Cell：通过分析宏转录组揭示存在大量的类病毒样ccRNA
来源：生物谷原创 2023-02-08 09:46
在一项新的研究中，来自来自美国国家医学图书馆和合作研究机构的研究人员开发出一种计算流程来识别和更好地了解类病毒和类病毒样共价闭合环状RNA。相关研究结果发表在2023年2月2日的Cell期刊上。
在一项新的研究中，来自来自美国国家医学图书馆（NLM）和合作研究机构的研究人员开发出一种计算流程来识别和更好地了解类病毒（viroids）和类病毒样（viroid-like）共价闭合环状RNA（covalently closed circular RNA, cccRNA，也可简单称为环状RNA）。这是一种单链RNA，与线性RNA不同，它形成一个共价封闭的连续环状结构。相关研究结果发表在2023年2月2日的Cell期刊上，论文标题为“Mining metatranscriptomes reveals a vast world of viroid-like circular RNAs”。
类病毒是只有250到400个核苷酸的环状RNA，是已知传染源中最小和最简单的。它们一直被认为只在植物中引起感染。人们对类病毒和类病毒样RNA的多样性知之甚少，这促使科学家们对这些亚病毒传染源以及它们在其他环境和宿主中可能的丰度进行更多调查。
通过搜索5131个宏转录组和1344个植物转录组中的类病毒样ccRNA，这些作者发现了11378个类病毒样ccRNA，横跨4409个物种级集群。这一发现与之前发现的类病毒样序列元件相比，增加了五倍。
图片来自Cell, 2023, doi:10.1016/j.cell.2022.12.039。
在这个多样化的集合中，这些作者发现这一类独特的病原体并不像以前认为的那样，只在少数植物中传播，而是在各种环境和宿主中都很常见和丰富，与更知名的RNA病毒相当。此外，他们还发现了人类丁型肝炎病毒（导致丁型肝炎的RNA病毒）的远亲，揭示了这种重要的人类病原体的起源，以及完全新颖的病毒类型。
论文通讯作者、美国国家医学图书馆内部研究项目计算生物学分部的Eugene V. Koonin博士说，“这项新研究为全世界的科学家们开辟了新的方向。”他补充说，“我们目前正在进行一些后续的分析工作。”（生物谷 Bioon.com）
参考资料：
Benjamin D. Lee et al. Mining metatranscriptomes reveals a vast world of viroid-like circular RNAs. Cell, 2023, doi:10.1016/j.cell.2022.12.039.
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