Nature：付巧妹团队通过古DNA解码4000年前石峁古城的人群来源、父系社会结构与殉葬习俗

在陕西黄土高原北部，一座沉睡约 4000 年的巨石古城——石峁遗址，自发现以来就一直困扰着考古学家。这个被誉为“中国史前第一城”的庞大聚落，不仅有宏伟的石砌城墙，还发现了大量令人震惊的献祭遗存。

石峁古城遗址

中国科学院古脊椎动物与古人类研究所付巧妹团队与陕西省考古研究院/西北大学孙周勇团队，联合首都师范大学、中国社会科学院等单位，历时 13 年，对来自石峁遗址、周边遗址及晋南地区共 169 例古代人骨样本展开大规模、高分辨率的核基因组研究。

该研究以确凿遗传学证据证实石峁文化人群主体源于陕北仰韶晚期人群，确立了其文化和人群发展的连续性；揭示石峁文化人群与晋南陶寺文化人群、裕民成分人群、南方稻作农业人群之间存在着密切关联，展现出史前农牧业人群广泛的互动交流历史场景；最重要的是研究精细重建石峁古城内部横跨四代的家族谱系，清晰透视其以父系亲缘为核心的运行模式，为理解中国早期国家的形成发展过程提供了前所未有的社会组织范本，为探究东亚早期国家起源的权力继承模式、统治家族与社会阶层构成提供了首个直接的遗传学证据。

该研究以：Ancient DNA from Shimao city records kinship practices in Neolithic China（石峁古城古 DNA 揭秘新石器时代中国地区亲缘关系习俗）为题，于 2025 年 11 月 27 日发表在了 Nature 期刊。

石峁古城：史前中国的超级工程

石峁古城存在于约公元前 2300-1800 年，占地面积达 4 平方公里，相当于 560 个标准足球场大小。这座城市不仅有坚固的防御工事，还显示出明显的社会分层：从统治精英到普通居民，等级森严。

最令人震撼的是，在东城门地基下，考古学家还发现了80多个被献祭的头骨。这种大规模人祭行为表明石峁社会已经发展出高度复杂的社会组织和宗教仪式。

基因追踪：石峁人从哪里来？

通过对比分析石峁古城及周边卫星聚落古代居民的 DNA，研究团队发现了一个惊人的事实：石峁人群主要起源于当地更早的仰韶文化人群——陕北本地仰韶晚期人群（以五庄果墚遗址人群为代表）。

石峁人群与 4800 年前生活在同一地区的仰韶文化人群表现出连续的遗传关系，这意味着石峁古城的建立者并非外来移民，而是本地文化长期发展的结果。

该研究还发现了南方祖先基因的影响，表明当时水稻种植的北上扩张可能比之前认为的更远，甚至影响到了黄土高原地区。

尽管石峁人群主要源自本地，但基因分析还揭示了一个持续的外来影响：来自内蒙古草原的裕民文化相关人群的基因流。

研究团队在不同时期（从 4800 年前到 3800 年前）的石峁人群中都发现了裕民相关的遗传成分。这表明石峁人与北方草原人群有着长期而持续的交流，可能是通过贸易或季节性迁徙实现的。

值得注意的是，在外城东门的祭祀坑中发现的个体中，就有两人具有裕民相关的遗传背景，但他们与石峁主流人群没有亲属关系，可能是外来者。

石峁文化主体人群及离群个体的遗传结构示意图

亲属关系重建：父权社会的确立

通过对墓葬中不同个体的亲缘关系分析，研究团队成功重建了跨越四代的家族谱系。这些发现揭示了石峁社会以父系传承为主的社会结构。

在寨山遗址和石峁古城的韩家圪旦墓地，高阶墓葬中的男性墓主几乎都携带相同的父系 Y 染色体单倍型，而母系线粒体单倍型则呈现多样化。这表明财产和社会地位主要通过父亲传承，而女性可能来自不同的家族或地区。

此外，该研究还显示，在石峁文化较高社会地位的家族中，近亲婚配较为少见，其可能被有意识的规避。

石峁遗址内亲属关系和社会组织形式示意图

石峁韩家圪旦墓地和寨山遗址重建家族谱系示意图及对应墓葬位置

性别特异性殉葬：复杂的仪式体系

最令人震惊的发现之一是，石峁社会中存在的性别特异性殉葬习俗。不同墓葬地点显示出截然不同的殉葬模式：

在外城东门，殉葬者主要是男性（10人中有9人为男性），且多为斩首后集中埋葬；而在皇城台和寨山等高阶墓地，殉葬者则几乎全是女性。前者属于人祭——公共仪式活动中的祭祀，后者属于人殉——贵族死亡后的陪葬。

研究团队还发现，这些女性殉葬者与墓主没有密切的亲缘关系，可能来自外部群体。而在皇城台，部分女性殉葬者之间甚至存在二级亲缘关系，表明可能是整个家庭或社区被选中献祭。

社会阶层的遗传边界

尽管石峁社会等级森严，但基因分析显示，社会边界并非完全不可逾越。研究人员发现了个别精英与低等级个体之间存在亲缘关系的案例。

更有趣的是，在皇城台这一被认为是统治阶层的墓地中，发现了两位高阶女性墓主，她们的陪葬品丰富程度不亚于男性精英，这表明在石峁社会中，女性也有可能获得较高的社会地位和政治权力。

意义与启示：重新认识中国早期文明

这项研究不仅揭示了石峁古城的具体历史真相，更为我们理解中国早期国家的形成提供了重要线索。

石峁位于农耕与游牧社会的交汇处，是理解中国北方社会复杂化进程的关键。这项研究也表明，中国早期文明的形成是一个多元融合、本地发展的复杂过程。

石峁古城的基因故事告诉我们，早在 4000 多年前，中国北方已经形成了具有明显社会分层、复杂仪式体系和活跃跨区域交流的早期国家。这些发现为我们重新认识中华文明的起源提供了全新视角。

这项开创性研究展示了如何通过古 DNA 分析，让我们能够“阅读”那些没有文字记录的历史，聆听那些被时间埋没的声音，最终更全面地理解人类社会的演进历程。

论文链接：

https://www.nature.com/articles/s41586-025-09799-x