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曾被赌场拉黑,32岁成为哈佛正教授,如今他是CRISPR 2.0时代引领者

来源:生物世界 2024-01-24 09:38

2016年和2019年,刘如谦先后开发了碱基编辑和先导编辑,引领了CRISPR基因编辑新时代。

提到CRISPR基因编辑技术时,人们昂网想到的是张锋,而除了张锋之外,还有一些华人学者在基因编辑领域“风生水起”,刘如谦(David Liu)就是其中的佼佼者。

 

刘如谦颇有几分“天才少年”的意味,21岁时以全班第一名的成绩从哈佛大学毕业;32岁时成为顶尖名校哈佛大学正教授。

 

在深耕基因编辑领域后,刘如谦也将自己的天才带到了该领域:2016年,他开发出了碱基编辑(Base editing)技术,并在2017年当选《自然》十大科学人物;2019年,刘如谦再推出先导编辑(Prime editing)技术,又一次大大扩展了基因编辑工具箱。

 

2023年12月底,FDA批准了首个CRISPR基因编辑疗法上市,开启了基因编辑临床应用新时代,《自然》杂志也发文指出我们即将迎来CRISPR 2.0时代,而代表CRISPR 2.0的碱基编辑、先导编辑和表观遗传编辑,刘如谦均发挥了重要作用。

 

从天才少年到哈佛教授

 

刘如谦于1973年出生于美国加利福尼亚州,父母原籍中国台湾,他的父亲是一名航空航天工程师,母亲是加州大学河滨分校的物理学教授。在这样一个科学氛围浓厚的家庭中,刘如谦自然从小就对数理化颇为有兴趣。

 

从小到大,刘如谦都被视为是个天才,高中的时候,参加全国西屋科学人才搜索(Regeneron Science Talent Search)竞赛,这个竞赛被认为是“美国历史最悠久、最知名”的科学竞赛,参赛选手中出了13位诺贝尔奖得主,2位菲尔茨得主,11位国家科学奖章得主以及20位麦克阿瑟奖学金获得者。当时,刘如谦获得了第2名。值得一提的是,当时获得第1名的 Matthew Headrick 目前是布兰迪斯大学的一名理论物理学家,从事当今理论物理学最前沿的全息理论研究。

 

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高中毕业后,刘如谦顺利申请到哈佛大学化学系专业,并在1994年以全班第一名的优异成绩毕业,在大学期间,刘如谦受到了有机合成泰斗、诺贝尔奖得主 E.J. Corey 教授的青睐,并在其合成化学实验室实习了一段时间。

 

之后,刘如谦收到了加州大学伯克利分校的录取通知书,并在1999年获得有机化学博士学位。在伯克利分校的这段时间,他师从皮特·美国著名的化学家 Peter G. Schultz 教授。

 

1999年,刘如谦回到了自己的母校哈佛大学,并担任了化学和生物学助理教授。加入哈佛大学后,他便开启了超乎寻常的晋升速度,2003年晋升为副教授,2005年晋升为正教授,此时年仅32岁,2007年,他被授予Harvard College Professor的荣誉称号。

  

不过,这一时期刘如谦之所以能够晋升如此迅速,得益于他在本科教学方面的出色表现。从2005年开始,由他讲学的入门生命科学课程成为哈佛最大的自然科学课程。

 

关于刘如谦回还有一个趣事:在他21岁那年,他曾到拉斯维加斯赌场赌博,当时他玩的游戏是二十一点,几局下来后刘如谦凭借数学知识掌握了二十一点的规律,因此赢了不少钱。当他29岁再次踏入赌场时,却被发现自己已经被赌场拉入了黑名单。后来,《哈佛杂志》将这一“都市传说”写入了报道中,多年后刘如谦再提起此事,颇有些哭笑不得。

 

在前半生的青年时光里,刘如谦的表现都是“别人家的孩子”,他在才智方面的卓越表现得以让他发光发彩。可是,这还没有到达他人生的辉煌时刻,接下来他将因一项领域的研究而闻名生物医药学界,那就是基因编辑技术。

 

引领CRISPR 2.0

 

2012年8月,Emmanuelle Charpentier 和 Jennifer Doudna 合作在 Science 期刊发表了一篇论文,首次解析了CRISPR-Cas9技术的原理,并指出其可作为一种基因编辑工具。

 

2013年2月,张锋在 Science 期刊发表论文,首首次将CRISPR-Cas9基因编辑技术改进并应用于哺乳动物和人类细胞。此后,CRISPR基因编辑技术收到了广泛关注并得到了快速发展。

 

刘如谦也是最早一批进行CRISPR研究的科学家之一,在对于CRISPR-Cas9进行深入了解后,他尝试去解决该技术存在的一些问题:

 

首先就是,CRISPR-Cas9无法精确控制对DNA序列的修复,Cas9等核酸酶进行基因编辑时,会切断DNA双链,但无法精确控制修复过程中的DNA序列,这种不精确性可能导致基因序列的错误累积,产生破坏性的基因突变,甚至是染色体改变。

 

此外,CRISPR-Cas9其实是“基因破坏”而非“基因校正”,当前大多数基因编辑临床试验使用核酸酶去破坏一个基因,而不是精确地校正导致疾病的基因突变。这意味着该技术主要用于沉默基因的功能,而不是精确地修复基因序列。

 

2016年和2019年,刘如谦先后开发了碱基编辑和先导编辑,引领了CRISPR基因编辑新时代。

 

碱基编辑(Base editing)

 

