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Nat Commun | ​浙江大学华跃进/周如鸿/赵烨鉴定DNA损伤传感器并揭示新型DNA损伤响应激活机制

来源:生物探索 2024-03-07 10:51

本研究发现作为DNA损伤传感器的PprI能够直接识别作为DNA损伤的信号分子ssDNA,在转录水平激活DNA损伤修复过程,帮助细胞适应环境胁迫。

浙江大学生命科学学院华跃进教授、周如鸿教授和赵烨教授在Nature Communications杂志发表了题为“The Deinococcus protease PprI senses DNA damage by directly interacting with single-stranded DNA”的研究成果,该论文鉴定了DNA损伤传感器,揭示了DNA损伤产物单链DNA(ssDNA)自身即能够作为一种直接的DNA损伤信号被DNA损伤传感器识别,对该系统进行激活,进而启动相关DNA损伤修复基因转录。

 

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之前的研究表明pprI基因的转录水平在细胞受到DNA损伤前后并无明显差异,表明PprI蛋白并非通过表达量的增加而激活,极有可能存在一种未知的机制。本研究首先发现ssDNA能够直接与PprI蛋白结合并激活其切割活性。通过生化、细胞和结构生物学的研究方法,成功解析了PprI-ssDNA复合体的结构,其具有三个重要的ssDNA结合位点,为细胞内PprI-DdrO系统激活所必需(图a)。

 

该研究进一步通过计算生物学的方法获得了PprI-ssDNA-DdrO三元复合体的结构,推测ssDNA通过增强PprI与DdrO之间的相互作用激活下游基因的转录水平(图b)。此外,PprI蛋白的单体与二聚体之间的动态平衡同样参与了该系统的激活(图c)。总的来说,本研究发现作为DNA损伤传感器的PprI能够直接识别作为DNA损伤的信号分子ssDNA,在转录水平激活DNA损伤修复过程,帮助细胞适应环境胁迫。

 

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(a) PprI-ssDNA复合体的整体结构。(b) 全原子分子动力学(MD)模拟验证的PprI-DdrO-ssDNA模型。(c) PprI蛋白的单体与二聚体之间的动态平衡。(Credit: Nature Communications)

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