科研人员开发出分子序列组分动态图谱数据库CompoDynamics
来源：北京基因组所 2022-01-01 20:08
生物体的核酸与蛋白质分子的序列组分及相关特征（如GC/AG含量、密码子使用偏好、蛋白质物理化学性质等）对于研究基因功能和物种演化具有重要意义，是理解不同物种、不同基因家族以及不同功能基因之间差异的数据基础。近日，由中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心开发的分子序列组分动态图谱数据库CompoDynamics正式上线，旨在对序列
生物体的核酸与蛋白质分子的序列组分及相关特征（如GC/AG含量、密码子使用偏好、蛋白质物理化学性质等）对于研究基因功能和物种演化具有重要意义，是理解不同物种、不同基因家族以及不同功能基因之间差异的数据基础。
近日，由中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心开发的分子序列组分动态图谱数据库CompoDynamics正式上线，旨在对序列组分的动态变化提供综合、全面的展示，以多物种的系统性比较分析为基础，为深入的分子演化研究提供参考和启示。研究成果以CompoDynamics： a comprehensive database for characterizing sequence composition dynamics为题，在线发表在Nucleic Acids Research上。
CompoDynamics针对RefSeq数据库的基因组注释信息，分别计算分析了基因和基因组层面的3类序列组分特征（碱基组成、密码子使用偏好、氨基酸组成）和3类相关序列特征（编码潜能、蛋白物理化学性质、相分离特性）。目前，CompoDynamics共包含24，995个物种、34，562个基因组、1，692，647个基因，以及118，689，747条开放读码框序列。每条序列或每个基因组均有专门页面对各项特征进行详尽展示，并在主页以组分／特征分类展示。用户可通过物种分类、物种名、装配号、基因序列号、蛋白名称等进行检索。此外，CompoDynamics还提供了SpeciesComparator、FamilyComparator、GOComparator和CompoAnalyzer 4个在线比较分析工具，分别用于物种间、基因家族间、基因功能层面的各项组分／特征比较分析，支持对用户提供序列的计算分析，促进多组分特征和多维度的分子演化研究。(生物谷Bioon.com）
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