郑春福教授与印度资深教授合作在JIPH发表新文章

近日郑春福教授与印度资深教授(总引用次数9000多)合作在Journal of Infection and Public Health (JIPH) 发表新文章：Exploring the structural and molecular interaction landscape of nirmatrelvir and Mpro complex: The study might assist in designing more potent antivirals targeting SARS-CoV-2 and other viruses (探索 nirmatrelvir 和 Mpro 复合物的结构和分子相互作用：该研究有助于设计针对 SARS-CoV-2 和其他病毒的更有效的抗病毒药物)。

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1876034123003271

一些针对SARS-CoV-2的治疗分子偶尔被开发出来并获得批准。 Nirmatrelvir (PF-07321332)是一种重要的抗病毒分子，对大流行病毒具有显着的活性。Mpro，也称为 3CLpro，是SARS-CoV-2的非结构蛋白 (NSP5)，是nirmatrelvir的药物靶点。因此，了解有关 Mpro-nirmatrelvir 复合物的结构和分子相互作用景观的更多信息是很有意义的。在这里，综合生物信息学、系统生物学和统计模型已被用来了解Mpro-nirmatrelvir复合物的结构和分子相互作用景观。 这里从PDB中检索了两种大分子复合物用于研究。

该研究涵盖了相互作用的残基、氢键和相互作用界面，以评估两种大分子复合物的结构和分子相互作用景观。第一个和第二个相互作用景观注意到六个和九个氢键形成。观察到的最大键长为 3.33 Å。对于第一个复合物，配体结合袋的表面积和体积分别为 303.485 Å2 和 295.456 Å3。同样，第二个复合物中配体结合袋的表面积和体积分别为308.397 Å2和304.865 Å3。 通过分析复合物的 NMA 迁移率、特征值、变形能力和 B 因子来评估结构蛋白质组动力学。相反，创建了不同的模型，例如抗病毒分子的热图，以评估nirmatrelvir的治疗状态。

我们的研究揭示了Mpro-nirmatrelvir复合物结合模式的结构和分子相互作用。它可能有助于我们更好地了解这种药物的分子机制。最后，它将指导未来的研究人员设计更广谱的模仿 nirmatrelvir 的抗病毒分子，这将有助于我们对抗 SARS-CoV-2 和传染性病毒。这项研究可能有助于我们为未来的流行病或大流行做好公共卫生准备。

图 1. Nirmatrelvir (PF-07321332) 的化学结构及其与Cys 残基的相互作用。

图 2. 示意图显示了我们逐步分析的流程图。

图 3. 首次分析的大分子结构中nirmatrelvir与SARS-CoV-2 Mpro复合物结合的结构图。

图 4. 第二次分析的大分子结构中nirmatrelvir与SARS-CoV-2 Mpro复合物结合的结构图。

图 5. Nirmatrelvir-Mpro复合物的结构图，显示了残基网络的隧道、总表面积和界面。

图 6. Nirmatrelvir与SARS-CoV-2 Mpro复合物结合的两种大分子结构。

图 7. Nirmatrelvir可作为潜在抗病毒治疗分子。