找更多的罕见变体。（生物谷 Bioon.com）
参考资料：
Nathan S. Abell et al. Multiple causal variants underlie genetic associations in humans. Science, 2022, doi:10.1126/science.abj5117.
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