多篇论文从遗传学角度探究COVID-19
来源：本站原创 2020-05-27 22:20
2020年5月27日讯/生物谷BIOON/---导致2019年冠状病毒病（COVID-19）的新型冠状病毒SARS-CoV-2（之前称为2019-nCoV）如何从动物跳跃到人类身上，是在人类努力控制这种席卷全球的致命性疫情大爆发时科学家试图解决的一个难题。在澳大利亚悉尼大学生命与环境科学学院和医学学院担任职位的进化病毒学家Edward Holmes教授一直与
2020年5月27日讯/生物谷BIOON/---导致2019年冠状病毒病（COVID-19）的新型冠状病毒SARS-CoV-2（之前称为2019-nCoV）如何从动物跳跃到人类身上，是在人类努力控制这种席卷全球的致命性疫情大爆发时科学家们试图解决的一个难题。
在澳大利亚悉尼大学生命与环境科学学院和医学学院任职的进化病毒学家Edward Holmes教授一直与中国和世界各地的科学家们紧密合作破解SARS-CoV-2的遗传密码，以便了解它的起源并在其他科学家们参与的竞赛中协助找到有效的疫苗。
他们的研究工作还将有助于监视和预防可能从野生动物传播到人类从而导致所谓的人畜共患病的其他病毒。
今年2月，Holmes教授已经与人合著了四篇关于这种新型冠状病毒的论文，其中的两篇论文（分别发表在Nature期刊和Lancet期刊上）是对这种病毒的最早描述。
今年3月26日，在经同行评审后，在Nature期刊上发表的一篇论文首次在中国南方的马来亚穿山甲种群中鉴定出与SARS-CoV-2相类似的冠状病毒。Holmes是这篇论文中仅有的非中国学者。
了解这种新型冠状病毒跳跃到人类中的进化途径将不仅有助于我们对抗当前的疫情大爆发，而且有助于确定未来来自其他物种的其他冠状病毒的威胁。
Holmes教授说，“穿山甲在SARS-CoV-2的出现中所起的作用仍不清楚。但是，令人吃惊的是穿山甲冠状病毒包含一些与这种人类冠状病毒密切相关的基因组区域。其中最重要的是受体结合结构域，受体结合结构域决定了SARS-CoV-2如何附着和感染人类细胞。”
这篇论文确定穿山甲是这种已出现的新型人类冠状病毒的可能中间宿主。它的作者们呼吁将这些动物和其他动物从湿货市场（wet market）中移出，以防止人畜共患病的传播。
Holmes教授说，“很明显，野生动物中含有许多将来可能会在人类中出现的冠状病毒。从这次大流行中学习到的有助于预防下一次流行的重要教训是，人类必须减少与野生动物之间的接触，比如禁止湿货市场和禁止野生动物贸易。”
除此之外，Nature Medicine期刊发表了由Holmes教授和美国斯克里普斯研究所、哥伦比亚大学、杜兰大学和英国爱丁堡大学的科学家们合作完成的一篇论文。该论文消除了关于新型冠状病毒是一种人造生物制剂的不切实际的想法。
通过对基因组数据的对比分析，这些科学家们发现SARS-CoV-2不是实验室构建的病毒，也不是人为故意操纵的病毒。
Holmes教授说，“没有任何证据表明SARS-CoV-2来自实验室。实际上，这正是像我这样的研究人员在这个领域多年来一直在警告的那种自然疾病出现的事件。”
这篇Nature Medicine论文迅速成为了由Altmetric（一家监测媒体对研究论文报道的公司）公司有史以来排名最高的学术研究。Holmes教授说，“Altmetric的较高排名充分说明了全球对这一课题的关注度非常高。”
Holmes教授和他的同事、中国复旦大学生命科学学院的张永振（Yong-Zhen Zhang）教授在Cell杂志上发表了一篇评论文章。
在这篇文章中，他们概述了我们对基因组数据揭示的有关SARS-CoV-2病毒出现的最新知识，并讨论了我们在知识上的差距。
这包括从武汉一家湿货市场采集样本，据信这种病毒就是从那里起源的。这篇文章指出，“如今从这这家湿货市场---很可能是物体表面---获得‘环境样本’的基因组序列，系统发育分析显示它们与从最早的武汉患者身上采样的病毒密切相关。”
不过，Holmes教授和张永振教授很快指出，鉴于“并非所有的早期[COVID-19]病例都与这家市场有关，因此实际情形可能比最初的猜测更为复杂”。
