Cell子刊：新研究表明T细胞有可能在接种过疫苗或之前感染过新冠病毒的人体中产生针对Pirola变体的免疫反应

2023年8 月，科学家们在以色列和丹麦的患者身上检测到了一种新的 “令人担忧的SARS-CoV-2变体”。从那时起，这种称为 BA.2.86 或“Pirola”的变体就开始在全球传播。Pirola变体引起了人们的警惕，因为它是高度突变的，而且与最初用于疫苗接种的早期 SARS-CoV-2 相比，它的变异程度与SARS-CoV-2的Omicron变体的变异程度一样高。

随着 Pirola 的传播，拉霍亚免疫学研究所（LJI）的研究人员正在研究 COVID-19 疫苗（或以前感染过 SARS-CoV-2 ）是否仍能保护人们免受严重疾病的侵袭。LJI 教授Alessandro Sette说，“人们担心，变异数量如此之多的SARS-CoV-2变体会‘逃避’T 细胞免疫。”

如今，在一项新的研究中，LJI研究助理教授 Alba Grifoni 博士及其团队指出T细胞可以看穿Pirola变体的变异，找到它们的作用靶标。他们的分析表明看来以前感染过 Omicron 或接种过新型二价疫苗的人可能会拥有能够‘迎头赶上’并产生对抗 Pirola 的特异性反应的 T 细胞。相关研究结果于2023年12月8日在线发表在Cell Host & Microbe期刊上，论文标题为“Pre-existing SARS-2-specific T cells are predicted to cross-recognize BA.2.86”。

在这项新的研究中，Sette 和 Grifoni 利用了一种名为免疫表位数据库（Immune Epitope Database, IEDB）的资源。该数据库收录了世界各地免疫学家收集的宝贵研究成果，描述了免疫细胞如何识别微生物表面上的片段，即表位。

得益于 IEDB 中丰富的数据，这些作者详细了解了 COVID-19 疫苗或以前感染过 SARS-CoV-2 的 T 细胞如何“训练”T 细胞靶向 SARS-CoV-2 表位。他们提取了这些 IEDB 数据，并开发了一个生物信息学管道来预测这些 T 细胞将如何对 Pirola 变体做出反应。

Grifoni说，“我们根据以前SARS-CoV-2变体的实验数据和预测数据模拟了T细胞对Pirola的反应。”

这些作者发现，大多数 T 细胞仍能靶向 Pirola变体表面上的表位。总体而言，CD4+辅助T细胞反应识别的72%片段和89%的CD8+杀伤性T细胞表位在这些变体之间没有变化，或者说“保持不变”。他们在 Pirola变体的刺突蛋白上发现的保守 T 细胞表位较少，这也在意料之中，因为它携带了大部分变异。在这种主要结构蛋白上，只有56%的CD4+辅助T细胞表位和CD8+杀伤性T细胞表位是保守的。这是一个潜在的问题，因为目前的COVID-19疫苗在设计上只能让免疫细胞识别并靶向刺突蛋白表位。

然而，当他们仔细观察这些刺突蛋白片段时，他们发现96%的CD4+辅助T细胞表位和62%的CD8+杀伤性T细胞表位非常相似，T细胞仍有可能识别它们。简而言之，如果 Pirola变体想要躲避 T 细胞，它做得并不好。

Sette说，“免疫系统识别的许多表位在新的Pirola变体上仍然保持不变。我们强烈预测，这种病毒变体仍将被T细胞识别。”

Grifoni补充说，“T细胞也可能‘追捕’新变异的Pirola多肽，并针对这些表位发起新的反应，就像我们在其他变体上看到的那样。我们认为，尽管这种病毒在进化，但在Pirola感染或其他最新变体的病例中，我们并没有看到更严重的疾病，这可能就是原因之一。”

图片来自Cell Host & Microbe, 2023, doi:10.1016/j.chom.2023.11.010。

Grifoni强调，这些发现只是预测，而不是基于实际Pirola感染的观察结果。尽管如此，她仍然认为，看看这些计算机中的预测如何反映在最近的实际研究中是非常重要的。Grifoni说，“我们仍然需要实验验证，但我们已经在全球范围内建立了几个合作机构，它们正在研究这个问题。”

Sette补充说，许多人仍然很容易感染 SARS-COV-2，即使是Pirola变体，也是如此。“这就是为什么人们仍然应该接种疫苗，尤其是最新疫苗的原因。”

这些作者目前正在收集实验数据，以进一步了解T细胞对SARS-COV-2变体的反应，并进一步加强他们的预测工具。Grifoni尤其想弄明白，接种过二价疫苗和/或发生“突破性”感染的人究竟是如何对未来的SARS-COV-2变体产生T细胞反应的。（生物谷 Bioon.com）

参考资料：

Alessandro Sette et al. Pre-existing SARS-2-specific T cells are predicted to cross-recognize BA.2.86. Cell Host & Microbe, 2023, doi:10.1016/j.chom.2023.11.010.

T cells tackle new ‘Pirola’ SARS-CoV-2 variant
https://www.lji.org/news-events/news/post/t-cells-tackle-new-pirola-sars-cov-2-variant/