Nature Communications：RNA二级结构测序新技术解析Dicer结合与切割底物的RNA结构基础

RNA结构是RNA的调控与功能的基础。过去科学家们使用X-ray晶体衍射、NMR、冷冻电镜等生物物理的手段，解析了许多RNA三维结构，揭示了RNA发挥不同功能的结构基础。随着二代测序技术的发展，研究者结合化学修饰与高通量测序开发了许多高通量探测全转录组RNA二级结构的技术，并应用于RNA结构与RNA相关调控的功能研究中，揭示出RNA结构在转录后调控中的广泛作用。张强锋课题组一直致力于RNA结构的研究，将RNA结构探测技术应用于不同亚细胞空间定位 (Sun et al.， 2019)、早期胚胎发育不同时期 (Shi et al.， 2020)RNA结构图谱的刻画以及寨卡病毒 (Li et al.， 2018)、新冠病毒 (Sun et al.， 2021)RNA基因组结构的解析。

然而目前已有的高通量探测RNA二级结构技术捕获的RNA结构信息并不完整。由于现有的技术依赖于逆转录终止位点获得结构信息，因此RNA 3’末端的结构信息发生缺失。为解决这一问题，张强锋课题组开发了基于逆转录突变的探测全长RNA二级结构的技术—icSHAPE-MaP（图1a），可以获得片段较短的RNA（例如pre-miRNA）或者RNA功能元件（通常片段较短）的完整结构信息。该研究工作将icSHAPE-MaP与免疫共沉淀相结合应用于刻画Dicer结合底物的二级结构图谱；优化了miRbase数据库中pre-miRNA的二级结构模型；发现Dicer对于不同结构类型的底物具有结合与切割的偏好性；并使用icSHAPE-MaP得到的结构信息为约束对pre-miRNA进行更符合生理状态的三级结构建模，发现 Dicer选择切割位点的偏好空间距离（图1b）。(生物谷Bioon.com）