这篇文章称，SARS-CoV-2病毒有可能成为人类中第五种地方性流行性冠状病毒。它作出的结论是，“冠状病毒显然具有跳跃物种边界和适应新宿主的能力，这使得我们可以直截了当地预测未来会有更多的冠状病毒出现”。我们如何应对这一点将需要更多的研究来帮助制定公共卫生政策。
他们指出要采取政策和其他措施来帮助防止其他冠状病毒对人类健康造成危害。这些措施包括：（1）对各种哺乳动物物种中的动物冠状病毒进行监测；众所周知，蝙蝠携带着许多冠状病毒，我们不知道其他哪些物种携带这些病毒，也不知道哪些病毒有可能在人类身上出现；（2）加大对非法买卖野生动物的打击力度；（3）将哺乳动物或许禽类野生动物从湿货市场移走。（生物谷 Bioon.com）
参考资料：
1.Fan Wu et al. A new coronavirus associated with human respiratory disease in China. Nature, 2020, doi:10.1038/s41586-020-2008-3.
2.Roujian Lu et al. Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. Lancet, 2020, doi:10.1016/S0140-6736(20)30251-8.
3.Lam T.T. et al. Identifying SARS-CoV-2 related coronaviruses in Malayan pangolins. Nature, 2020, doi:10.1038/s41586-020-2169-0.
4.Kristian G. Andersen et al. The proximal origin of SARS-CoV-2. Nature Medicine, 2020, doi:10.1038/s41591-020-0820-9.
5.Yong-Zhen Zhang et al. A Genomic Perspective on The Origin and Emergence of SARS-CoV-2. Cell, 2020, doi: 10.1016/j.cell.2020.03.035.
6.The genetic quest to understand COVID-19
https://medicalxpress.com/news/2020-03-genetic-quest-covid-.html
在澳大利亚悉尼大学生命与环境科学学院和医学学院任职的进化病毒学家Edward Holmes教授一直与中国和世界各地的科学家们紧密合作破解SARS-CoV-2的遗传密码，以便了解它的起源并在其他科学家们参与的竞赛中协助找到有效的疫苗。
他们的研究工作还将有助于监视和预防可能从野生动物传播到人类从而导致所谓的人畜共患病的其他病毒。
今年2月，Holmes教授已经与人合著了四篇关于这种新型冠状病毒的论文，其中的两篇论文（分别发表在Nature期刊和Lancet期刊上）是对这种病毒的最早描述。
SARS-CoV、WHCV和包括Tor2和CoVZC45在内的SARS样冠状病毒的基因组结构。图片来自Nature, 2020, doi:10.1038/s41586-020-2008-3。
今年3月26日，在经同行评审后，在Nature期刊上发表的一篇论文首次在中国南方的马来亚穿山甲种群中鉴定出与SARS-CoV-2相类似的冠状病毒。Holmes是这篇论文中仅有的非中国学者。
了解这种新型冠状病毒跳跃到人类中的进化途径将不仅有助于我们对抗当前的疫情大爆发，而且有助于确定未来来自其他物种的其他冠状病毒的威胁。
Holmes教授说，“穿山甲在SARS-CoV-2的出现中所起的作用仍不清楚。但是，令人吃惊的是穿山甲冠状病毒包含一些与这种人类冠状病毒密切相关的基因组区域。其中最重要的是受体结合结构域，受体结合结构域决定了SARS-CoV-2如何附着和感染人类细胞。”
这篇论文确定穿山甲是这种已出现的新型人类冠状病毒的可能中间宿主。它的作者们呼吁将这些动物和其他动物从湿货市场（wet market）中移出，以防止人畜共患病的传播。
Holmes教授说，“很明显，野生动物中含有许多将来可能会在人类中出现的冠状病毒。从这次大流行中学习到的有助于预防下一次流行的重要教训是，人类必须减少与野生动物之间的接触，比如禁止湿货市场和禁止野生动物贸易。”
