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科学家发表非编码RNA相互作用数据库NPInter v4.0

来源:生物物理研究所 2019-11-12 09:25

 

非编码RNA对生物分子的调控作用,一直是RNA功能研究的前沿。在以往的研究中,非编码RNA被发现可以和蛋白质、RNA以及基因组相互作用,调控复杂生物过程。比如经典的长非编码RNA Xist可以和X染色体相互作用并影响剂量补偿效应。理解非编码RNA和生物分子的相互作用对于研究非编码RNA的功能以及生物分子调控网络的构建是非常重要的。

10月31日,《核酸研究》(Nucleic Acids Research)在线发表了中国科学院生物物理研究所健康大数据研究中心题目为NPInter v4.0: An integrated database of ncRNA interactions 的论文,发布了最新版的NPInter(NPInter v4.0)。该数据库系统地收录了绝大多数种类非编码RNA的相互作用,并对相互作用以及相关分子进行了详细的注释以及可视化,提供了一个全面、系统的非编码RNA相互作用的研究平台。

中科院院士陈润生课题组于2006年发布了NPInter数据库的第一个版本(Nucleic Acids Research),在过去的十多年中,该数据库一直获得业内的广泛认可,被RNAcentral收录为专家数据库。迄今为止,已经更新过三个版本。此次的v4.0更新,整合了近几年来发表的非编码RNA相互作用文献以及高通量RNA相互作用测序数据,环状RNA(circRNA)的相互作用和ChIRP-seq获得的非编码RNA-基因组的相互作用首次被收录进来。总数据量上升到11万条,涵盖了35个物种。相互作用以及作用分子还增加了疾病注释,旨在帮助研究者更好地理解相互作用的功能。除了整合数据之外,整个数据库的网站也进行了重新构建,提高了原有搜索模块的易用性,并增加了很多新的功能性模块如biocircos.js。网站收录整理了大量具有特定功能的基因集合,并提供了基于这些基因集合的个性化搜索。(生物谷Bioon.com)

 

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