Science：利用基因组流行病学准确追踪英国COVID-19传播链

2021年1月15日讯/生物谷BIOON/---根据研究人员对英国第一波COVID-19大流行的5万多个病毒序列的分析，SARS-CoV-2病毒在2020年初被引入英国的次数远远超过1000次。英国在2020年3月全国封锁前引入的病毒谱系往往规模更大，地理分布更分散。传染病流行是由传播链构成的，然而人们但对于共同传播谱系（co-circulating transmission lineage）在大小、空间分布和持续时间上的变化知之甚少。了解这些特征有助于针对性地进行干预，追踪对人类宿主有不同影响的SARS-CoV-2变种。

英国在2020年初的COVID-19疫情是世界上最大的疫情之一。该国的病毒基因组采样也有很好的代表性，很大程度上是因为英国COVID-19基因组学（COVID-19 Genomics UK）联盟的努力。通过这个联盟，英国每周都会公开分享大量的病毒基因数据。

在一项新的研究中，由Louis du Plessis领导的研究人员利用该联盟和其他来源的数据重建了COVID-19在疫情第一波（2019年3月至6月）期间引入英国的地点和时间。他们还使用了流行病学因素和旅行数据的信息。相关研究结果近期发表在Science期刊上，论文标题为“Establishment and lineage dynamics of the SARS-CoV-2 epidemic in the UK”。

图片来自Science, 2021, doi:10.1126/science.abf2946。

根据他们的结果，在2020年3月23日进行封锁之前，超过1000个可识别的英国传播谱系---包括全部8个最大的、持续时间最长的传播谱系---已在英国建立并共同传播。du Plessis及其同事们说，即使最大和最广泛传播的谱系持续到夏季，英国全国性的封锁也与有限的输入和下降的区域谱系多样性相吻合。

他们的结果表明，更早的旅行和隔离干预措施可能有助于减少英国第一波病例的增长速度和强度。他们还显示，传入英国的数量最多的传播链分别来自西班牙(33%)、法国(29%)和意大利(12%)。

这些研究结果表明，可以利用基因组追踪技术在时间和空间上准确地追踪单个病毒传播谱系，这种方法可以在区域、国家和国际范围内采用，以应对未来的流行病。（生物谷 Bioon.com）

参考资料：

1.Louis du Plessis et al. Establishment and lineage dynamics of the SARS-CoV-2 epidemic in the UK. Science, 2021, doi:10.1126/science.abf2946.

2.COVID-19 transmission chains in the UK accurately traced using genomic epidemiology
https://medicalxpress.com/news/2021-01-covid-transmission-chains-uk-accurately.html