Nat Genet：系统性癌症基因组图谱问世——揭示癌细胞中存在病毒DNA元件
来源：本站原创 2020-02-07 00:13
在最近发表在自然旗下（包括《Nature》、《Nature Genetics》，《Nature Communications》在内）杂志上的一系列文章中，来自国际上的多个研究团队系统性地研究了来自38种不同类型癌症患者体内的2,600多个肿瘤样本中的DNA。
2020年2月7日 讯 /生物谷BIOON/ -- 在最近发表在自然旗下（包括《Nature》、《Nature Genetics》，《Nature Communications》在内）杂志上的一系列文章中，来自国际上的多个研究团队系统性地研究了来自38种不同类型癌症患者体内的2,600多个肿瘤样本中的DNA。
其中，来自东英吉利大学的研究人员针对癌症中发现的病毒DNA进行了首次全面的，针对性的调查。结果表明，作者在13％的样本中发现了病毒DNA的痕迹，并进一步确定了这些病毒DNA触发致癌突变的相关机制。
迄今为止，已经鉴定出11种病原体能够引发癌，其中包括幽门螺杆菌，某些类型的HPV病毒，乙型肝炎，丙型肝炎和爱泼斯坦-巴尔病毒等等。其中仅人类乳头瘤病毒（HPV）在全世界范围内每年引起的癌症就有64万起，而HPV疫苗则有望预防绝大多数相关的宫颈癌。
基于这项新研究，作者揭示了哪些病毒在哪些癌症中起作用。此外，研究人员还发现了以前与致癌作用甚至完全未知的病毒。
该研究由德国癌症研究中心（DKFZ）领导，是全基因组泛癌分析（PCAWG）的一部分，该组织由1300多名研究人员组成，旨在确定哪些基因突变或DNA突变模式在几种类型的肿瘤中起作用。这是国际癌症基因组联盟（ICGC）发起的一项倡议。
为了进行这项荟萃分析，他们对来自38种不同类型癌症的2600多个肿瘤基因组的测序数据进行了全面的生物信息学分析。该团队在356名癌症患者中发现了23种不同病毒类型的痕迹。其中，在所调查的癌症基因组中，发现有EB病毒（EBV）的基因组，已知其会引起多种不同类型的癌症（例如淋巴瘤，胃癌和鼻咽癌）。此外，在330例肝癌样本中有62例存在乙型肝炎病毒（HBV）DNA。在20例宫颈癌病例和57例头颈部肿瘤病例中，分别有19例，18例存在人类乳头瘤病毒，其中最常见的是HPV16。
与此同时，研究小组还排除了某些病毒（包括腺病毒和杆状病毒）与癌症之间的联系。
在某些情形下，研究小组发现了其它已知会引起癌症的病毒，例如肾癌中的逆转录病毒等。在与HPV和EBV相关的一些肿瘤中，研究人员观察到，这些癌细胞正常生长所依赖的驱动基因发生了缺失突变。因此，病毒的存在可能通过其他因素支持恶性细胞变性。
文章作者布鲁尔博士说：“我们还发现，肿瘤中病毒的存在与基因组变化的模式有关，而这种变化又与DNA缺陷存在联系。这表明抗病毒药物具有驱动宫颈癌，膀胱癌和头颈癌恶化的风险。”
来自德国癌症研究中心（DKFZ）的彼得·利希特教授说：“通过分析整个癌症基因组，我们发现了更多的肿瘤中存在病毒痕迹的证据。但是，我们无法证实这些新发现的未知病毒与癌症有关。尽管如此，这一研究结果为肿瘤分类提供了重要的新见解，并为开发新型癌症靶向策略提供了未来的希望。”（生物谷Bioon.com）
资讯出处：First comprehensive survey of virus DNA found within cancer cells
原始出处：Zapatka, M., Borozan, I., Brewer, D.S. et al. The landscape of viral associations in human cancers. Nat Genet (2020). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0558-9
其中，来自东英吉利大学的研究人员针对癌症中发现的病毒DNA进行了首次全面的，针对性的调查。结果表明，作者在13％的样本中发现了病毒DNA的痕迹，并进一步确定了这些病毒DNA触发致癌突变的相关机制。
迄今为止，已经鉴定出11种病原体能够引发癌，其中包括幽门螺杆菌，某些类型的HPV病毒，乙型肝炎，丙型肝炎和爱泼斯坦-巴尔病毒等等。其中仅人类乳头瘤病毒（HPV）在全世界范围内每年引起的癌症就有64万起，而HPV疫苗则有望预防绝大多数相关的宫颈癌。
基于这项新研究，作者揭示了哪些病毒在哪些癌症中起作用。此外，研究人员还发现了以前与致癌作用甚至完全未知的病毒。
该研究由德国癌症研究中心（DKFZ）领导，是全基因组泛癌分析（PCAWG）的一部分，该组织由1300多名研究人员组成，旨在确定哪些基因突变或DNA突变模式在几种类型的肿瘤中起作用。这是国际癌症基因组联盟（ICGC）发起的一项倡议。
为了进行这项荟萃分析，他们对来自38种不同类型癌症的2600多个肿瘤基因组的测序数据进行了全面的生物信息学分析。该团队在356名癌症患者中发现了23种不同病毒类型的痕迹。其中，在所调查的癌症基因组中，发现有EB病毒（EBV）的基因组，已知其会引起多种不同类型的癌症（例如淋巴瘤，胃癌和鼻咽癌）。此外，在330例肝癌样本中有62例存在乙型肝炎病毒（HBV）DNA。在20例宫颈癌病例和57例头颈部肿瘤病例中，分别有19例，18例存在人类乳头瘤病毒，其中最常见的是HPV16。
与此同时，研究小组还排除了某些病毒（包括腺病毒和杆状病毒）与癌症之间的联系。
在某些情形下，研究小组发现了其它已知会引起癌症的病毒，例如肾癌中的逆转录病毒等。在与HPV和EBV相关的一些肿瘤中，研究人员观察到，这些癌细胞正常生长所依赖的驱动基因发生了缺失突变。因此，病毒的存在可能通过其他因素支持恶性细胞变性。
文章作者布鲁尔博士说：“我们还发现，肿瘤中病毒的存在与基因组变化的模式有关，而这种变化又与DNA缺陷存在联系。这表明抗病毒药物具有驱动宫颈癌，膀胱癌和头颈癌恶化的风险。”
来自德国癌症研究中心（DKFZ）的彼得·利希特教授说：“通过分析整个癌症基因组，我们发现了更多的肿瘤中存在病毒痕迹的证据。但是，我们无法证实这些新发现的未知病毒与癌症有关。尽管如此，这一研究结果为肿瘤分类提供了重要的新见解，并为开发新型癌症靶向策略提供了未来的希望。”（生物谷Bioon.com）
资讯出处：First comprehensive survey of virus DNA found within cancer cells
原始出处：Zapatka, M., Borozan, I., Brewer, D.S. et al. The landscape of viral associations in human cancers. Nat Genet (2020). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0558-9
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