江汉鸡肠道微生物组解析和益生菌筛选中取得新进展

近日，华中农业大学生命科学技术学院益生菌智造创新团队赵述淼副教授课题组在国际学术期刊Microbiome上发表题为“metagenome-assembled genome reveals species and functional composition of Jianghan chicken gut microbiota and isolation of Pediococcus acidilactic with probiotic properties”的研究论文，研究采用宏基因组测序技术揭示江汉鸡肠道微生物群物种和功能组成以及分离了具有益生菌特性的乳酸片球菌。

鸡是全世界养殖最广泛的动物之一，在肉类和蛋类生产中发挥着重要的作用，其肠道微生物群对于鸡的健康、疾病、生长和产蛋性能至关重要。中国本土鸡种肠道微生物多样性丰富，潜在的肠道微生物资源可能为宿主带来健康益处。江汉鸡作为我国江汉地区独特的品种，已有300年的历史。它的适应能力强，耐粗饲，肉质细嫩，对饲养要求低，生长速度相对较慢，由于其应激反应强烈，不适合集约化养殖，主要养殖方式为平地散养。

研究团队利用宏基因组测序技术分析了长江流域附近四个城市江汉鸡肠道微生物的物种和功能组成。结果表明，江汉鸡肠道菌群的细菌种类组成与其他鸡品种相似，其中Phocaeicola和Bacteroides是最丰富的细菌属。LEfSe 分析显示荆州样品与其他三组样品之间的物种组成和功能特征存在显著差异。

功能注释表明，江汉鸡肠道菌群以代谢基因为主，其中与碳水化合物代谢相关的基因数量最多。发现了多个抗生素抗性基因（ARG），并且ARG的组成与集约化笼养鸡相似，表明抗生素广泛存在于江汉鸡的肠道微生物群中。结合宏基因组的研究结果，从鸡肠道中分离、鉴定出了829株微生物，并进行了大规模的益生性评价，其中3 株乳酸片球菌（P. acidilatic）表现出较强的益生潜力。这些发现提供了对江汉鸡独特肠道微生物群的深入了解，并强调了益生菌株在养殖业的潜在应用前景。

华中农业大学生命科学技术学院硕士研究生沈红叶、王婷慧为论文共同第一作者，赵述淼副教授为通讯作者。生命科学技术学院彭楠教授、已出站博士后董卫卫也参与了本研究部分工作。该研究得到湖北省重点研发计划（2020BBA054）和湖北省洪山实验室重点基金（2021HSZD022）的资助。