近日郑春福教授与合作者在Journal of Medical Virology (JMV) 发表新文章：The binding profile of SARS-CoV-2 with HLA polymorphisms reveals critical alleles involved in immune evasion (SARS-CoV-2与HLA多态性的结合谱揭示免疫逃避的关键等位基因)。
由 SARS-CoV-2 引起的 COVID-19 大流行导致数百万人死亡。由于病毒新突变和免疫逃避，SARS-CoV-2的传播力非常迅速。然而，相关机制仍不清楚。本研究从T-CoV数据库中获得SARS-CoV-2变异体与HLA多态性之间的亲和力数据。文献中确定了关注变体(VOC)的流行病学数据。HLA蛋白序列从 IPD-IMGT/HLA获得。使用AlphaFold预测蛋白质结构，并使用PrankWeb 3预测HLA分子的结合位点。结果获得了 SARS-CoV-2 毒株与不同 HLA 蛋白的结合亲和力，并鉴定了 31 个风险等位基因。 随后的结构预测确定了这些 HLA 蛋白中的 10 个可能促进免疫逃避的活性结合位点。 特别地，还发现与 HLA I 类多态性的弱结合能力可能有助于 Omicron 的免疫逃避。总之，本研究重点关注 HLA 多态性与 SARS-CoV-2 毒株的结合亲和力及其与 SARS-CoV-2 免疫逃避的关系。 研究结果对于防止 SARS-CoV-2 的免疫逃避具有重要意义，并为疫苗设计提供了新的见解。
图1. 不同SARS-COV2毒株与蛋白质结合的HLA等位基因的累积数量.
图2. HLA分子结合SARS-COV2肽
图3. S蛋白在VOC中的结合亲和力变化.
图5. 关键多态性结合位点的预测.
图6. Omicro不同分支的HLA多态性及免疫逃避.
