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bioRxiv:从1966年保存的淋巴结样本中提取出HIV-1基因组

来源:本站原创 2019-08-21 23:14

2019年8月21日讯/生物谷BIOON/---在一项新的研究中,来自美国、比利时和刚果民主共和国的研究人员从一种已在石蜡中保存了50多年的淋巴结组织中提取出近乎完整的HIV-1基因组。这种样本是迄今为止发现的最早的HIV-1基因组,比此前最古老的样本早了十年。相关研究结果近期发表在预印本服务器bioRxiv上,论文标题为“A near-full-length HIV-1 genome from 1966 recovered from formalin-fixed paraffin-embedded tissue”。
图片来自bioRxiv, 2019, doi:10.1101/687863。

在从刚果民主共和国的一名38岁男子体内收集受到污染的淋巴结17年后,即1983年,科学家们首次发现了HIV-1病毒。在1966年获取这种淋巴结样本后,病理学家用福尔马林固定这种组织并将它包埋在石蜡中,然后将它储存了大约半个世纪。许多此类组织样本都被存档以便在未来希望能更好地了解当时未知的疾病。

论文共同作者Michael Worobey和他的同事们在刚果民主共和国金沙萨大学梳理了1600多个组织样本旨在寻找HIV基因组片段时,发现了这种大小不超过手指甲的淋巴结样本。在这些大量的组织样本中,仅这种淋巴结样本含有这种病毒的迹象。这种淋巴结样本的保存过程让RNA发生破碎,但是这些研究人员成功地提取出和组装足够多的HIV基因组片段,从而形成接近完整的HIV基因组。

Worobey说,“事实证实,50多年后你能够提取[RNA],即使在室温下将它放在抽屉里,也是如此。在金沙萨市这个地方,天气比较温暖。”他补充道,“就这样,我们已埋头苦干五年多了。”

在这种淋巴结样本中提取出的HIV基因组类似于最流行的HIV亚型C,但似乎是这组病毒的近亲。

论文共同作者、Worobey实验室博士后研究员Sophie Gryseels补充道,“有一些非常复杂的进化模型可被用来追索历史上发生的事情,但是它们仍然只是模型。有了年代久远的遗传材料,你能够观察到现实是什么样的。”

这些研究人员将这种病毒与HIV谱系的进化模型进行了对比,其中这些进化模型是科学家们根据现代数据和祖先基因组的零碎证据进行逆向工程推导出来的。他们发现这些进化模型给出的时间表几乎与他们估计的时间表相一致:他们估计这种病毒起源于1896年至1905年间的中非,而之前的评估将这种日期定在20世纪20年代左右。

英国牛津大学进化和传染学教授Oliver Pybus(未参与这项新的研究)说,“尽管这项研究的发现并没有显著改变我们目前针对艾滋病大流行早期遗传史提出的模型,但是它确实提高了我们对之前从现代和部分HIV基因序列中得出的结论的信心。”

这些研究人员提出,这种近乎完整的基因组应该进一步让科学家们了解哪些因素导致HIV出现,从而导致艾滋病(HIV/AIDS)大流行。

在美国宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院研究HIV进化的Beatrice Hahn(未参与这项新的研究)说,“为什么我们对化石感兴趣?这是因为它们讲述了历史。这种HIV'化石'也不例外。这是进化谜题中的一个重要部分。”(生物谷 Bioon.com)

参考资料:

1.Sophie Gryseels et al. A near-full-length HIV-1 genome from 1966 recovered from formalin-fixed paraffin-embedded tissue. bioRxiv, 2019, doi:10.1101/687863.

2.HIV-1 Genome Extracted from 1966 Tissue Sample
https://www.the-scientist.com/news-opinion/hiv-1-genome-extracted-from-1966-tissue-sample-66295
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