Cell Host & Microbe综述：人类肠道病毒基因组的进展与挑战

肠道病毒（Enterovirus）主要有脊髓灰质炎病毒、埃可病毒、柯萨奇病毒、鼻病毒及新型肠道病毒，可引发发热、手足口病、新生儿败血症、脑膜炎、心肌炎、急性出血性结膜炎和呼吸系统疾病等多种临床症状，严重患者甚至导致终身残疾乃至致死。近十年，多种非脊髓灰质炎肠道病毒在世界范围内爆发流行，加之肠道病毒变异重组快、传播能力强，已经成为全球公共卫生安全领域非常棘手的难题。

肠道病毒颗粒为正二十面体立体对称的无包膜球形结构，其基因组为单股正链RNA。肠道病毒的基因组由单一开放阅读框（open reading frame, ORF）及两侧5’和3’非编码区（UTR）组成。肠道病毒RNA仅有的开放阅读框负责编码病毒全长多聚蛋白，后经过病毒蛋白酶2A、3C、3D加工处理产生病毒的4个结构蛋白（VP1、VP2、VP3、VP4）和7个非结构蛋白（2A、2B、2C、3A、3B、3C、3D）。

人类肠道病毒群，通常被称为肠道微生物群的“暗物质”，仍然没有得到充分的研究。了解肠道病毒组成及变异有助于疾病治疗。近日，深圳华大生命科学研究院李俊桦、肖敏凤及团队在Cell Host and Microbe发表最新综述“Advances and challenges in cataloging the human gut virome”，分析4个肠道病毒组数据库（GVD、CHVD、MGV和GPD），发现鉴定出的噬菌体数量随着样本量增加而增加，表明目前数据库中肠道病毒多样性还未达到饱和。

在本篇综述中，研究人员基于发表的4个肠道病毒组数据库，采用对齐依赖法分配宿主，间隔数据库大小及对齐参数会影响宿主预测性能，提出了“最佳实践”的病毒种群分类方法。

肠道病毒作为在人类广泛流行的病毒之一，不同家族不同血清型在不同国家地区存在差异。一种病毒在某地大规模流行，接种疫苗后会导致该血清型被控制，但会出现另外一种或几种血清型。比如在EV71疫苗出现后，我国EV71感染人数减少，但CVA10、CVA6、埃可病毒等增加。