Nature重磅：管轶等发现穿山甲是SARS-CoV-2的中间宿主
来源：本站原创 2020-03-26 23:53
2020年3月26日讯 /生物谷BIOON /——世界范围内正在爆发的SARS-CoV-2引起的肺炎COVID-19正在给全球人民带来巨大的灾难，了解其来源对于开发治疗和防止以后的再次流行具有重要意义。尽管蝙蝠很可能是SARS-CoV-2的宿主，但是我们仍然不知道可能促进其转移到人类身上的中间宿主。3月26日，香港大学/汕头大学联合病毒研究所著名病毒学家管轶
2020年3月26日讯 /生物谷BIOON /——世界范围内正在爆发的SARS-CoV-2引起的肺炎COVID-19正在给全球人民带来巨大的灾难，了解其来源对于开发治疗和防止以后的再次流行具有重要意义。尽管蝙蝠很可能是SARS-CoV-2的宿主，但是我们仍然不知道可能促进其转移到人类身上的中间宿主。3月26日，香港大学/汕头大学联合病毒研究所著名病毒学家管轶教授领衔的团队在Nature杂志上发文，报道了他们在马来亚穿山甲中发现与SARS-CoV-2相关的冠状病毒，他们在来自马来亚穿山甲的样品中发现了SARS-CoV-2相关冠状病毒的两个亚种，包括一个在受体结合域与SARS-CoV-2表现出很强的相似性(97.4%)，这些结果表明穿山甲可能是新型冠状病毒转染给人的中间宿主。该研究题为“Identifying SARS-CoV-2 related coronaviruses in Malayan pangolins”。
图片来源;Nature
研究人员先对2017年8月至2018年1月来自广西的18只马来亚穿山甲的冷冻血液样本以及肺、肠样本进行了分析。通过RNA高通量测序，研究人员发现43个样本中有6个样本(两个肺，两个肠，一个肺肠混合，五只穿山甲的血液)存在冠状病毒。
通过序列数据并用扩增子测序填充间隙后，研究人员进行了系统发育分析，最终得到了六个属于SARS-CoV-2谱系的完整的或接近完整的基因组序列--GX/P1E、GX/P2V、GX/P3B、GX/P4L、GX/P5E和GX/P5L。病毒分离出的序列(GX/P2V)的基因组序列与原样本的宏基因组测序得到的5个序列具有很高的相似性(99.83-99.92%)，均具有与SARS-CoV-2相似的基因组框架，共有11个预测开放阅读框。
接下来研究人员对2018年5月至7月对收集到的另一批穿山甲标本进行了qPCR检测，来自12个动物的19个样品中，有3个样品出现了冠状病毒。
除了来自广西的动物，研究人员还分析了广州海关技术中心在2019年3月反走私行动中获取的五份存档的穿山甲样本(两份皮肤样本，两份不知名的组织，一份鳞片)。高通量测序后，研究人员发现该样本包含冠状病毒序列，研究人员从这些数据中组装了长达21，505bp的部分基因组序列（GD/P2S），这段基因几乎占据SARS-CoV-2基因组的72%。
研究人员对前期研究的重组分析表明，蝙蝠冠状病毒ZC45和ZXC21可能是重组体，包含来自多个SARS-CoV相关谱系的序列(基因组区域2、5、7)和包括来自穿山甲基因组的SARS-CoV-2的基因组片段。
然而，更值得注意的是通过对穿山甲冠状病毒、蝙蝠冠状病毒RaTG13和人类SARS-CoV-2之间重组信号的观察，研究人员发现，尽管在其他区域SARS-CoV-2与蝙蝠的冠状病毒RaTG13最接近，但是SARS-CoV-2与广东穿山甲冠状病毒的受体结合域有很高的序列相似性(RBD，氨基酸序列97.4%相似)。
事实上，广东穿山甲的冠状病毒和SARS-CoV-2在五个关键残基上具有相同的氨基酸，而RaTG13只与SARS CoV-2(442残基，人类SARS-CoV)共享一个氨基酸病毒，RaTG13与SARS CoV-2的RBD中只有89.2%的氨基酸相似。研究人员还发现广东穿山甲冠状病毒RBD与SARS-CoV-2之间的氨基酸相似性有可能是由于选择性介导的趋同进化而不是重组。
图片来源：Nature
这些结果表明，穿山甲可能是这些病毒的重要宿主，令人惊讶的是穿山甲是独居动物，数量相对较少。事实上，根据目前的数据，还不能排除穿山甲从其他病毒动物宿主获得SARS-CoV-2相关病毒，这使得穿山甲在人类SARS-CoV-2的出现中起作用仍然是未经证实的。值得注意的是，这两种穿山甲冠状病毒均来自被贩卖的马来亚穿山甲，可能起源于东南亚，目前还不了解该动物在不同地区本身所保持的病毒多样性。毫无疑问，病毒在穿山甲群体中的传播程度还需要进一步调查。然而，广西省和广东省多次出现与SARS-CoV-2相关的冠状病毒感染，说明这种动物可能在冠状病毒群落生态学中发挥重要作用。
冠状病毒，包括那些与SARS-CoV-2相关的病毒，显然存在于亚洲的许多野生哺乳动物中。虽然流行病学、致病性、物种间的传染性数据显示，穿山甲的冠状病毒仍有待研究。但是作者强烈建议，处理这些动物需要相当谨慎，并应严格禁止在市场销售。作者呼吁需要进一步监测中国和东南亚自然环境中的穿山甲，我们需要了解他们在冠状病毒的出现和未来人畜共患病风险中的传输作用。（生物谷Bioon.com）
参考资料：
Lam T.T.， Shum， M.H.， Zhu， H. et al. Identifying SARS-CoV-2 related coronaviruses in Malayan pangolins. Nature (2020). https：//doi.org/10.1038/s41586-020-2169-0
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