Nat Biotechnol：科学家开发出一种新系统 或能捕捉癌症患者对疗法产生反应背后的起源机制和早期适应性过程

2021年9月20日 讯 /生物谷BIOON/ --癌细胞群中的遗传和非遗传异质性是抗癌疗法所面临的主要挑战，目前研究人员缺乏强有力的方法来确定预先存在和适应性的特征如何影响细胞对疗法的反应。近日，一篇发表在国际杂志Nature Biotechnology上题为“Identifying transcriptional programs underlying cancer drug response with TraCe-seq”的研究报告中，来自美国基因技术公司等机构的科学家们通过研究开发了一种新方法来捕捉参与癌症疗法反应的机体起源和早期适应性过程。文章中，研究人员描述了这种新系统是如何被用于帮助治疗耐药类型的癌症的。

图片来源：https://www.nature.com/articles/s41587-021-01005-3

正如研究人员所指出的那样，目前治疗癌症患者的疗法就是给予其临床医生认为的最适合他们所患癌症类型的疗法，然后观察这种疗法的效果如何，如果由于耐药性而导致治疗结局不如预期那样，临床医生就会对方法进行修改。为了改善这一过程，研究人员就开发了一种新系统，其能考虑到癌细胞预先存在的特征，以及可能因这些特征而产生的对疗法耐受的变化。

这种名为TraCe-seq的新系统主要涉及分析应用于突变肺癌细胞的多种疗法的克隆反应，其能利用单细胞RNA测序方法；作为其开发的一部分，研究人员使用了EGFR靶向性疗法，其中包括已经被证明能干扰酶类结合的激酶抑制剂。研究人员指出，这种系统依赖于不同的细胞条形码的组合，以及依次的单细胞测序技术，进一步研究后，研究者发现，这种条形码允许利用未经处理的细胞以及那些接触过多种不同疗法的细胞的克隆；其能作为一种在耐药情况下提供最佳类型的治疗方式，而不必经历漫长的临床试验和错误的试验过程。通过考虑细胞突变的遗传史，该系统就能准确预测哪类疗法在阻断癌细胞生长和耐药上效果最佳。

TraCe-seq条码恢复和分配的质量控制指标。

图片来源：Chang, M.T., et al. Nat Biotechnol (2021). doi：10.1038/s41587-021-01005-3

对该系统的测试结果显示，其能在GNE-104或EGFR抑制剂治疗的肺癌中提供比传统疗法选择效果更加明显的治疗结局或效果；研究者表示，该系统可能只是沿着类似路线所开发的诸多系统中的第一个，所有这些系统的开发旨在更好地预测哪种疗法能更好地对不同类型的耐药性癌症发挥治疗效果。

综上，本文研究结果表明，靶向性降解或许并不总是优于酶类抑制，同时研究人员还将TraCe-seq系统作为一种新方法来研究预先存在的转录程序影响患者机体对疗法反应的分子机制。（生物谷Bioon.com）

原始出处：

Chang, M.T., Shanahan, F., Nguyen, T.T.T. et al. Identifying transcriptional programs underlying cancer drug response with TraCe-seq. Nat Biotechnol (2021). doi：10.1038/s41587-021-01005-3