Cell：在哈扎族狩猎采集者的肠道微生物组中发现了惊人的基因组新颖性

在一项新的研究中，来自美国斯坦福大学等研究机构的研究人员对坦桑尼亚哈扎族狩猎采集者（Hadza hunter-gatherer）的351份粪便样本进行了超深的宏基因组测序。他们详细介绍了他们对来自哈扎族狩猎采集者的最广泛的肠道微生物组测序数据的收集和鉴定。相关研究结果于2023年6月21日在线发表在Cell期刊上，论文标题为“Ultra-deep sequencing of Hadza hunter-gatherers recovers vanishing gut microbes”。

人体肠道微生物组的组成在世界范围内可能有很大的不同，这取决于当地的饮食和环境接触。肠道微生物组研究严重偏向于肠道微生物组多样性很低的西方工业化人群。多样性低被认为是由摄入高度加工的食物、更频繁地使用抗生素、剖腹产率、卫生水平以及减少与动物和土壤的物理接触造成的。

这种因果关系得到了非工业化人群的支持，包括具有极高肠道微生物组多样性的狩猎采集者。这也可以在从非工业化地区到工业化西方地区的移民的肠道微生物组变化中观察到，这是向较低肠道微生物组多样性的过渡。

以前对古人类粪化石的分析表明相比于工业化地区人群的肠道微生物组，古代肠道微生物组更接近现代非工业化地区人群肠道微生物组的较高多样性。

这些与人类相关的微生物品系在深层进化的时间里在人类世代之间传递，并且知道肠道微生物群在人类健康中起着至关重要的作用，这表明现在工业化地区中的肠道微生物组缺失的方面意味着这些微生物提供的功能的丧失。

图片来自Cell, 2023, doi:10.1016/j.cell.2023.05.046。

在这项新的研究中，哈扎族人生活在坦桑尼亚裂谷中部的营地，每个营地大约有5到30人。哈扎族人大约每四个月在不同的营地之间移动一次。他们主要饮用泉水和溪水，饮食包括觅食的块茎、浆果、蜂蜜和狩猎的动物。

对从167个哈扎族人收集的粪便样本进行了宏基因组测序。在哈扎族人肠道微生物中发现的840万个蛋白家族中，有一半以上（59.7%）在统一的人类胃肠道蛋白数据库（Unified Human Gastrointestinal Protein database）中没有。在他们的肠道微生物组中发现的细菌和病毒种类使全球已知的微生物群目录增加了约24%。

为了进行局部比较，这些作者将他们的研究结果与成年的加利福尼亚人进行了比较，发现虽然哈扎族人的成年肠道微生物组平均包含730个物种，但加利福尼亚人的肠道微生物组中只有277个物种。

这些作者指出，“一个重要的挑战是描述这些微生物对人类生理的影响，并确定在哪些情况下，物种和功能的缺失或存在对人类健康有益或有害。”

了解缺乏多样性对西方代谢的影响，或者哈扎族人通过拥有这种强大的多样性而避免了哪些疾病（如果有的话），将是非常有吸引力的。工业化人群中消失的微生物群不太可能是没有原因的，尽管可能只是因为这些原因不再适用。

得益于这项新的研究，未来的研究人员有许多新的谜团需要解决，并且如今有一个超深的宏基因组测序数据集来指导他们提出的问题。（生物谷 Bioon.com）

参考资料：

1. Matthew M. Carter et al. Ultra-deep sequencing of Hadza hunter-gatherers recovers vanishing gut microbes. Cell, 2023, doi:10.1016/j.cell.2023.05.046.

2. Striking level of genomic novelty found in Hadza hunter-gatherer microbiome
https://medicalxpress.com/news/2023-06-genomic-novelty-hadza-hunter-gatherer-microbiome.html