除此之外，Nature Medicine期刊发表了由Holmes教授和美国斯克里普斯研究所、哥伦比亚大学、杜兰大学和英国爱丁堡大学的科学家们合作完成的一篇论文。该论文消除了关于新型冠状病毒是一种人造生物制剂的不切实际的想法。
通过对基因组数据的对比分析，这些科学家们发现SARS-CoV-2不是实验室构建的病毒，也不是人为故意操纵的病毒。
Holmes教授说，“没有任何证据表明SARS-CoV-2来自实验室。实际上，这正是像我这样的研究人员在这个领域多年来一直在警告的那种自然疾病出现的事件。”
这篇Nature Medicine论文迅速成为了由Altmetric（一家监测媒体对研究论文报道的公司）公司有史以来排名最高的学术研究。Holmes教授说，“Altmetric的较高排名充分说明了全球对这一课题的关注度非常高。”
Holmes教授和他的同事、中国复旦大学生命科学学院的张永振（Yong-Zhen Zhang）教授在Cell杂志上发表了一篇评论文章。
在这篇文章中，他们概述了我们对基因组数据揭示的有关SARS-CoV-2病毒出现的最新知识，并讨论了我们在知识上的差距。
这包括从武汉一家湿货市场采集样本，据信这种病毒就是从那里起源的。这篇文章指出，“如今从这这家湿货市场---很可能是物体表面---获得‘环境样本’的基因组序列，系统发育分析显示它们与从最早的武汉患者身上采样的病毒密切相关。”
不过，Holmes教授和张永振教授很快指出，鉴于“并非所有的早期[COVID-19]病例都与这家市场有关，因此实际情形可能比最初的猜测更为复杂”。
这篇文章称，SARS-CoV-2病毒有可能成为人类中第五种地方性流行性冠状病毒。它作出的结论是，“冠状病毒显然具有跳跃物种边界和适应新宿主的能力，这使得我们可以直截了当地预测未来会有更多的冠状病毒出现”。我们如何应对这一点将需要更多的研究来帮助制定公共卫生政策。
他们指出要采取政策和其他措施来帮助防止其他冠状病毒对人类健康造成危害。这些措施包括：（1）对各种哺乳动物物种中的动物冠状病毒进行监测；众所周知，蝙蝠携带着许多冠状病毒，我们不知道其他哪些物种携带这些病毒，也不知道哪些病毒有可能在人类身上出现；（2）加大对非法买卖野生动物的打击力度；（3）将哺乳动物或许禽类野生动物从湿货市场移走。（生物谷 Bioon.com）
参考资料：
1.Fan Wu et al. A new coronavirus associated with human respiratory disease in China. Nature, 2020, doi:10.1038/s41586-020-2008-3.
2.Roujian Lu et al. Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. Lancet, 2020, doi:10.1016/S0140-6736(20)30251-8.
3.Lam T.T. et al. Identifying SARS-CoV-2 related coronaviruses in Malayan pangolins. Nature, 2020, doi:10.1038/s41586-020-2169-0.
4.Kristian G. Andersen et al. The proximal origin of SARS-CoV-2. Nature Medicine, 2020, doi:10.1038/s41591-020-0820-9.
5.Yong-Zhen Zhang et al. A Genomic Perspective on The Origin and Emergence of SARS-CoV-2. Cell, 2020, doi: 10.1016/j.cell.2020.03.035.
6.The genetic quest to understand COVID-19
https://medicalxpress.com/news/2020-03-genetic-quest-covid-.html
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