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Nat Genet:首个系统性癌症基因组图谱问世——揭示癌细胞中存在病毒DNA元件

来源:本站原创 2020-02-07 00:13

2020年2月7日 讯 /生物谷BIOON/ -- 在最近发表在自然旗下(包括《Nature》、《Nature Genetics》,《Nature Communications》在内)杂志上的一系列文章中,来自国际上的多个研究团队系统性地研究了来自38种不同类型癌症患者体内的2,600多个肿瘤样本中的DNA。

其中,来自东英吉利大学的研究人员针对癌症中发现的病毒DNA进行了首次全面的,针对性的调查。结果表明,作者在13%的样本中发现了病毒DNA的痕迹,并进一步确定了这些病毒DNA触发致癌突变的相关机制。

迄今为止,已经鉴定出11种病原体能够引发癌,其中包括幽门螺杆菌,某些类型的HPV病毒,乙型肝炎,丙型肝炎和爱泼斯坦-巴尔病毒等等。其中仅人类乳头瘤病毒(HPV)在全世界范围内每年引起的癌症就有64万起,而HPV疫苗则有望预防绝大多数相关的宫颈癌。

基于这项新研究,作者揭示了哪些病毒在哪些癌症中起作用。此外,研究人员还发现了以前与致癌作用甚至完全未知的病毒。

该研究由德国癌症研究中心(DKFZ)领导,是全基因组泛癌分析(PCAWG)的一部分,该组织由1300多名研究人员组成,旨在确定哪些基因突变或DNA突变模式在几种类型的肿瘤中起作用。这是国际癌症基因组联盟(ICGC)发起的一项倡议。

为了进行这项荟萃分析,他们对来自38种不同类型癌症的2600多个肿瘤基因组的测序数据进行了全面的生物信息学分析。该团队在356名癌症患者中发现了23种不同病毒类型的痕迹。其中,在所调查的癌症基因组中,发现有EB病毒(EBV)的基因组,已知其会引起多种不同类型的癌症(例如淋巴瘤,胃癌和鼻咽癌)。此外,在330例肝癌样本中有62例存在乙型肝炎病毒(HBV)DNA。在20例宫颈癌病例和57例头颈部肿瘤病例中,分别有19例,18例存在人类乳头瘤病毒,其中最常见的是HPV16。

与此同时,研究小组还排除了某些病毒(包括腺病毒和杆状病毒)与癌症之间的联系。

在某些情形下,研究小组发现了其它已知会引起癌症的病毒,例如肾癌中的逆转录病毒等。在与HPV和EBV相关的一些肿瘤中,研究人员观察到,这些癌细胞正常生长所依赖的驱动基因发生了缺失突变。因此,病毒的存在可能通过其他因素支持恶性细胞变性。


文章作者布鲁尔博士说:“我们还发现,肿瘤中病毒的存在与基因组变化的模式有关,而这种变化又与DNA缺陷存在联系。这表明抗病毒药物具有驱动宫颈癌,膀胱癌和头颈癌恶化的风险。”

来自德国癌症研究中心(DKFZ)的彼得·利希特教授说:“通过分析整个癌症基因组,我们发现了更多的肿瘤中存在病毒痕迹的证据。但是,我们无法证实这些新发现的未知病毒与癌症有关。尽管如此,这一研究结果为肿瘤分类提供了重要的新见解,并为开发新型癌症靶向策略提供了未来的希望。”(生物谷Bioon.com)

资讯出处:First comprehensive survey of virus DNA found within cancer cells

原始出处:Zapatka, M., Borozan, I., Brewer, D.S. et al. The landscape of viral associations in human cancers. Nat Genet (2020). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0558-9

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