2016年,刘如谦团队在 Nature 期刊发表论文,开发出了碱基编辑(Base Editing)技术,碱基编辑依赖于CRISPR-Cas9系统中的Cas9核酸酶,只是其使用的DNA切割活性丧失的Cas9(dCas9),不会造成DNA双链断裂(DSB),将dCas9和TadA(腺嘌呤脱氨酶)融合,实现对基因组点突变的定点修复。

 

自碱基编辑首次被报道以来,研究人员已经开发出了降低脱靶效应,以及缩小其组件大小的新版本,以便更容易地将其递送到细胞中。

 

刘如谦创立了碱基编辑技术公司 Beam Therapeutics,目前该公司开发的基于碱基编辑的基因疗法正在进行镰状细胞病和β-地中海贫血,以及白血病的临床试验。

 

此外,Verve 公司开发的碱基编辑疗法VERVE-101也在进行治疗高胆固醇血症的临床试验,这是全球第一个体内碱基编辑的人类临床试验,其通过单次给药,在肝脏中灭活PCSK9基因表达,以持久降低导致疾病的LDL胆固醇(LDL-C)水平。VERVE-101的成分是编码腺嘌呤碱基编辑器(ABE)的mRNA和gRNA,它们被包装在脂质纳米颗粒(LNP)中,并通过静脉注射进行递送。该临床试验被 Nature Medicine 评选为2024年改变医学的11项临床试验之一。

 

但需要指出的是,碱基编辑技术的高精度是以降低灵活性为代价的,它只能用于改变某些DNA序列,而不能实现在基因组中插入大片段DNA序列。

 

先导编辑(Prime editing)

 

2019年,刘如谦团队在 Nature 期刊发表论文,开发了一种新型精准基因编辑工具——先导编辑器(Prime Editor),其无需依赖DNA模板便可有效实现所有12种单碱基的自由转换,而且还能有效实现多碱基的精准插入与删除,该工具“原则上可以修复75000种已知致病性人类遗传变异的89%”。此后,刘如谦等对先导编辑进行了一系列改进,以提高其编辑效果、改善编辑范围、降低脱靶编辑。

 

相比碱基编辑,先导编辑更为灵活,它可以定位和纠正基因组中的几乎任何位点,但它也更复杂,因此,它的潜力很大,但在实际应用中也面临一些挑战。

 

据悉,Prime Medicine(刘如谦等人创立)公司计划在2024年向FDA进行首个临床试验申报,启动治疗慢性肉芽肿病(CGD)的的先导编辑疗法临床试验,这是一种X染色体连锁隐性遗传疾病,由于编码细胞色素b的qp91-phox亚单位基因突变引起,患者反复发生全身各部位的化脓性感染,严重者会发生败血症而危及生命。

 

与此同时,包括刘如谦在内的研究人员正在推动先导编辑技术的发展,设计将越来越大的DNA片段插入基因组中目标位点的方法,这为开发替换整个基因的疗法打开了大门。例如囊性纤维化,该疾病由CFTR基因突变导致,而该基因上超过700个不同突变位点均可导致发表,与其针对每种突变设计不同的疗法,或许使用先导编辑直接替换整个基因是更好的选择。

 

表观基因组编辑(Epigenome editing)

 

除了改变基因本身的序列之外,CRISPR系统还可以通过改变“表观基因组”来调控基因的表达方式,包括对DNA进行的一系列化学修饰,这些化学修饰可以影响基因表达活性。

 

早在2013年,亓磊(Lei Stanley Qi)首次证实DNA切割活性丧失的Cas9(dCas9)可用于靶向DNA序列并调控基因表达,这项研究为碱基编辑和表观基因组编辑奠定了基础。

 

但目前表观基因组的编辑技术还没有像碱基编辑那样得到快速发展。部分原因是科学家们认为表观基因组编辑后会随着分裂而被消除。但有研究人员指出,这其实是一个常见的误解,表观基因组编辑的效果是可以非常持久的。

 

今年5月份,表观基因编辑疗法开发公司 Tune Therapeutics 展示了一项临床前实验数据,在非人类灵长类动物中关闭了PCSK9基因,而没有改变DNA序列本身,他们LNP递送的表观遗传编辑工具靶向PCSK9基因并增加其DNA甲基化,关闭其表达,进而降低坏胆固醇(低密度脂蛋白胆固醇)水平,这一效果至少持续了11个月。持久的效果可能会使表观基因组编辑比一些基于RNA的药物更具优势,例如siRNA,这些药物必须每隔几周或几个月重新给药。此外,表观基因组编辑疗法不涉及改变DNA,这有助于缓解了监管机构对CRISPR-Cas9基因编辑疗法的安全性担忧。

 

2021年,刘如谦创立了表观遗传编辑公司 Chroma Medicine,开发基于CRISPR的表观遗传编辑技术,并将其应用于疾病治疗。

 

2023年5月,在洛杉矶举行的美国基因与细胞治疗学会(ASGCT)第26届年会上,Chroma Medicine 发布了两项报告,分别是:Development of a Human PCSK9-Targeted Epigenetic Editor with Durable, Near-Complete In Vivo Silencing Efficiency(持久、体内近100%沉默效率的人类PCSK9靶向的表观遗传编辑器的开发)和 Multiplexed Editing Without Chromosomal Rearrangements Using Epigenetic Editors(使用表观遗传编辑器进行不导致染色体重排的多重编辑),强调了其表观遗传编辑平台的应用潜力。

 

与基于CRISPR-Cas9的基因编辑疗法相比,碱基编辑、先导编辑和表观基因组编辑还有差距,但FDA对CRISPR基因编辑疗法的首次批准,显然奖大大推动这些新型基因编辑疗法的发展。

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